Rodrigo Ortega Polo

Image Rodrigo Ortega Polo
Chef d’études en biologie – Bioinformatique

Je suis le chef de l’Unité de soutien à la recherche en bioinformatique du Centre de recherche et développement de Lethbridge. Notre unité conçoit, élabore et mène des activités scientifiques collaboratives en génomique, en bioinformatique et dans des applications pour mégadonnées afin d’appuyer les programmes de recherche. Nous facilitons l’adoption de technologies dans les programmes scientifiques et participons à l’élaboration de programmes de formation pour le personnel. Je m’occupe également de la collecte, de la compilation, de l’analyse et de l’interprétation des données d’études de recherche.

Agriculture et Agroalimentaire Canada
5403 1st Avenue South, Lethbridge, Alberta

Recherche et / ou projets en cours

Subventions – Chercheur principal (CP)

Subventions – Chercheur associé (CA)

  • BeeCSI: ‘omic tools for assessing bee health [Utilisation d’outils des sciences « omiques » pour évaluer la santé des abeilles], Génome Canada – AAC, Projets de recherche appliquée à grande échelle. CP : Amro Zayed (Université de York) et Leonard Foster (Université de la Colombie-Britannique). CA d’AAC : Steve Pernal et M. Marta Guarna
  • Intestinal inflammation mitigation [Atténuation de l’inflammation intestinale]. AAC, services votés AAC. CP : G. Douglas Inglis.
  • Pasture microbiomes. [Microbiomes des pâturages] AAC, services votés. CP : Monika Gorzelak.

Collaborations

  • Old plots, new hypotheses: Toward a revitalized AAFC long-term agroecosystem experiment (LTAE) network [Anciennes parcelles, nouvelles hypothèses : Vers un réseau revitalisé d’expérimentation à long terme sur les agroécosystèmes]. AAC, services votés. CP : Charles Geddes et Mervin St. Luce
  • Increasing photosynthetic efficiency [Augmenter l’efficacité de la photosynthèse]. AAC, services votés. CP : Stacy Singer
  • Phenomics and digital imaging [Phénomique et imagerie numérique]. AAC, services votés. CP : Anne Smith
  • Pan-genome of tan spot (Pyrenophora tritici-repentis) [Pangénome du champignon des taches bronzées, Pyrenophora tritici-repentis]. CP : Reem Abboukhaddour
  • STEC in Cattle and Clinical Infections [ECEH chez les bovins et infections cliniques]. CRBB. CP : Tim McAllister
  • Rumen adaptation to seaweed consumption [Adaptation du rumen à la consommation d’algues marines]. AAC, services votés. CP : D. Wade Abbott
  • Bacterial therapeutic administration [Administration thérapeutique de bactéries]. CRBB. CP : Trevor Alexander

Développement de la capacité bioinformatique d’AAC, en tant que membre du Bioinformatics and Big Data Research Support Network, et de l’Alberta, en tant que membre de BioNet Alberta.

Activités professionnelles / intérêts

  • Éducation et formation à la bioinformatique
  • Profils de métagénomique et du microbiome des systèmes agricoles
  • Génomique des bactéries, des champignons phytopathogènes et des cultures céréalières
  • Portails de données
  • Systèmes de gestion des flux de travail (par exemple, Nextflow/nf-core, Snakemake)
  • Calculs haute performance
  • Exploration des données accessibles au public

Prix et études

  • Master of Science, University of Lethbridge
  • Bachelor of Science, University of Lethbridge

Expérience et / ou de travail international

  • Participation à l'atelier Managing a Bioinformatics Core Facility au European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) à Hinxton, Royaume-Uni (juin 2019)
  • Membre du comité organisateur de la Bioinfo-Core Community of Special Interest (ISCB). Co-président de la séance Bioinfo-Core de conférence virtuelle de l’ISMB 2020.

