Analysis of complete genome sequences and a V239A substitution in the helicase domain of swine hepatitis E virus strains isolated in Canada

Parmi les souches canadiennes du virus de l’hépatite E chez le porc, la séquence d’un seul génome complet a été publiée jusqu’à maintenant, et il n’y a pas de données sur la virulence de ces souches. Dans cette étude, nous avons utilisé une collection de 28 souches de virus de l’hépatite E du porc. Après avoir extrait l’ARN, nous avons amplifié et séquencé une portion du cadre de lecture ouvert ORF2, l’extrémité 3’ du domaine hélicase et deux génomes complets. Ces deux nouveaux génomes complets appartenaient à deux sous-types et présentaient, respectivement, 87,5 et 87,7 % d’identité de séquence avec la souche porcine canadienne Arkell du virus de l’hépatite E. La substitution V239A dans le domaine hélicase, qui est associée à la virulence accrue du génotype 3, a été décelée dans une souche canadienne du virus, mais aucune infection chez l’humain n’a été associée à cette souche.