Raja Ragupathy, Ph. D.
Sélection et génomique des plantes cultivées. Raja Ragupathy détient une expertise unique tant dans la sélection de plantes au champ que dans la génomique d’avant-garde en laboratoire. Ses recherches portent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien.
Recherche et / ou projets en cours
Les recherches de M. Ragupathy portent sur la sélection et la génomique des plantes cultivées, particulièrement des céréales d’hiver, dans le but d’améliorer le rendement des cultures, la résistance aux stress biotiques et non biotiques ainsi que la durabilité du système cultural. Plus précisément, elles se concentrent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien. À l’aide d’outils de génomique, d’épigénétique et de bio-informatique modernes, M. Ragupathy cherche à comprendre la base moléculaire de certains caractères d’importance économique afin de traduire ces connaissances en des cultivars de céréales améliorés, maintenant ainsi la place prépondérante du Canada dans le monde.
Énoncés de recherches/projets
- Prédiction génomique de la tolérance au froid et de la résistance à la fusariose du blé dur d’hiver dans l’Ouest canadien (2019-2023).
- Identification de nouveaux gènes de résistance à la rouille jaune et à la fusariose dans l’agropyre (coresponsable).
- Réduction de la susceptibilité à l’ergot du seigle d’automne grâce à l’agronomie (Fondation de recherches sur le grain de l’Ouest [FRGO]) (coresponsable).
- Mise au point de blé dur d’hiver adapté au sud de l’Alberta (FRGO/Alberta Wheat Commission) (coresponsable).
- Intégration de l’agronomie et de la sélection pour réduire la susceptibilité aux maladies du seigle d’automne (Saskatchewan Winter Cereals Development Commission) (coresponsable).
- Grappe biologique – Mise au point de cultivars de triticale d’hiver et de seigle d’automne adaptés à la culture sans travail du sol (coresponsable).
Activités professionnelles / intérêts
- Recherches en génomique et en sélection de céréales vivaces et de céréales d’hiver
- Mentorat d’étudiants
- Examinateur expert au sein d’organismes de financement canadiens
- Pair examinateur pour les manuscrits soumis aux revues scientifiques suivantes : Crop Science, Scientific Reports, BMC Genomics, Revue canadienne de phytotechnie, Plant Molecular Biology, International Journal of Plant Genomics, Indian Journal of Genetics and Plant Breeding, Journal of Genetics, Genome and Plant Cell Reports
Prix et études
Ph. D. Université du Manitoba, Canada, 2004 à 2008; Spécialisation en sciences végétales
M. Sc. (Ag.) Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1994 à 1996; Spécialisation en sélection et génétique végétales
B. Sc. (Ag.) Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1989 à 1993; Spécialisation en agriculture
Bourses et prix
2009-2012
Bourse de recherche scientifique dans les laboratoires du gouvernement canadien
2004-2008
Bourse d’études supérieures de l’Université du Manitoba
2004-2008
Bourse d’études supérieures du ministère de l’Éducation supérieure du Manitoba octroyée à un étudiant international s’étant distingué au cours de ses études dans la province
2007
Bourse de déplacement pour un étudiant diplômé en sciences végétales
2004, 2007
Bourse d’études supérieures William B. Malchy
2004
Bourse commémorative Clarence-Bougardus Sharpe
1999-2000
Bourse principale de recherche du Conseil pour la recherche scientifique et industrielle, Inde
1997-1999
Bourse principale de recherche du Conseil indien des recherches agricoles (ICAR)
1997
Reçu au Test national d’admissibilité (TNA) de l’ICAR pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la sélection végétale
1996
Reçu au TNA pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la génétique
1994-1996
Bourse de recherche pour les jeunes chercheurs de l’ICAR
1993
Médaille d’or pour résultats exceptionnels dans le programme de baccalauréat en agriculture
Expérience et / ou de travail international
- De juin 2000 à mai 2009, Raja Ragupathy a été professeur adjoint dans les domaines de la sélection végétale et de la génétique au Collège et Institut de recherche agricole Pandit Jawaharlal Nehru (https://www.pajancoa.ac.in/), une institution gouvernementale du Pondichéry affiliée à l’Université de Pondichéry (http://www.pondiuni.edu.in/), en Inde. Il a également coordonné les essais au champ en de multiples emplacements associés aux essais du projet indien d’amélioration du riz (All India Coordinated Rice Improvement Programme [AICRIP]).
- De décembre 2014 à mai 2015, il a travaillé comme chercheur principal en génomique à l’Institut indien de recherche sur le riz (http://www.icar-iirr.org), à Cuttack, en Inde, pour le gouvernement fédéral indien.
Liens additionnels
Principales publications
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You F, Li P, Kumar S, Ragupathy R, Banik M, Duguid S, Booker H, Deyholos M, Fu Y-B, Sharpe AG, Cloutier S (2015) The refined flax genome, its evolution and application. Proc 23rd Plant and Animal Genome meeting, San Diego, CA, 10-15 Jan, P1039
2015 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Li, P., Kumar, S., Ragupathy, R., Li, Z.N., Fu, Y.B., et Cloutier, S. (2014). « Genome-wide Identification and Characterization of the Gene Families Controlling Fatty Acid Biosynthesis in Flax (Linum usitatissimum L). », Journal of Proteomics & Bioinformatics, 7(10), p. 310-326. doi : 10.4172/jpb.1000334
2014 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Madhi, S.R., Domaratzki, M., et Cloutier, S. (2014). « Micro RNAs and siRNAs underlying genetic and epigenetic mechanisms of adaptation to abiotic stresses in Triticum aestivum cutivar Glenlea. », 2nd Wheat Genetics Symposium, Saskatoon, SK, Canada, June 2014, p. 8. (Affiche)
2014 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Kumar, S., Banik, M., Ragupathy, R., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2013). « Ordering the draft genome sequence of flax (Linum usitatissimum). », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.
