Analysis of single-copy, nuclear microsatellite markers from flies collected on sticky traps

Les pièges collants peuvent fournir de nombreux échantillons à référence spatiale pour l’étude de l’écologie moléculaire des insectes. Toutefois, les adhésifs utilisés sur ces pièges et les méthodes employées pour nettoyer les individus piégés et éliminer les adhésifs pourraient interférer avec les analyses moléculaires faites sur ces individus. Les spécimens capturés sur des pièges collants ont pu être utilisés pour l’analyse de marqueurs mitochondriaux ou de séquences d’ADN ribosomique en copies multiples, mais on n’a pas réussi à y étudier de marqueurs nucléaires à une seule copie. De plus, personne n’a encore exploré l’effet des adhésifs employés pour les pièges et des méthodes de nettoyage des individus piégés sur la réussite des analyses moléculaires. Nous examinons ici l’effet des adhésifs utilisés, de la méthode de nettoyage des échantillons utilisée et des conditions de conservation des échantillons sur la concentration et la pureté de l’ADN ainsi que sur la capacité d’amplifier des microsatellites nucléaires à copie unique à l’aide de spécimens de trypète occidentale des cerises, Rhagoletis indifferens (Diptères : Tephritidae) capturés sur des pièges collants dans un verger. Nous avons réussi à extraire de l’ADN de grande pureté et à amplifier les locus microsatellites par PCR multiplexe quelle qu’ait été la combinaison des traitements. Cependant, le type de traitement a influé sur la quantité d’ADN obtenue, sa pureté et la quantité de produits de PCR générés : des interactions complexes ont été observées entre le type d’adhésif des pièges, la méthode de nettoyage et les conditions de conservation des échantillons. Les échantillons nettoyés à l’acétone et conservés à l’état sec sont ceux avec lesquels on a obtenu la plus grande concentration d’ADN. Les échantillons nettoyés avec le Histo-clear ont généré beaucoup moins de produits de PCR que ceux nettoyés à l’acétone ou ceux qui n’avaient pas été nettoyés du tout, tandis que les échantillons qui ont été conservés à sec ont permis de générer plus de produits de PCR que ceux conservés dans l’éthanol. Les insectes capturés sur les pièges collants et soumis à un vaste éventail de conditions de traitement permettent d’obtenir des données génétiques convenant à l’étude de l’écologie moléculaire. Toutefois, les interactions possibles entre le type d’adhésif utilisé sur le piège, les protocoles de nettoyage des échantillons et les conditions de conservation semblent indiquer que toute nouvelle combinaison de traitement des échantillons provenant de pièges collants devrait être vérifiée au préalable à petite échelle avant d’être utilisée pour un grand nombre d’échantillons dans le cadre d’études génétiques.