Raja Ragupathy, Ph. D.
Sélection et génomique des plantes cultivées. Raja Ragupathy détient une expertise unique tant dans la sélection de plantes au champ que dans la génomique d’avant-garde en laboratoire. Ses recherches portent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien.
Recherche et / ou projets en cours
Les recherches de M. Ragupathy portent sur la sélection et la génomique des plantes cultivées, particulièrement des céréales d’hiver, dans le but d’améliorer le rendement des cultures, la résistance aux stress biotiques et non biotiques ainsi que la durabilité du système cultural. Plus précisément, elles se concentrent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien. À l’aide d’outils de génomique, d’épigénétique et de bio-informatique modernes, M. Ragupathy cherche à comprendre la base moléculaire de certains caractères d’importance économique afin de traduire ces connaissances en des cultivars de céréales améliorés, maintenant ainsi la place prépondérante du Canada dans le monde.
Énoncés de recherches/projets
- Prédiction génomique de la tolérance au froid et de la résistance à la fusariose du blé dur d’hiver dans l’Ouest canadien (2019-2023).
- Identification de nouveaux gènes de résistance à la rouille jaune et à la fusariose dans l’agropyre (coresponsable).
- Réduction de la susceptibilité à l’ergot du seigle d’automne grâce à l’agronomie (Fondation de recherches sur le grain de l’Ouest [FRGO]) (coresponsable).
- Mise au point de blé dur d’hiver adapté au sud de l’Alberta (FRGO/Alberta Wheat Commission) (coresponsable).
- Intégration de l’agronomie et de la sélection pour réduire la susceptibilité aux maladies du seigle d’automne (Saskatchewan Winter Cereals Development Commission) (coresponsable).
- Grappe biologique – Mise au point de cultivars de triticale d’hiver et de seigle d’automne adaptés à la culture sans travail du sol (coresponsable).
Activités professionnelles / intérêts
- Recherches en génomique et en sélection de céréales vivaces et de céréales d’hiver
- Mentorat d’étudiants
- Examinateur expert au sein d’organismes de financement canadiens
- Pair examinateur pour les manuscrits soumis aux revues scientifiques suivantes : Crop Science, Scientific Reports, BMC Genomics, Revue canadienne de phytotechnie, Plant Molecular Biology, International Journal of Plant Genomics, Indian Journal of Genetics and Plant Breeding, Journal of Genetics, Genome and Plant Cell Reports
Prix et études
Ph. D. Université du Manitoba, Canada, 2004 à 2008; Spécialisation en sciences végétales
M. Sc. (Ag.) Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1994 à 1996; Spécialisation en sélection et génétique végétales
B. Sc. (Ag.) Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1989 à 1993; Spécialisation en agriculture
Bourses et prix
2009-2012
Bourse de recherche scientifique dans les laboratoires du gouvernement canadien
2004-2008
Bourse d’études supérieures de l’Université du Manitoba
2004-2008
Bourse d’études supérieures du ministère de l’Éducation supérieure du Manitoba octroyée à un étudiant international s’étant distingué au cours de ses études dans la province
2007
Bourse de déplacement pour un étudiant diplômé en sciences végétales
2004, 2007
Bourse d’études supérieures William B. Malchy
2004
Bourse commémorative Clarence-Bougardus Sharpe
1999-2000
Bourse principale de recherche du Conseil pour la recherche scientifique et industrielle, Inde
1997-1999
Bourse principale de recherche du Conseil indien des recherches agricoles (ICAR)
1997
Reçu au Test national d’admissibilité (TNA) de l’ICAR pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la sélection végétale
1996
Reçu au TNA pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la génétique
1994-1996
Bourse de recherche pour les jeunes chercheurs de l’ICAR
1993
Médaille d’or pour résultats exceptionnels dans le programme de baccalauréat en agriculture
Expérience et / ou de travail international
- De juin 2000 à mai 2009, Raja Ragupathy a été professeur adjoint dans les domaines de la sélection végétale et de la génétique au Collège et Institut de recherche agricole Pandit Jawaharlal Nehru (https://www.pajancoa.ac.in/), une institution gouvernementale du Pondichéry affiliée à l’Université de Pondichéry (http://www.pondiuni.edu.in/), en Inde. Il a également coordonné les essais au champ en de multiples emplacements associés aux essais du projet indien d’amélioration du riz (All India Coordinated Rice Improvement Programme [AICRIP]).
