Izhar Khan, Ph. D.
Mes travaux dans le domaine de la santé environnementale, de la biodiversité et des bioressources portent sur l’élaboration de méthodes quantitatives de pointe permettant de détecter et d’identifier rapidement et facilement les agents anthropopathogènes et zoopathogènes d’origine hydrique ou alimentaire, et ce, afin de déterminer d’où provient la pollution fécale dans différentes niches environnementales. En outre, j'ai travaillé sur la classification taxonomique de bactéries telles que les genres Acinetobacter, Campylobacter et Arcobacter et j'étudie leur pathogénicité et leur résistance aux antibiotiques chez l'homme et les animaux à l'aide du séquençage de nouvelle génération afin de fournir des informations sur la diversité génétique et la relation évolutive entre les espèces et souches.
Recherche et / ou projets en cours
- Effets des pratiques agricoles et des facteurs environnementaux sur la répartition et la diversité des bactéries pathogènes d’origine hydrique dans les bassins hydrographiques agricoles.
- Mise au point d’outils moléculaires de pointe pour la détection et l’identification rapides des agents pathogènes microaérophiles.
- Épreuve de PCR quantitative en temps réel pour la détection et la quantification des bactéries et des virus pathogènes pour l’humain et l’animal provenant de diverses sources environnementales.
- Détection et caractérisation moléculaires d’agents pathogènes émergents d’origine hydrique et d’indicateurs microbiens de la qualité de l’eau dans les bassins hydrographiques agricoles et urbains.
- Caractérisation génotypique des agents pathogènes par séquençage de l’ADN, électrophorèse en champ pulsé et analyse du polymorphisme des sites de restriction.
Énoncés de recherches/projets
1. Solidifier la compétitivité et la durabilité du secteur agricole et agroalimentaire canadien.
2. Faire la promotion de l’innovation et d’un environnement sain en favorisant les priorités qui suivent, et ce, afin d’obtenir la meilleure information scientifique possible en vue de décisions en matière de politiques et de réglementation :
i). accroître la performance environnementale du système agricole canadien;
ii). améliorer la performance environnementale et la durabilité des systèmes de production de porc ou de produits laitiers;
iii). améliorer la qualité des aliments et la salubrité du système alimentaire;
iv). améliorer l’identification des ravageurs des cultures et des organismes bénéfiques, et mieux comprendre leur cycle biologique;
v). réduire la dégradation chimique, biologique et physique des sols et en maintenir la santé en améliorant les pratiques de gestion des productions agricoles et du fumier;
vi). déterminer quelles pratiques de gestion bénéfiques permettent de limiter les risques de contamination de l’eau, des sols et de l’air.
Prix et études
Doctorat, Université Justus-Liebig de Giessen (Allemagne)
Maîtrise en sciences, University of Agriculture Faisalabad (Pakistan)
Doctorat en médecine vétérinaire, University of Agriculture Faisalabad (Pakistan)
Expérience et / ou de travail international
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Spécialiste des sciences physiques (PC-02), Environnement Canada – Direction des sciences et de la technologie de l’eau – Microbiologie, Centre canadien des eaux intérieures (CCEI), Burlington (Ontario).
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Programme de bourses de recherche scientifique du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) dans les laboratoires du gouvernement canadien, Environnement Canada – CCEI, Burlington (Ontario).
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Conseiller en recherche, Environnement Canada, CCEI, Burlington (Ontario).
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Chercheur-boursier, University of Cincinnati (Ohio, États-Unis).
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Assistant de recherche, Université Justus-Liebig de Giessen (Allemagne).
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Vétérinaire, Livestock and Poultry Department (Balochistan, Pakistan).
