Izhar Khan

Chercheur

Mes travaux dans le domaine de la santé environnementale, de la biodiversité et des bioressources portent sur l’élaboration de méthodes quantitatives de pointe permettant de détecter et d’identifier rapidement et facilement les agents anthropopathogènes et zoopathogènes d’origine hydrique ou alimentaire, et ce, afin de déterminer d’où provient la pollution fécale dans différentes niches environnementales.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Recherche et / ou projets en cours

  • Effets des pratiques agricoles et des facteurs environnementaux sur la répartition et la diversité des bactéries pathogènes d’origine hydrique dans les bassins hydrographiques agricoles.
  • Mise au point d’outils moléculaires de pointe pour la détection et l’identification rapides des agents pathogènes microaérophiles.
  • Épreuve de PCR quantitative en temps réel pour la détection et la quantification des bactéries et des virus pathogènes pour l’humain et l’animal provenant de diverses sources environnementales.
  • Détection et caractérisation moléculaires d’agents pathogènes émergents d’origine hydrique et d’indicateurs microbiens de la qualité de l’eau dans les bassins hydrographiques agricoles et urbains.
  • Caractérisation génotypique des agents pathogènes par séquençage de l’ADN, électrophorèse en champ pulsé et analyse du polymorphisme des sites de restriction.

Énoncés de recherches/projets

1. Solidifier la compétitivité et la durabilité du secteur agricole et agroalimentaire canadien.

2. Faire la promotion de l’innovation et d’un environnement sain en favorisant les priorités qui suivent, et ce, afin d’obtenir la meilleure information scientifique possible en vue de décisions en matière de politiques et de réglementation :

       i). accroître la performance environnementale du système agricole canadien;

       ii). améliorer la performance environnementale et la durabilité des systèmes de production de porc ou de produits laitiers;

       iii). améliorer la qualité des aliments et la salubrité du système alimentaire;

       iv). améliorer l’identification des ravageurs des cultures et des organismes bénéfiques, et mieux comprendre leur cycle biologique;

       v). réduire la dégradation chimique, biologique et physique des sols et en maintenir la santé  en améliorant les pratiques de gestion des  productions agricoles et du fumier;

       vi). déterminer quelles pratiques de gestion bénéfiques permettent de limiter les risques de contamination de l’eau, des sols et de l’air.

Prix et études

Doctorat, Université Justus-Liebig de Giessen (Allemagne)

Maîtrise en sciences, University of Agriculture Faisalabad (Pakistan)

Doctorat en médecine vétérinaire, University of Agriculture Faisalabad (Pakistan)

Expérience et / ou de travail international

  • Spécialiste des sciences physiques (PC-02), Environnement Canada – Direction des sciences et de la technologie de l’eau – Microbiologie, Centre canadien des eaux intérieures (CCEI), Burlington (Ontario).

  • Programme de bourses de recherche scientifique du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) dans les laboratoires du gouvernement canadien, Environnement Canada – CCEI, Burlington (Ontario).

  • Conseiller en recherche, Environnement Canada, CCEI, Burlington (Ontario).

  • Chercheur-boursier, University of Cincinnati (Ohio, États-Unis).

  • Assistant de recherche, Université Justus-Liebig de Giessen (Allemagne).

  • Vétérinaire, Livestock and Poultry Department (Balochistan, Pakistan).

Principales publications

Publications :