- De décembre 2014 à mai 2015, il a travaillé comme chercheur principal en génomique à l’Institut indien de recherche sur le riz (http://www.icar-iirr.org), à Cuttack, en Inde, pour le gouvernement fédéral indien.
Liens additionnels
Principales publications
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Sangha et al. (2022). Spectral reflectance indices reveal wheat variety response to heat and drought stress. CSA-CWSS joint meeting, November 14-18, 2022, Halifax, NS
2022 - Consulter les détails de la publication
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Natarajan, M., Singh, K.D., George, J., and Ragupathy, R., “Developing a Low-cost Digital Imaging System for Plant Phenotyping using Raspberry Pi Computers”, ISCB-ISMB Digital Agriculture Conference, Jul. 2022, Madison, Wisconsin, USA, Abstract # 921. (Virtual Online)
2022 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy R, Larsen JR, Frick M, Cattani DJ, Miller J, Elwood J, Zezula A, OrtegaPolo R, Soto-Cerda BJ, Laroche A. 2020. Genomic prediction of heading date in intermediate wheatgrass (Thinopyrum intermedium). PAG XXVIII Conference PE0510
2020 - Consulter les détails de la publication
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Zhang, W., Ruan, Y., Knox, R.E., Berraies, S., Campbell, H.L., Ragupathy, R., Boyle, K., Polley, B., Henriquez, M.A., Burt, A., Kumar, S., Cuthbert, R.D., Fobert, P.R., Buerstmayr, H., and DePauw, R. 2019. Genome wide association analysis to characterize Fusarium head blight resistance in durum wheat. 1st International Wheat Congress, Saskatoon, SK, Canada, July 21-26, 2019.
2019 - Consulter les détails de la publication
-
Ravichandran, S., Ragupathy, R., Edwards, T., Domaratzki, M., Cloutier, S. (2019). Microrna-guided regulation of heat stress response in wheat. BMC Genomics, [online] 20(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5799-6
2019 - Consulter les détails de la publication
-
Ragupathy, R., Ruan, Y., Berraies, S., Campbell, H., Meyer, B., Henriquez, M.A., Kumar, S., Burt, A., Zhang, W., Cuthbert, R.D., Fobert, P., and Knox, R.E. 2019. Genomic Selection for Fusarium Head Blight Resistance in Durum Wheat. XXVII International Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2019.
2019 - Consulter les détails de la publication
-
Ruan, Y., Barraies, S., Sari, E., Knox, R.E., Cuthbert, R., Piché, I., Henriquez, M.A., Kumar, S., Burt, A., Konkin, D., Campbell, H.L., Li, L., Ragupathy, R., Zhang, W., and Fobert, P.R. 2018. Marker validation for FHB resistance in durum wheat. National Fusarium Head Blight Forum, St. Louis, MO, USA. December 2-4, 2018.
2018 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy, R., Ruan, Y., Berraies, S., Campbell, H., Meyer, B., Cuthbert, R.D., Henriquez, M.A., Kumar, S., Burt, A., Zhang, W., Fobert, P., and Knox, R.E. 2018. Genomic selection in durum wheat: prediction accuracies of FHB resistance in a diversity panel and its application in biparental breeding populations. 9th Canadian Workshop on Fusarium Head Blight/4th Canadian Wheat Symposium, Winnipeg, Canada, November 19-22, 2018.
2018 - Consulter les détails de la publication
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Ravichandran S, Ragupathy R, Edwards T, Robinson S, Domaratzki M, Cloutier S (2017) MicroRNA guided post-transcriptional gene regulation in response to heat stress in wheat. Joint Meeting Canadian Society of Plant Biologists and Canadian Society for Horticultural Science, Vancouver, July 4-7 (oral)
2017 - Consulter les détails de la publication
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House M, Ragupathy R, Vasudevan A, You FM, Jia G, Robinson S, Booker H (2017) Genome-wide approaches to identifying the basis of early flowering in epimutagenized royal Flax. Proc 25th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, January 14-18, W327 (workshop oral talk).