Liens additionnels
Principales publications
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Zambri, M., Cloutier, M., Adam, Z., Lapen, D.R., Wilkes, G., Sunohara, M., Topp, E., Talbot, G., Khan, I.U.H. (2019). Novel virulence, antibiotic resistance and toxin gene-specific PCR-based assays for rapid pathogenicity assessment of Arcobacter faecis and Arcobacter lanthieri. BMC Microbiology, [online] 19(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12866-018-1357-7
2019 - Consulter les détails de la publication
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Liu, L., Cloutier, M., Craiovan, E., Edwards, M., Frey, S.K., Gottschall, N., Lapen, D.R., Sunohara, M., Topp, E., Khan, I.U.H. (2018). Quantitative real-time PCR-based assessment of tile drainage management influences on bacterial pathogens in tile drainage and groundwater. Science of the Total Environment, [online] 624 1586-1597. http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2017.10.200
2018 - Consulter les détails de la publication
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Chen, W., Wilkes, G., Khan, I.U.H., Pintar, K.D.M., Thomas, J.L., Lévesque, C.A., Chapados, J.T., Topp, E., Lapen, D.R. (2018). Aquatic bacterial communities associated with land use and environmental factors in agricultural landscapes using a metabarcoding approach. Frontiers in Microbiology, [online] 9 http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2018.02301
2018 - Consulter les détails de la publication
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Harris, L.J., Bahadoor, A., Brauer, E., Bosnich, W., Schneiderman, D., Aubin, Y., Melanson, J., Khan, I., Gleddie, S., Blackwell, B. Novel Fusarium graminearum cyclic peptides possess phytotoxic activity. 29th Fungal Genetics Conference, Pacific Grove, CA, Mar 14-19, 2017. Poster presentation.
2017 - Consulter les détails de la publication
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Fernando, D.M., Khan, I.U.H., Patidar, R., Lapen, D.R., Talbot, G., Topp, E., Kumar, A. (2016). Isolation and characterization of acinetobacter baumannii recovered from campylobacter selective medium. Frontiers in Microbiology, [online] 7(NOV), http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.01871
2016 - Consulter les détails de la publication
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Laprade, N., Cloutier, M., Lapen, D.R., Topp, E., Wilkes, G.A., Villemur, R., et Khan, I.U.H. (2016). « Detection of virulence, antibiotic resistance and toxin (VAT) genes in Campylobacter species using newly developed multiplex PCR assays. », Journal of Microbiological Methods. doi : 10.1016/j.mimet.2016.03.009
2016 - Consulter les détails de la publication
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Whiteduck-Leveillee, K., Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Cloutier, M., Tambong, J.T., Xu, R., Topp, E., Arts, M.T., Chao, J., Adam, Z., Lévesque, C.A., Lapen, D.R., Villemur, R., et Khan, I.U.H. (2015). « Identification, characterization and description of Arcobacter faecis sp. Nov., isolated from a human waste septic tank. », Systematic and Applied Microbiology. doi : 10.1016/j.syapm.2015.12.002
2016 - Consulter les détails de la publication
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Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Topp, E., Lapen, D.R., Talbot, G., Villemur, R., et Khan, I.U.H. (2016). « Development and Evaluation of Multiplex PCR Assays for Rapid Detection of Virulence-associated Genes in Arcobacter Species. », Journal of Microbiological Methods, 121, p. 59-65. doi : 10.1016/j.mimet.2015.12.017
2016 - Consulter les détails de la publication
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Khan, I.U.H., Cloutier, M., Lapen, D.R., Topp, E., Wilkes, G.A., Jones, T.H., Brassard, J., Edge, T.A., et Talbot, G. (2015). « Quantitative detection and assessment of occurrence of human and animal viruses in agricultural aquatic environment. », 65th Annual Canadian Society of Microbiologists Annual Conference, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada, June 15-18, 2015. (Affiche)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Fernando, E., Khan, I.U.H., Loewen, P., Lapen, D.R., Talbot, G., Topp, E., et Kumar, A. (2015). « Expressions and characterization of Acinetobacter spp. From Canadian Agricultural niches. », 65th Annual Canadian Society of Microbiologists Annual Conference, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada, June 15-18, 2015, AE46PC. (Affiche)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Lévesque, C.A., Chen, W., Hambleton, S., Seifert, K.A., Adam, Z., Bilodeau, G.J., Cullis, J., Demeke, T., Dumonceaux, T.J., Gagnon, M., Graefenhan, T., Kawchuk, L.M., Khan, I.U.H., Lewis, C.T., Li, X., Links, M.G., Mimee, B., Rott, M., Tambong, J.T., Topp, E., Yu, Q., et Yuan, K. (2015). Project CRTI 09-462RD - Next generation sequencing, direct detection and genotyping of fungi, bacteria and nematodes in the agri-food system. DRDC-RDDC-2015-C148. Final Close-Out Report. (Rapport)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Lévesque, C.A., Chen, W., Hambleton, S., Seifert, K.A., Adam, Z., Bilodeau, G.J., Cullis, J., Demeke, T., Dumonceaux, T.J., Gagnon, M., Graefenhan, T., Kawchuk, L.M., Khan, I.U.H., Lewis, C.T., Li, X., Links, M.G., Mimee, B., Rott, M., Tambong, J.T., Yu, Q., et Yuan, K. (2015). Project CRTI 09-462RD - Next generation sequencing, direct detection and genotyping of fungi, bacteria and nematodes in the agri-food system. Final Report. 