Raja Ragupathy, Ph. D.

Image Raja Ragupathy
Chercheur scientifique

Sélection et génomique des plantes cultivées. Raja Ragupathy détient une expertise unique tant dans la sélection de plantes au champ que dans la génomique d’avant-garde en laboratoire. Ses recherches portent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien.

Recherche et / ou projets en cours

Les recherches de M. Ragupathy portent sur la sélection et la génomique des plantes cultivées, particulièrement des céréales d’hiver, dans le but d’améliorer le rendement des cultures, la résistance aux stress biotiques et non biotiques ainsi que la durabilité du système cultural. Plus précisément, elles se concentrent sur la mise au point de céréales vivaces (blé et seigle) favorisant une agriculture durable ainsi que sur l’amélioration du potentiel génétique du seigle d’automne et du triticale d’hiver, deux cultures adaptées à l’Ouest canadien. À l’aide d’outils de génomique, d’épigénétique et de bio-informatique modernes, M. Ragupathy cherche à comprendre la base moléculaire de certains caractères d’importance économique afin de traduire ces connaissances en des cultivars de céréales améliorés, maintenant ainsi la place prépondérante du Canada dans le monde.

Énoncés de recherches/projets

  • Prédiction génomique de la tolérance au froid et de la résistance à la fusariose du blé dur d’hiver dans l’Ouest canadien (2019-2023).
  • Identification de nouveaux gènes de résistance à la rouille jaune et à la fusariose dans l’agropyre (coresponsable).
  • Réduction de la susceptibilité à l’ergot du seigle d’automne grâce à l’agronomie (Fondation de recherches sur le grain de l’Ouest [FRGO]) (coresponsable).
  • Mise au point de blé dur d’hiver adapté au sud de l’Alberta (FRGO/Alberta Wheat Commission) (coresponsable).
  • Intégration de l’agronomie et de la sélection pour réduire la susceptibilité aux maladies du seigle d’automne (Saskatchewan Winter Cereals Development Commission) (coresponsable).
  • Grappe biologique – Mise au point de cultivars de triticale d’hiver et de seigle d’automne adaptés à la culture sans travail du sol (coresponsable).

Activités professionnelles / intérêts

  • Recherches en génomique et en sélection de céréales vivaces et de céréales d’hiver
  • Mentorat d’étudiants
  • Examinateur expert au sein d’organismes de financement canadiens
  • Pair examinateur pour les manuscrits soumis aux revues scientifiques suivantes : Crop Science, Scientific Reports, BMC Genomics, Revue canadienne de phytotechnie, Plant Molecular Biology, International Journal of Plant Genomics, Indian Journal of Genetics and Plant Breeding, Journal of Genetics, Genome and Plant Cell Reports

Prix et études

Ph. D.              Université du Manitoba, Canada, 2004 à 2008; Spécialisation en sciences végétales  

M. Sc. (Ag.)     Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1994 à 1996; Spécialisation en sélection et génétique végétales

B. Sc. (Ag.)        Université agricole Tamil Nadu, Inde, 1989 à 1993; Spécialisation en agriculture

 

Bourses et prix

2009-2012

Bourse de recherche scientifique dans les laboratoires du gouvernement canadien

2004-2008

Bourse d’études supérieures de l’Université du Manitoba

2004-2008

Bourse d’études supérieures du ministère de l’Éducation supérieure du Manitoba octroyée à un étudiant international s’étant distingué au cours de ses études dans la province

2007

Bourse de déplacement pour un étudiant diplômé en sciences végétales

2004, 2007

Bourse d’études supérieures William B. Malchy

2004

Bourse commémorative Clarence-Bougardus Sharpe

1999-2000

Bourse principale de recherche du Conseil pour la recherche scientifique et industrielle, Inde

1997-1999

Bourse principale de recherche du Conseil indien des recherches agricoles (ICAR)

1997

Reçu au Test national d’admissibilité (TNA) de l’ICAR pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la sélection végétale

1996

Reçu au TNA pour le poste de chargé de cours dans le domaine de la génétique

1994-1996

Bourse de recherche pour les jeunes chercheurs de l’ICAR

1993

Médaille d’or pour résultats exceptionnels dans le programme de baccalauréat en agriculture