Liens additionnels

BioNet Alberta

Bioinfo-Core

Principales publications

  1. K.D. Singh, S.D. Noble, P. Ravichandran, K. Halcro, R. Soolanayakanahally, J. Sangha, E. Brauer, K.T. Nilsen, O. Molina, H.S. Randhawa, R. Ortega Polo, C. Workman, S. Pahari, “Véhicule terrestre sans pilote pour le phénotypage à haut débit afin de quantifier les caractéristiques des cultures de plein champ”, Conférence annuelle du NAPPN, West Lafayette, Indiana, États-Unis, février 2024 (hybride); https://doi.org/10.22541/essoar.170008912.21420303/v1

    2024 - Consulter les détails de la publication

  2. Cunningham MM, Deckers T, Ho J, Wizenberg SB, Lansing L, Tran L, Zorz J, Pepinelli M, French S, Conflitti IM, Ortega Polo R, Hoover S, Currie R, Pernal SF, Giovenazzo P, Zayed A, Foster LJ, Jabbari H, Guarna MM (2023) Sub-lethal pesticide exposure in field trials may alter microbial composition of the honey bee gut microbiome. 48th International Apimondia Congress, p. 222, 4-8 Sep 2024, Santiago, Chile. (Poster) https://apimondia2023.com/docs/abstract-book.pdf

    2023 - Consulter les détails de la publication

  3. Guarna MM, Cunningham MM, Tran L, Ortega Polo R, Pernal SF, Griffiths JS, Murcia-Morales M, Fernández-Alba AR, Bilodeau GJ, Rott ME (2023) Bee-mediated monitoring of pesticides, pathogens, and emerging threats. 48th International Apimondia Congress, p. 49, 4-8 Sep 2024, Santiago, Chile.
    https://apimondia2023.com/docs/abstract-book.pdf

    2023 - Consulter les détails de la publication

  4. Liu, X.; Floate, K.D.; Gorzelak, M.A.; Holman, D.B.; Hrycauk, S.; Kubota, H.; Lupwayi, N.; Neilson, J.A.D.; Ortega Polo, R.; Petri, R.M.; Tran, L.; Wang, H.; Wilches, D.; Yang, X.; Zorz, J.; Guarna, M.M. Prairie Agroecosystems: Interconnected Microbiomes of Livestock, Soil and Insects. Agriculture 2023, 13, 326. https://doi.org/10.3390/agriculture13020326

    2023 - Consulter les détails de la publication

  5. Raičević J , Cunningham M, Griffiths JS, Wu L, Pernal, SF, Deckers T, Tran L, Ortega Polo, Zorz J, Clarke K, Newman T, Lansing L, Rott ME, Bilodeau GJ, Bishop C, Jabbari H, Guarna MM (2022) Honey bees as biomonitors of plant pathogens, pesticides, and antimicrobial resistance. EurBee 9 – 9th European Congress of Apidology Proceedings, p. 352, 20-22 September 2022, Belgrade, Serbia. (Poster) https://zenodo.org/record/7239012#.Y4BgMnbMKUk

    2022 - Consulter les détails de la publication

  6. Vishwakarma S, Mesina L, Lam K, Ryabov M, Lansing L, Chen G, Guarna MM, Ortega Polo R. BeeBiome.info: a portal for increasing the accessibility of bee microbiome data. North America Bee Research Conference – virtual; Jan 13 – 14, 2022.

    2022 - Consulter les détails de la publication

  7. Cunningham MM, Tran L, McKee CG, Ortega-Polo R, Newman T, Lansing L, Griffiths JS, Bilodeau GJ, Rott M, Guarna MM. Bee-based environmental biomonitoring of pesticides, pollutants, and pathogens. North America Bee Research Conference. Virtual, Jan 13-14, 2022

    2022 - Consulter les détails de la publication

  8. Cunningham MM, Tran L, McKee C, Ortega Polo R, Newman T, Lansing L, Griffiths JS, Bilodeau GJ, Rott M, Guarna MM (2022) Les abeilles domestiques comme bioindicateurs des contaminants environnementaux, des agents pathogènes et du changement climatique. Ecological Indicators Vol 134, Jan,108457. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2021.108457

    2022 - Consulter les détails de la publication

  9. Tran L, Newman T, Cunningham M M, Lansing L, Gregoris A, Ortega Polo R, Guarna MM (2021) DNA sequencing approaches for gut microbiome analyses of highbush blueberry-pollinating honey bees (Apis mellifera). Entomology 2021, 69th Annual Meeting of the Entomological Society of America, 31 Oct - 03 Nov, Denver, CO, hybrid meeting proceedings

