Aperçu de la phylogénie des espèces d’Armillaria de l’hémisphère Nord : analyses par la méthode bayésienne et par celle des réseaux voisins des séquences de gènes codant le facteur 1­α d’élongation de la traduction

Citation

Klopfenstein, N.B., Stewart, J.E., Ota, Y., Hanna, J.W., Richardson, B.A., Ross-Davis, A.L., Elías-Román, R.D., Korhonen, K., Keča, N., Iturritxa, E., Alvarado-Rosales, D., Solheim, H., Brazee, N.J., Łakomy, P., Cleary, M.R., Hasegawa, E., Kikuchi, T., Garza-Ocañas, F., Tsopelas, P., Rigling, D., Prospero, S., Tsykun, T., Bérubé, J.A., Stefani, F.O.P., Jafarpour, S., Antonín, V., Tomšovský, M., McDonald, G.I., Woodward, S., Kim, M.S. (2017). Insights into the phylogeny of northern hemisphere Armillaria: Neighbor-net and bayesian analyses of translation elongation factor 1-α gene sequences. Mycologia, [online] 109(1), 75-91. http://dx.doi.org/10.1080/00275514.2017.1286572

Résumé en langage clair

L'armillaire est un champignon pathogène répandu dans le monde entier qui s'attaque aux essences forestières. Cette étude re-analyse les relations phylogénétiques des armillaires avec les données de séquences d'un nouveau gène.

Résumé

© The Mycological Society of America, 2017. Le genre Armillaria possède plusieurs caractéristiques très particulières qui ont suscité un grand intérêt pour la compréhension des relations phylogénétiques au sein des espèces de ce genre et entre ces espèces. L’analyse du genre Armillaria reposant sur la séquence de l’ADN ribosomique nucléaire ne fournit que peu de données pour les études phylogénétiques effectuées sur des taxons très divergents. Des études plus récentes ont montré que les séquences codant le facteur 1­α d’élongation de la traduction (tef1) fournissent beaucoup d’information pour l’analyse phylogénétique des espèces d’Armillaria dans diverses régions du monde. Pour la présente étude, nous avons eu recours à des analyses par la méthode des réseaux voisins et la méthode bayésienne de coalescence pour examiner les relations phylogénétiques de séquences du tef1 existantes et nouvellement déterminées issues de diverses espèces d’Armillaria de l’hémisphère Nord avec les espèces d’Armillaria de l’hémisphère Sud incluses à titre de référence. D’après l’analyse bayésienne des séquences du tef1, les espèces d’Armillaria de l’hémisphère Nord sont généralement contenues dans les quatre superclades suivants, lesquels sont nommés d’après l’épithète des espèces le plus fréquemment citées dans le superclade : i) superclade Socialis/Tabescens (dépourvu d’anneau) dont les clades eurasien A. ectypa, nord-américain A. socialis (A. tabescens) et eurasien A. socialis (A. tabescens); ii) superclade Mellea dont une espèce nord-américaine d’Armillaria annelée non décrite (Mexique) et quatre clades distincts d’A. mellea (Europe et Iran, Asie de l’Est, et deux groupes d’Amérique du Nord); iii) superclade Gallica dont Armillaria Nag E (Japon), plusieurs clades d’A. gallica (Asie et Europe), A. calvescens (est de l’Amérique du Nord), A. cepistipes (Amérique du Nord), A. altimontana (ouest des États-Unis), A. nabsnona (Amérique du Nord et Japon), et au moins deux clades d’A. gallica (Amérique du Nord); et iv) superclade Solidipes/Ostoyae dont deux clades d’A. solidipes/ostoyae (Amérique du Nord), A. gemina (est des États-Unis), A. solidipes/ostoyae (Eurasie), A. cepistipes (Europe et Japon), A. sinapina (Amérique du Nord et Japon) et clade 2 d’A. borealis (Eurasie). Il est à noter que le clade 1 d’A. borealis (Eurasie) semble en position basale par rapport aux superclades Solidipes/Ostoyae et Gallica. L’analyse par la méthode des réseaux voisins a révélé des relations phylogénétiques similaires. Notre étude démontre l’utilité du tef1 pour les études phylogénétiques mondiales des espèces d’Armillaria et fournit des données essentielles sur de multiples questions taxinomiques qui justifient la réalisation d’autres études.

Date de publication

2017-02-06

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