Sylvie Cloutier, Ph.D.

“4DWheat”:

• Générer les génomes-références de six espèces d’Aegilops;
• Effectuer les analyses pan-génomiques de 50 génomes d’Aegilops et de Triticum à partir de séquences de longues-portées guidées par les génomes-références;
• Effectuer la découverte des SNPs et analyser la diversité à l’aide de séquences courtes à faible couverture;
• Générer les données génomiques et les analyses bioinformatiques de cinq populations provenant de rétrocroisements et de 25 populations “NAM” (Nested Association Mapping) provenant de 30 blés synthétiques dans le but d’améliorer le design des croisements et la sélection, et ce, afin d’accroître la diversité génétique en provenance du génome  “D” d’Ae. tauschii.

Plateforme canadienne de pré-selection pour l’amélioration du blé:

• Effectuer le génotypage et le phénotypage d’une collection de plusieurs espèces de blés cultivés, de progéniteurs, de blés synthétiques et d’espèces sauvages apparentées pour la résistance aux rouilles brune et jaune, à la fusariose et à l’oïdium;
• Effectuer des études d’association à la grandeur du génome pour les caractères de résistance aux maladies et identifier des gènes et marqueurs génétiques utiles en amélioration du blé.

Épigénétique du blé:

• Étudier les mécanismes d’ expression des gènes dans les blés synthétiques à l’aide de séquençage d’ARN et de micro-ARN.

Cadmium dans le lin:

• Séquencer une collection de lin variant pour sa teneur en cadmium et effectuer des études d’association à la grandeur du génome afin d'identifier les gènes et les marqueurs génétiques liés à la réduction en cadmium dans la graine.

Maladies du lin:

• Développer des marqueurs et isoler des gènes de résistance au pasmo, à l’oïdium et à la jaunisse fusarienne du lin.

Publications récentes:

• Walkowiak S, Gao L, Monat C, Haberer G, Kassa MT, Brinton J, Ramirez-Gonzalez RH, Kolodziej MC, Delorean E, Thambugala D, Klymiuk V, Byrns B, Gundlach H, Bandi V, Siri JN, Nilsen K, Aquino C, Himmelbach A, Copetti D, Ban T, Venturini L, Bevan M, Clavijo B, Koo D-H, Ens J, Wiebe K, N’Diaye A, Fritz AK, Gutwin C, Fiebig A, Fosker C, Fu BX, Accinelli GG, Gardner KA, Fradgley N, Gutierrez-Gonzalez J, Halstead-Nussloch G, Hatakeyama M, Koh CS, Deek J, Costamagna AC, Fobert P, Heavens D, Kanamori H, Kawaura K, Kobayashi F, Krasileva K, Kuo T, McKenzie N, Murata K, Nabeka Y, Paape T, Padmarasu S, Percival-Alwyn L, Kagale S, Scholz U, Sese J, Juliana P, Singh R, Shimizu-Inatsugi R, Swarbreck D, Cockram J, Budak H, Tameshige T, Tanaka T, Tsuji H, Wright J, Wu J, Steuernagel B, Small I, Cloutier S, Keeble-Gagnère G, Muehlbauer G, Tibbets J, Nasuda S, Melonek J, Hucl PJ, Sharpe AG, Clark M, Legg E, Bharti A, Langridge P, Hall A, Uauy C, Mascher M, Krattinger SG, Handa H, Shimizu KK, Distelfeld A, Chalmers K, Keller B, Mayer KFX, Poland J, Stein N, McCartney CA, Spannagl M, Wicker T, Pozniak CJ (2020) Multiple wheat genomes reveal global variation in modern breeding. Nature (doi.org/10.1038/s41586-020-2961-x)
• Fatima F, McCallum BD, Pozniak CJ, Hiebert C, McCartney C, Fedak G, You FM, Cloutier S (2020) Resistance gene cloning from a wild crop relative by sequence capture and association genetics. Frontiers Plant Sci (doi: 10.3389/fpls.2020.583738)
• Sertse D, You FM, Ravichandran S, Soto-Cerda BJ, Duguid S, Cloutier S (2020) Loci harboring genes with important role in drought and related abiotic stress responses in flax revealed by multiple GWAS models. Theor Appl Genet Online first Oct 12 (doi: 10.1007/s00122-020-03691-0)
• Khan N, You FM, Datla R, Ravichandran S, Jia B, Cloutier S (2020) Genome-wide identification of ATP binding cassette (ABC) transporter and heavy metal associated (HMA) gene families in flax (Linum usitatissimum L.). BMC Genomics 21:722 (doi: 10.1186/s12864-020-07121-9)
• Rajagopalan N, Lu Y, Burton IW, Monteil-Rivera F, Halasz A, Reimer E, Tweidt R, Brule-Babel A, Kutcher HR, You FM, Cloutier S, Cuperlovic-Culf M, Hiebert CW, McCallum BD, Loewen MC (2020) A phenylpropanoid diglyceride associates with the leaf rust resistance Lr34res gene in wheat. Phytochemistry 178:112456 (doi.org/10.1016/j.phytochem.2020.112456)
• You FM, Cloutier S (2020) Mapping quantitative trait loci onto chromosome-scale pseudomolecules in flax. Methods Protoc 3:E28 (doi: 10.3390/mps3020028)
• Soto-Cerda BJ, Cloutier S, Gagardo HA, Aravena G, Quian R, You FM (2020) Drought response of flax accessions and identification of quantitative trait nucleotides (QTNs) governing agronomic and root traits by genome-wide association analysis. Mol Breeding 40:15 (doi.org/10.1007/s11032-019-1096-y)
• Shafiei-Koij F, Cloutier S, Ravichandran S, Barthet V, Rodrigue N, Mirlohi A, Majidi MMM (2020) Evolution of Carthamus species revealed through sequence analyses of the fad2 gene family. Physiol Mol Biol Plant 26: 419-432 (doi.org/10.1007/s12298-019-00739-4)
• Sertse D, You FM, Ravichandran S, Cloutier S (2020) The Complex Genetic Architecture of Early Root and Shoot Traits in Flax Revealed by Genome-Wide Association Analyses. Front Plant Sci 10:1483 (doi.org/10.3389/fpls.2019.01483)

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