    2021 - Consulter les détails de la publication

  10. Tran, L., Newman, T., Lansing, L., Gregoris, A., Ortega Polo, R., Guarna, M.M. Analysis of sample types and sequencing methods for optimal characterization of the honey bee (Apis mellifera) gut microbiome. Intelligent Systems for Molecular Biology, 25-30 July 2021 (virtual meeting)

    2021 - Consulter les détails de la publication

  11. Tran, L., Medici de Mattos, I., Ortega Polo, R., Cunningham, M., Simko, E., Guarna, M.M. Gut microbiome response to protective treatments against Nosema sp. Infection in the honey bee (Apis mellifera) gut microbiome. World Microbe Forum, 20-24 June 2021 (virtual meeting)

    2021 - Consulter les détails de la publication

  12. Moote, P.E., Bescucci, D.M., Polo, R.O., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2021). Comparison of Strategies for Isolating Anaerobic Bacteria from the Porcine Intestine. Applied and Environmental Microbiology, [online] 87(9), 1-23. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00088-21

    2021 - Consulter les détails de la publication

  13. Ortega-Polo R, Vishwakarma S, Tran L, Gregoris A, Guarna MM (2020) A reproducible workflow for amplicon-based microbial community analysis using the drake R package. Bioinformatics Community Conference. 19-21 July 2020, virtual meeting. https://bcc2020.github.io/

    2020 - Consulter les détails de la publication

  14. Ortega Polo, R., Gregoris, A., Tran, L., Vishwakarma, S. & Guarna, M. M. Evaluation of the impact of sequencing depth and choice of bioinformatics methods in the taxonomic and functional profiling of the honeybee (Apis mellifera) microbiome. 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. Virtual conference. July 13-16, 2020

    2020 - Consulter les détails de la publication

  15. Ragupathy R, Larsen JR, Frick M, Cattani DJ, Miller J, Elwood J, Zezula A, OrtegaPolo R, Soto-Cerda BJ, Laroche A. 2020. Genomic prediction of heading date in intermediate wheatgrass (Thinopyrum intermedium). PAG XXVIII Conference PE0510

    2020 - Consulter les détails de la publication

  16. Bescucci, D.M., Moote, P.E., Polo, R.O., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2020). Salmonella enterica Serovar Typhimurium Temporally Modulates the Enteric Microbiota and Host Responses To Overcome Colonization Resistance in Swine. Applied and Environmental Microbiology, [online] 86(21), http://dx.doi.org/10.1128/AEM.01569-20

    2020 - Consulter les détails de la publication

  17. Zaheer, R., Lakin, S.M., Polo, R.O., Cook, S.R., Larney, F.J., Morley, P.S., Booker, C.W., Hannon, S.J., Van Domselaar, G., Read, R.R., McAllister, T.A. (2019). Comparative diversity of microbiomes and Resistomes in beef feedlots, downstream environments and urban sewage influent. BMC Microbiology, [online] 19(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12866-019-1548-x

    2019 - Consulter les détails de la publication

  18. Inglis, G.D., Duke, G.M., Goettel, M.S., Kabaluk, J.T., Ortega-Polo, R. (2019). Biogeography and genotypic diversity of metarhizium brunneum and metarhizium robertsii in northwestern North American soils. Canadian Journal of Microbiology, [online] 65(4), 261-281. http://dx.doi.org/10.1139/cjm-2018-0297

    2019 - Consulter les détails de la publication

Contact

Installation de recherche

Centre de recherche et de développement de Lethbridge
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Lethbridge, AB T1J 4B1
Canada

Expertise

Agriculture›Bio-informatique
Technologie de l'information›Mégadonnées›Génomique

Affiliations

  • Membre du International Society for Computational Biology (ISCB).
  • Membre du Bioinformatics Network Alberta (BioNet Alberta)
  • Membre de la Société canadienne des microbiologistes.
  • Membre du Bee Microbiome Consortium (BeeBiome)
  • Membre de COLOSS (association pour la prévention de la perte de colonies d’abeilles mellifères)
  • Réseau de soutien en bio-informatique d’AAC. Ancien coprésident et coprésident adjoint de Sciences et technologies.
  • Membre du Groupe des directeurs de la bioinformatique d’AAC (liaison avec la DGST)

Langue

Anglais
Français

Autres langues

Spanish