Expérience et / ou de travail international

  • De juin 2000 à mai 2009, Raja Ragupathy a été professeur adjoint dans les domaines de la sélection végétale et de la génétique au Collège et Institut de recherche agricole Pandit Jawaharlal Nehru (https://www.pajancoa.ac.in/), une institution gouvernementale du Pondichéry affiliée à l’Université de Pondichéry (http://www.pondiuni.edu.in/), en Inde. Il a également coordonné les essais au champ en de multiples emplacements associés aux essais du projet indien d’amélioration du riz (All India Coordinated Rice Improvement Programme [AICRIP]).
  • De décembre 2014 à mai 2015, il a travaillé comme chercheur principal en génomique à l’Institut indien de recherche sur le riz (http://www.icar-iirr.org), à Cuttack, en Inde, pour le gouvernement fédéral indien.

Principales publications

  1. Ravichandran, S., Ragupathy, R., Edwards, T., Domaratzki, M., Cloutier, S. (2019). Microrna-guided regulation of heat stress response in wheat, 20(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5799-6

    2019 - Consulter les détails de la publication

  2. Ravichandran S, Ragupathy R, Edwards T, Robinson S, Domaratzki M, Cloutier S (2017) MicroRNA guided post-transcriptional gene regulation in response to heat stress in wheat. Joint Meeting Canadian Society of Plant Biologists and Canadian Society for Horticultural Science, Vancouver, July 4-7 (oral)

    2017 - Consulter les détails de la publication

  3. House M, Ragupathy R, Vasudevan A, You FM, Jia G, Robinson S, Booker H (2017) Genome-wide approaches to identifying the basis of early flowering in epimutagenized royal Flax. Proc 25th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, January 14-18, W327 (workshop oral talk).

    2017 - Consulter les détails de la publication

  4. Cloutier, S., Deyholos, M.K., Ragupathy, R., Zhu, T., Li, P., Luo, M.-C., et You, F.M. (2016). « BioNano optical map improves the flax reference genome. », XXIV Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, January 9-13, 2016.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  5. You, F.M., Li, P., Ragupathy, R., Kumar, S., Zhu, T., Luo, M.-C., Duguid, S.D., Rashid, K.Y., Booker, H.M., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2016). « The Draft Flax Genome Pseudomolecules. », 66th Flax Institute of the United States, Holiday Inn, Fargo, North Dakota, USA, March 31-April 1, 2016, p. 17-24.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  6. You FM, Li P, Ragupathy R, Kumar S, Zhu T, Luo M-C, Duguid SD, Rashid K, Booker H, Deyholos M, Fu Y-B, Sharpe A, Cloutier S (2016) The draft flax genome pseudomolecules. 66th Flax Institute of the United States, Fargo, North Dakota, March 31-April 1, 2016.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  7. Ragupathy R, Ravichandran S, Mahdi MSR, Reimer E, Domaratzki M, Huang D, Cloutier S (2016) Deep sequencing of wheat small RNA transcriptome reveals distinct temporal expression patterns of miRNAs in response to heat, light and UV stresses. Sci Rep 3:39373

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  8. Xiao J, Sekhwal MK, Li P, Ragupathy R, Cloutier S, Wang X, You FM (2016) Pseudogenes and Their Genome-Wide Prediction in Plants. Int J Mol Sci. 17(12). pii: E1991.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  9. Ravichandran S, Ragupathy R, Edwards T, Mahdi MSR, Lévesque-Lemay M, Domaratzki M, Cloutier S (2016) Heat stress-responsive miRNA are transiently expressed to impart stress tolerance in wheat plants. Proc 3rd Can Wheat Symposium, Ottawa, Nov22-25, S29

    2016 - Consulter les détails de la publication

  10. Ravichandran S, Ragupathy R, Mahdi MSR, Huang D, Reimer E, Domaratzki M, Cloutier S (2016) Sequencing of small RNA transcriptome demonstrates distinct temporal expression pattern of stress regulated miRNA in wheat. Canadian Society of Agronomy Annual Meeting, Montreal, 24-26 July, P22