Pour une liste complète de publications, visitez : AAC en ligne

  1. Khan, I.U.H., Whiteduck-Léveillée, K., Whiteduck-Léveillée, J., Chen, W., Cloutier, M., Lapen, D.R., Wilkes, G., Villemur, R., and Topp E. 2019. Prevalence, distribution and correlation assessment of antimicrobial resistance and virulence genes among Arcobacter butzleri strains isolated from a Canadian Agricultural watershed. (En préparation)
  2. Zambri, M., Cloutier, M., Adam, Z., Lapen, D.R., Wilkes, G., Sunohara, M., Topp, E., Talbot, G., Khan, I.U.H. 2019. Novel virulence, antibiotic resistance and toxin gene-specific pcr-based assays for rapid pathogenicity assessment of Arcobacter faecis and Arcobacter lanthieri. BMC Microbiol. 19:11.
  3. Chen, W., Wilkes, G., Khan, I.U.H., Pintar, K.D., Thomas, J.L., Lévesque, C.A., Chapados, J.T., Topp, E., Lapen, D.R. 2018. Aquatic bacterial community associated with land use and environmental factors in agricultural landscapes using a metabarcoding approach. Front. Microbiol. 9:2301.
  4. Liu, L., Cloutier, M., Craiovan, E., Edwards, M., Frey, S.K., Gottschall, N., Lapen, D.R., Sunohara, M., Topp, E., Khan, I.U.H. 2018. Quantitative real-time PCR-based assessment of tile drainage management influences on densities and loads of bacterial pathogens in tile and groundwater. Sci. Total. Environ. 624:1586-1597.
  5. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Libby, M., Lapen, D.R., Wilkes, G., Topp, E., 2017. Enhanced single-tube multiplex PCR assay for detection and identification of six Arcobacter species. 123: 1522-1532. doi:10.1111/jam.13597.
  6. Fernando, D.M., Khan, I.U.H., Patidar, R., Lapen, D.R., Talbot, G., Topp, E., Kumar, A. 2016. Isolation and characterization of Acinetobacter baumannii recovered from Campylobacter selective medium. Front. Microbiol. 7:1871. doi: 10.3389/fmicb.2016.01871.
  7. Gottschall, N., Edwards, M., Craiovan, E., Frey, S.K., Sunohara, M.D., Ball, B., Zoski, E.D., Topp, E., Khan, I.U.H., Clark, I.D., and Lapen, D.R. 2016. Amending woodchip bioreactors with water treatment plant residuals to treat nitrogen, phosphorus, and veterinary antibiotic compounds in tile drainage. Ecol. Engin. 95, 852-864. doi : 10.1016/j.ecoleng.2016.06.011.
  8. Laprade, N., Cloutier, M., Lapen, D.R., Topp, E., Wilkes, G.A., Villemur, R., and Khan, I.U.H. 2016. Detection of virulence, antibiotic resistance and toxin (VAT) genes in Campylobacter species using newly developed multiplex PCR assays. J. Microbiol. Methods. 124: 41-47.
  9. Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Topp, E., Lapen, D.R., Talbot, G., Villemur, R., and Khan, I.U.H. 2016. Development and evaluation of multiplex PCR assays for rapid detection of virulence-associated genes in Arcobacter species. J. Microbiol. Methods. 121: 59-65.
  10. Whiteduck-Léveillée, K., Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Tambong, J.T., Xu, R., Topp, E., Arts, M.T., Chao, J., Adam, Z., Lévesque, C.A., Lapen, D.R., Villemur, R., Khan, I.U.H. 2015. Identification, characterization and description of Arcobacter faecis sp. nov., isolated from human feces. Sys
  11. Frey, S.K., Topp, E., Khan, I.U.H., Ball, B.R., Edwards, M., Gottschall, N., Sunohara, M., Lapen, D.R. 2015. Quantitative Campylobacter spp., antibiotic resistance genes, and veterinary antibiotics in surface and ground water following manure application: Influence of tile drainage control. Sci. Total. Environ. 532(1):138-153.
  12. Jokinen, C.C., Koot, J.,Cole, L., Desruisseau, A., Edge, T.A., Khan, I.U.H., Koning, W, Lapen, D.R., Pintar, K.D.M., Reid-Smith, R., Thomas, J.L., Topp. E., Wang, L.Y., Wilkes, G, Ziebell, K., van Bochove, E., Gannon, V.P.J. 2015. The distribution of Salmonella enterica serovars and subtypes in surface water from five agricultural regions across Canada. Water Res. 76:120-131.