2013 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Kumar, S., Ragupathy, R., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2013). « Organization and evolution of the flax genome. », 2013 CSPB/SCBV Annual General Meeting, Laval University, Quebec City, Canada, June 25-28, 2013, Poster no. F6, page no. 89 of the abstract book. (Affiche)
2013 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « Genome-wide comparative analysis of LTR retrotransposon dynamics In flax (Linum usitatissimum) and Its related genomes, cassava (Manihot esculenta) and poplar (Populus trichocarpa). », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.
2013 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « Arguments for standardizing transposable element annotation in plant genomes. », Trends in Plant Science. doi : 10.1016/j.tplants.2013.03.005
2013 - Consulter les détails de la publication
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Soto-Cerda, B.J., Diederichsen, A., Ragupathy, R., et Cloutier, S. (2013). « Genetic characterization of a core collection of flax (Linum usitatissimum L.) suitable for association mapping studies and evidence of divergent selection between fiber and linseed types. », BMC Plant Biology, 13(78), p. 1-14. doi : 10.1186/1471-2229-13-78
2013 - Consulter les détails de la publication
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Cloutier, S., Ragupathy, R., Miranda, D.E., Radovanovic, N., Reimer, E., Walichnowski, A.Z., Ward, K., Rowland, G.G., Duguid, S.D., et Banik, M. (2012). « Integrated consensus genetic and physical maps of flax (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 125(8), p. 1783-1795. doi : 10.1007/s00122-012-1953-0
2012 - Consulter les détails de la publication
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Cloutier, S., Miranda, D.E., Ward, K., Radovanovic, N., Reimer, E., Walichnowski, A.Z., Datla, R.S.S., Rowland, G.G., Duguid, S.D., et Ragupathy, R. (2012). « Simple sequence repeat marker development from bacterial artificial chromosome end sequences and expressed sequence tags of flax (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 125(4), p. 685-694. doi : 10.1007/s00122-012-1860-4
2012 - Consulter les détails de la publication
-
Cloutier, S., Ragupathy, R., Niu, Z., et Duguid, S.D. (2011). « SSR-based linkage map of flax (Linum usitatissimum L.) and mapping of QTLs underlying fatty acid composition traits. », Molecular Breeding, 28(4), p. 437-451. doi : 10.1007/s11032-010-9494-1
2011 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Rathinavelu, R., et Cloutier, S. (2011). « Physical mapping and BAC-end sequence analysis provide initial insights into the flax (Linum usitatissimum L.) genome. », BMC Genomics, 12:217. doi : 10.1186/1471-2164-12-217
2011 - Consulter les détails de la publication
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Fofana, B., Ragupathy, R., et Cloutier, S. (2010). « Flax Lipids: Classes, biosynthesis, genetics and the promise of applied genomics for understanding and altering of fatty acids. », dans Gilmore, P.L. (dir.) - Lipids: Categories, Biological Functions and Metabolism, Nutrition, and Health, Nova Science Publishers Inc, Chapitre 3, p. 71-98.
2010 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Cloutier, S., Rowland, G.G., Duguid, S.D., Datla, R.S.S., Selvaraj, G., Deyholos, M.K., Wang, E., Fofana, B., Zou, J., Reaney, M.J.T., Weselake, R.J., Philips, P., Smyth, S., et Barker, C. (2010 Internal). « Total utilization of flax genomics (TUFGEN). », Internal Review Meeting, Department of Biotechnology (DBT-Government of India) supported flaxproject, National Chemical Laboratory (NCL), Pune, India, June 16, 2010. (Présentation)
2010 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Banks, T.W., et Cloutier, S. (2010). « Molecular characterization of the Sasanda LTR copia retrotransposon family uncovers their recent amplification in Triticumaestivum (L.) genome. », Molecular Genetics and Genomics, 283(3), p. 255-271. doi : 10.1007/s00438-009-0509-8
2010 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R. et Cloutier, S. (2008). « Molecular phylogeny of Sasanda LTR Copia retrotransposon family in Triticum aestivum (L.) reveals recent transposition activity. », 11th International Wheat Genetics Symposium (IWGS), Brisbane Convention & Exhibition Centre, Brisbane, Queensland, Australia, August 24-29, 2008.
2008 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R. et Cloutier, S. (2008). « Genome organisation and retrotransposon driven molecular evolution of the endosperm Hardness ( Ha ) locus in Triticum aestivum cv Glenlea. », Molecular Genetics and Genomics, 280(6), p. 467-481. doi : 10.1007/s00438-008-0380-z
2008 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Naeem, H.A., Reimer, E., Lukow, O.M., Sapirstein, H.D., et Cloutier, S. (2008). « Evolutionary origin of the segmental duplication encompassing the wheat GLU-B1 locus encoding the over expressed Bx7 (Bx7OE) high molecular weight glutenin subunit. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 116(2), p. 283-296. doi : 10.1007/s00122-007-0666-2
2008 - Consulter les détails de la publication
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Affiliations
- Membre de la Société canadienne de biologie végétale (2013 à ce jour)
- Membre de l’American Association for the Advancement of Science (2008 à ce jour)
- Membre de la Crop Science Society of America
- Membre à vie de l’Indian Society of Genetics and Plant Breeding
- Membre du Comité de recommandation des Prairies pour le blé, le seigle et le triticale
- Membre de l’Alberta Regional Variety Advisory Committee (seigle d’automne)
- Membre du Saskatchewan Variety Performance Group (seigle d’automne)