54. http://cradpdf.drdc-rddc.gc.ca/PDFS/unc195/p802330_A1b.pdf. (Rapport)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Khan, I.U.H., Topp, E., Chen, W., Lapen, D.R., Lévesque, C.A., Pintar, K.D.M., Tambong, J.T., Talbot, G., et Wilkes, G.A. (2015). « Assessment of Zoonotic Pathogens in Agroecosystem. », Biodiversity, Bioresources and Collection Science Day, Ottawa Research and Development Center, Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa, ON, Canada, December 1-2, 2015. (Présentation)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Khan, I.U.H., Cloutier, M., Lapen, D.R., Topp, E., Wilkes, G.A., Jones, T., Brassard, J., Edge, T.A., et Talbot, G. (2015). « Quantitative detection and assessment of occurrence of human and animal viruses in agricultural aquatic environment. », 65th Annual Canadian Society of Microbiologists Annual Conference, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada, June 15-18, 2015, S4-06. (Affiche)
2015 - Consulter les détails de la publication
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Frey, S.K., Topp, E., Khan, I.U.H., Ball, B., Edwards, M., Gottschall, N., Sunohara, M.D., et Lapen, D.R. (2015). « Quantitative Campylobacter spp., antibiotic resistance gene, and veterinary antibiotic movement to surface and ground water following manure application: Influences of Tile Drainage Control. », Science of the Total Environment, 532, p. 138-153. doi : 10.1016/j.scitotenv.2015.03.114
2015 - Consulter les détails de la publication
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Whiteduck-Leveillee, K., Whiteduck-Leveillee, J., Cloutier, M., Tambong, J.T., Xu, R., Topp, E., Arts, M.T., Chao, J., Adam, Z., Lévesque, C.A., Lapen, D.R., Villemur, R., Talbot, G., et Khan, I.U.H. (2015). « Arcobacter lanthieri sp. nov., isolated from pig and dairy cattle manure. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). doi : 10.1099/ijs.0.000318
2015 - Consulter les détails de la publication
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Jokinen, C.C., Koot, J.M., Cole, L., Desruisseau, A., Edge, T.A., Khan, I.U.H., Koning, W., Lapen, D.R., Pintar, K.D.M., Reid-Smith, R., Thomas, J.L., Topp, E., Wang, L.Y., Wilkes, G.A., Ziebell, K.A., van Bochove, É., et Gannon, V.P.J. (2015). « The distribution of Salmonella enterica serovars and subtypes in surface water from five agricultural regions across Canada. », Water Research, 76, p. 120-131. doi : 10.1016/j.watres.2015.02.038
2015 - Consulter les détails de la publication
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Samarajeewa, A.D., Hammad, A., Masson, L., Khan, I.U.H., Scroggins, R.P., et Beaudette, L.A. (2015). « Comparative assessment of next-generation sequencing, denaturing gradient gel electrophoresis, clonal restriction fragment length polymorphism and cloning-sequencing as methods for characterizing commercial microbial consortia. », Journal of Microbiological Methods, 108, p. 103-111. doi : 10.1016/j.mimet.2014.11.013
2015 - Consulter les détails de la publication
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Tambong, J.T., Adam, Z., Lewis, C.T., Lévesque, C.A., Chen, W., Khan, I.U.H., Bromfield, E.S.P., et Xu, R. (2014). « Comparative genomics of Pantoeastewartii subspecies and development of a TaqManReal-Time PCR assay for specific detection of P. stewartii subsp.stewartii. », 13th International Conference of Plant Pathogenic Bacteria, Shanghai, China, June 8-13, 2014, p. 34. (Résumé)
2014 - Consulter les détails de la publication
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Brazeau, K., Cloutier, M., et Khan, I.U.H. (2014). « Development of quantitative real-time PCR-based assays for the detection and identification of human and animal viruses in environmental matrices. », Biotechnology Poster Competition, La Cité Collégiale, Ottawa, ON, Canada, April 26, 2014. (Affiche)
2014 - Consulter les détails de la publication
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Affiliations
- Membre, American Society for Microbiology
- Membre, la Société canadienne des microbiologistes
- Membre, du Collège canadien des microbiologistes
- Membre, Association canadienne sur la qualité de l’eau