Antimicrobial Resistance in Enterococcus Spp. Isolated from a Beef Processing Plant and Retail Ground Beef

Le recours aux antimicrobiens chez les animaux destinés à l’alimentation a fait l’objet d’une surveillance grandissante en raison de la résistance possible qui lui est associée. La surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez des microorganismes indicateurs comme Enterococcus spp. dans les installations de production de viande et les produits de viande vendus au détail peut fournir des données importantes sur la dynamique et la fréquence de cette résistance dans ces milieux. Dans la présente étude, nous avons prélevé des échantillons, notamment par écouvillonnage, dans divers lieux d’une exploitation commerciale d’emballage de bœuf (n = 600) et dans du bœuf haché vendu dans le commerce (n = 60) sur une période de 19 mois. Tous les échantillons ont été enrichis avec Enterococcus spp., et les isolats soupçonnés de contenir des entérococci ont été repérés à l’aide d’amorces de PCR propres à une espèce. Enterococcus faecalis était l’espèce la plus fréquemment isolée, suivie d’Enterococcus hirae, qui a été surtout trouvée sur des carcasses après le dépouillement et dans le bœuf haché. Les isolats d’Enterococcus faecium (n = 9) et d’E. faecalis (n = 120) ont été caractérisés plus en profondeur quant à leur résistance aux antimicrobiens. Vingt et un profils uniques de résistance aux antimicrobiens ont été établis, et 90 % des isolats étaient résistants à au moins 2 antimicrobiens et 2 d’entre eux étaient résistants à 9 antimicrobiens. La résistance à la tétracycline a été observée le plus souvent chez E. faecalis (28,8 %) et était souvent attribuable au gène tet(M). L’analyse génomique d’isolats choisis d’E. faecalis et d’E. faecium a révélé que bon nombre d’isolats de cette étude formaient un groupe avec d’autres génomes tirés du bœuf haché dont la séquence est du domaine public, ce qui laisse croire que ces souches se sont bien adaptées au milieu de la transformation du bœuf.