Analyse génomique d’Escherichia coli O157:H7 producteurs de shigatoxines issus d’environnements de production bovine et porcine

Citation

Zhang, P., Essendoubi, S., Keenliside, J., Reuter, T., Stanford, K., King, R., Lu, P., Yang, X. (2021). Genomic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 from cattle and pork-production related environments. npj Science of Food, [online] 5(1), http://dx.doi.org/10.1038/s41538-021-00097-0

Résumé en langage clair

En général, le porc n’est pas un vecteur alimentaire commun d’E. coli O157, un grave agent pathogène chez l’humain. Récemment, trois éclosions d’E. coli O157:H7 ont été attribuées à du porc contaminé en Alberta au Canada. La présente étude a examiné la parenté phylogénétique d’E. coli O157:H7 issus d’environnements de production porcine et bovine ainsi que de transformation du porc aux fins d’attribution des sources. Une diversité limitée des souches a été observée au moyen de cinq méthodes de sous-typage classiques, et la plupart ou l’ensemble des souches appartenaient à un seul sous-groupe. L’analyse du polymorphisme mononucléotidique (SNP) du génome entier a confirmé l’ascendance récente des isolats issus des trois sources. La plupart des isolats environnementaux étaient plus proches des isolats porcins que des isolats bovins. De plus, un lien direct a été observé entre les isolats qui avaient été collectés dans les environnements liés aux éclosions de 2018 et les isolats qui avaient été collectés dans une porcherie en 2018. Les résultats montrent que certaines souches d’E. coli O157:H7 pourraient s’établir en permanence dans les porcheries et contaminer les environnements liés à la production de porcs et de viande de porc.

Résumé

Récemment, trois éclosions d’E. coli O157:H7 ont été attribuées à de la viande de porc contaminée en Alberta (Canada). Cette étude porte sur la parenté phylogénétique d’E. coli O157:H7 provenant de porcs, de bovins et d’environnements de production de viande porcine pour l’attribution de la source. Cinq méthodes classiques de sous-typage ont révélé une diversité limitée des souches, la plupart, voire toutes les souches se trouvant dans un même sous-groupe. L’analyse du polymorphisme nucléotidique simple du génome complet a confirmé l’ascendance récente des isolats provenant des trois sources. La plupart des isolats environnementaux étaient plus proches des isolats porcins que des isolats bovins. De plus, un lien direct a été observé entre les isolats environnementaux de l’éclosion de 2018 et les isolats provenant d’un élevage de porcs en 2018. La majorité des isolats porcins ne possédaient qu’un seul gène de shigatoxine, soit le stx2a, tandis que 70 % (35/50) des isolats bovins possédaient à la fois stx1a et stx2a. Les résultats montrent que certaines souches d’E. coli O157:H7 pourraient persister dans les exploitations porcines et, à ce titre, les porcs peuvent être une source importante de cette bactérie.

Date de publication

2021-12-01

Profils d'auteurs