    2016 - Consulter les détails de la publication

  11. Thambugala D, Ragupathy R, Cloutier S (2016) Structural organization of fatty acid desaturase loci in linseed lines with contrasting linolenic acid contents. Funct Integr Genomics 16:429-439

    2016 - Consulter les détails de la publication

  12. You, F.M., Li, P., Kumar, S., Ragupathy, R., Banik, M., Duguid, S.D., Booker, H.M., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2015). « The refined flax genome, its evolution and application. », XXIII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, USA, January 10-14, 2015, P1039. (Affiche)

    2015 - Consulter les détails de la publication

  13. You, F.M., Cloutier, S., Shan, Y.F., et Ragupathy, R. (2015). « LTR Annotator: Automated Identification and Annotation of LTR Retrotransposons in Plant Genomes. », International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 5(3), p. 165-174. doi : 10.17706/ijbbb.2015.5.3.165-174

    2015 - Consulter les détails de la publication

  14. Cloutier, S., Mahdi, S.R., Domaratzki, M., Ravichandran, S., et Ragupathy, R. (2015). « Small RNAs underlying genetic and epigenetic mechanisms of adaptation to abiotic stresses in T. aestivum cv Glenlea. », 9th International Wheat Conference 2015, Sydney, Australia, September 20-25, 2015.

    2015 - Consulter les détails de la publication

  15. You, F.M., Ragupathy, R., Shan, Y.F., et Cloutier, S. (2015). « LTRAnnotator: automated identification and annotation of LTR retrotransposons in plant genomes. », 2015 International Conference on Bioinformatics and Computer Engineering (ICBCE 2015), Chengdu, China, April 18-19, 2015, Oral presentations; won best paper in the bioinformatics section.

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  16. You F, Li P, Kumar S, Ragupathy R, Banik M, Duguid S, Booker H, Deyholos M, Fu Y-B, Sharpe AG, Cloutier S (2015) The refined flax genome, its evolution and application. Proc 23rd Plant and Animal Genome meeting, San Diego, CA, 10-15 Jan, P1039

    2015 - Consulter les détails de la publication

  17. You, F.M., Li, P., Kumar, S., Ragupathy, R., Li, Z.N., Fu, Y.B., et Cloutier, S. (2014). « Genome-wide Identification and Characterization of the Gene Families Controlling Fatty Acid Biosynthesis in Flax (Linum usitatissimum L). », Journal of Proteomics & Bioinformatics, 7(10), p. 310-326. doi : 10.4172/jpb.1000334

    2014 - Consulter les détails de la publication

  18. Ragupathy, R., Madhi, S.R., Domaratzki, M., et Cloutier, S. (2014). « Micro RNAs and siRNAs underlying genetic and epigenetic mechanisms of adaptation to abiotic stresses in Triticum aestivum cutivar Glenlea. », 2nd Wheat Genetics Symposium, Saskatoon, SK, Canada, June 2014, p. 8. (Affiche)

    2014 - Consulter les détails de la publication

  19. You, F.M., Kumar, S., Ragupathy, R., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2013). « Organization and evolution of the flax genome. », 2013 CSPB/SCBV Annual General Meeting, Laval University, Quebec City, Canada, June 25-28, 2013, Poster no. F6, page no. 89 of the abstract book. (Affiche)

    2013 - Consulter les détails de la publication

  20. You, F.M., Kumar, S., Banik, M., Ragupathy, R., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2013). « Ordering the draft genome sequence of flax (Linum usitatissimum). », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.

    2013 - Consulter les détails de la publication

Installation de recherche

5403 1st Avenue South
Lethbridge, AB T1J 4B1
Canada

Affiliations

  • Membre de la Société canadienne de biologie végétale (2013 à ce jour)
  • Membre de l’American Association for the Advancement of Science (2008 à ce jour)
  • Membre de la Crop Science Society of America
  • Membre à vie de l’Indian Society of Genetics and Plant Breeding
  • Membre du Comité de recommandation des Prairies pour le blé, le seigle et le triticale
  • Membre de l’Alberta Regional Variety Advisory Committee (seigle d’automne)
  • Membre du Saskatchewan Variety Performance Group (seigle d’automne)

Language

Anglais

Other languages

Tamil