2017 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Li, P., Ragupathy, R., Kumar, S., Zhu, T., Luo, M.-C., Duguid, S.D., Rashid, K.Y., Booker, H.M., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2016). « The Draft Flax Genome Pseudomolecules. », 66th Flax Institute of the United States, Holiday Inn, Fargo, North Dakota, USA, March 31-April 1, 2016, p. 17-24.
2016 - Consulter les détails de la publication
-
You FM, Li P, Ragupathy R, Kumar S, Zhu T, Luo M-C, Duguid SD, Rashid K, Booker H, Deyholos M, Fu Y-B, Sharpe A, Cloutier S (2016) The draft flax genome pseudomolecules. 66th Flax Institute of the United States, Fargo, North Dakota, March 31-April 1, 2016.
2016 - Consulter les détails de la publication
-
Cloutier, S., Deyholos, M.K., Ragupathy, R., Zhu, T., Li, P., Luo, M.-C., et You, F.M. (2016). « BioNano optical map improves the flax reference genome. », XXIV Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, January 9-13, 2016.
2016 - Consulter les détails de la publication
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Ragupathy R, Ravichandran S, Mahdi MSR, Reimer E, Domaratzki M, Huang D, Cloutier S (2016) Deep sequencing of wheat small RNA transcriptome reveals distinct temporal expression patterns of miRNAs in response to heat, light and UV stresses. Sci Rep 3:39373
2016 - Consulter les détails de la publication
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Xiao J, Sekhwal MK, Li P, Ragupathy R, Cloutier S, Wang X, You FM (2016) Pseudogenes and Their Genome-Wide Prediction in Plants. Int J Mol Sci. 17(12). pii: E1991.
2016 - Consulter les détails de la publication
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Ravichandran S, Ragupathy R, Edwards T, Mahdi MSR, Lévesque-Lemay M, Domaratzki M, Cloutier S (2016) Heat stress-responsive miRNA are transiently expressed to impart stress tolerance in wheat plants. Proc 3rd Can Wheat Symposium, Ottawa, Nov22-25, S29
2016 - Consulter les détails de la publication
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Ravichandran S, Ragupathy R, Mahdi MSR, Huang D, Reimer E, Domaratzki M, Cloutier S (2016) Sequencing of small RNA transcriptome demonstrates distinct temporal expression pattern of stress regulated miRNA in wheat. Canadian Society of Agronomy Annual Meeting, Montreal, 24-26 July, P22
2016 - Consulter les détails de la publication
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Thambugala D, Ragupathy R, Cloutier S (2016) Structural organization of fatty acid desaturase loci in linseed lines with contrasting linolenic acid contents. Funct Integr Genomics 16:429-439
2016 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Cloutier, S., Shan, Y.F., et Ragupathy, R. (2015). « LTR Annotator: Automated Identification and Annotation of LTR Retrotransposons in Plant Genomes. », International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 5(3), p. 165-174. doi : 10.17706/ijbbb.2015.5.3.165-174
2015 - Consulter les détails de la publication
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You, F.M., Li, P., Kumar, S., Ragupathy, R., Banik, M., Duguid, S.D., Booker, H.M., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2015). « The refined flax genome, its evolution and application. », XXIII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, USA, January 10-14, 2015, P1039. (Affiche)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Affiliations
- Membre de la Société canadienne de biologie végétale (2013 à ce jour)
- Membre de l’American Association for the Advancement of Science (2008 à ce jour)
- Membre de la Crop Science Society of America
- Membre à vie de l’Indian Society of Genetics and Plant Breeding
- Membre du Comité de recommandation des Prairies pour le blé, le seigle et le triticale
- Membre de l’Alberta Regional Variety Advisory Committee (seigle d’automne)
- Membre du Saskatchewan Variety Performance Group (seigle d’automne)