Analysis of denitrification genes and comparison of nosZ, cnorB and 16S rDNA from culturable denitrifying bacteria in potato cropping systems
Citation
Dandie, C.E., Burton, D.L., Zebarth, B.J., Trevors, J.T., et Goyer, C. (2007). « Analysis of denitrification genes and comparison of nosZ, cnorB and 16S rDNA from culturable denitrifying bacteria in potato cropping systems. », Systematic and Applied Microbiology, 30(2), p. 128-138. doi : 10.1016/j.syapm.2006.05.002
Résumé
La dénitrification bactérienne dans les terres agricoles est une source importante d’oxyde nitreux, un puissant gaz à effet de serre. Cette étude a examiné la population bactérienne cultivable de dénitrifiants dans les terres arables vouées à la production de pommes de terre (Solanum tuberosum L.) et les gènes de dénitrification (nir, nor et nos) et l’ADNr 16S de ces isolats. Les enrichissements de dénitrifiants cultivables ont permis d’obtenir 31 isolats différents qui ont ensuite fait l’objet d’une analyse des gènes de dénitrification. Le gène de la réductase de l’oxyde nitreux (nosZ) a été trouvé dans tous les isolats. La majorité des isolats ( 90 %) contenaient le gène de la réductase de l’oxyde nitrique cnorB; le restant contenant les gènes qnorB. Les gènes de la nitrite réductase (nirS et nirK) provenant de la majorité des isolats ont été amplifiés et regroupés dans des espèces semblables à celles des dénitrifiants isolés précédemment. Les souches isolées ont d’abord été identifiées par une analyse des dérivés d'esters méthyliques d'acides gras puis par le séquençage de l’ADNr 16S. La majorité des isolats (21) ont été classés dans l’espèce Pseudomonas, avec de plus petits groupes d’isolats très semblables au genre Bosea (4) et au genre Achromobacter (4) et deux isolats étroitement associés au genre Sinorhizobium/Ensifer. Les arbres phylogénétiques d’un sous-ensemble de souches de Pseudomonas en fonction des gènes nosZ et cnorB et de l’ADNr 16S. Les arbres étaient conformes en grande partie, mais certains isolats de l’espèce Pseudomonas ont été groupés différemment selon le gène analysé, ce qui indique un transfert horizontal potentiel des gènes de dénitrification. Même si les bactéries du genre Bosea sont des dénitrifiants connus, au meilleur de notre connaissance, il s’agit du premier rapport sur l’isolement et le séquençage des gènes de dénitrification de ce genre bactérien.