  13. Whiteduck-Léveillée, K., Whiteduck-Léveillée, J., Cloutier, M., Tambong, J.T., Xu, R., Topp, E., Arts, M.T., Chao, J., Adam, Z., Lévesque, C.A., Lapen, D.R., Villemur, R., Talbot, G., Khan, I.U.H. 2015. Arcobacter lanthieri sp. nov., isolated from pig and dairy cattle manure. Int. J. Sys. Evol. Microbiol. 65:2709-2716.
  14. Samarajeewa, A.D., Hammad, A., Masson, L., Khan, I.U.H., Scroggins, R. 2015. Comparative assessment of next-generation sequencing, denaturing gradient gel electrophoresis, clonal restriction fragment length polymorphism and cloning-sequencing as methods for characterizing commercial microbial consortia. J. Microbiol. Methods 108:103-111.
  15. Khan, I.U.H., Gannon, V., Kent, R., Koning, W., Lapen, D.R., Medeiros, D., Miller, J., Neumann, N.F., Phillips, R., Schreier, H., Topp, E., van Bochove, E., Wilkes, G., Edge. T.A. 2014. A national investigation of the prevalence and diversity of thermophilic Campylobacter species in agricultural watersheds in Canada. Water Res. 61:243-252.
  16. Wilkes, G., Brassard, J., Edge, T.A., Gannon, V., Gottschall, N., Jokinen, C.C., Jones, T.H., Khan, I.U.H., Marti, R., Sunohara, M.D., Topp, E., Lapen, D.R. 2014. Long-term monitoring of waterborne pathogens and microbial source tracking markers in paired agricultural watersheds under controlled and conventional tile drainage management. Appl. Environ. Microbiol. 80(12):3708-3720.
  17. Zaky, A., Whiteduck-Leveillee, K., Cloutier, M., Chen, W., Lewis, C.T., Lévesque, C.A., Topp, E.,Lapen, D.R., Tambong, J.T., Talbot, G.,Khan, I.U.H. 2014. Draft genome sequence of three strains of Arcobacter spp. isolated from hog and dairy cattle manure. Genome Announc. doi:10.1128/genomeA.00377-14.
  18. Zaky, A., Whiteduck-Leveillee, K., Cloutier, M., Chen, W., Lewis, C.T., Lévesque, C.A., Topp, E.,Lapen, D.R., Tambong, J.T., Talbot, G.,Khan, I.U.H. 2014. Whole-genome sequence of two strains of Arcobacter spp. isolated from human feces. Genome Announc. doi:10.1128/genomeA.00034-14.
  19. Zaky, A., Whiteduck-Leveillee, K., Cloutier, M., Chen, W., Lewis, C.T., Lévesque, C.A., Topp, E.,Lapen, D.R., Tambong, J.T., Talbot, G.,Khan, I.U.H. 2014. Draft genome sequence of Arcobacter cibarius strain LMG21996T isolated from broiler carcasses. Genome Announc. doi:10.1128/genomeA.00113-14.
  20. Ryu, H., Elk, M., Edge, T.A., Harwood, V.J., Khan, I.U.H., Santo Domingo, J. 2014. Comparison of two poultry qPCR assays targeting the 16S rRNA gene of Brevibacterium sp. Water Res. 48: 613-621.
  21. Adam, Z., Tambong, J.T., Lewis, C.T., Lévesque, C.A., Chen, W., Bromfield, E.S.P., Khan, I.U.H., Xu, R. 2014. Draft genome sequence of Pantoea ananatis strain LMG 2665T, a bacterial pathogen of pineapple fruitlets. Genome Announc. 2(3):e00489-14. doi:10.1128/genomeA.00489-14.
  22. Khan, I.U.H., Hill, S., Nowak, E., Edge, T.A. 2013. Effect of incubation on the detection of thermophilic Campylobacter species from freshwater beaches, and nearby wastewater effluents and bird fecal droppings. Appl. Environ. Microbiol. 79(24): 7639-7645.
  23. Edge, T.A., Khan, I.U.H., Bouchard, R., Guo, J., Hill, S., Locas, A., Moore, L., Neumann, N., Nowak, E., Payment, P., Yang, R., Yerubandi, R., Watson. S. 2013. Occurrence of waterborne pathogens and Escherichia coli at offshore drinking water intakes in Lake Ontario. Appl. Environ. Microbiol. 79:5799-5813.
  24. Khan, I.U.H., Hill, S., Nowak, E., Palmer, M.E., Jarjanazi, H., Lee, D-Y., Mueller, M., Schop, R., Weir, S., Abbey, A-M.I., Winter, J., Edge, T.A. 2013. Investigation on the prevalence of Campylobacter species at Lake Simcoe Beaches. Inland Waters. 3: 93-104.
  25. Ryu, H., Griffith, J.F., Khan, I.U.H., Hill, S., Edge, T.A., Toleo-Hernandez, C., Gonzalez-Nieves, J., Domingo, J.S. 2012. Comparison of Gull Feces-Specific Assays Targeting the 16S rRNA Genes of Catellicoccus marimammalium and Streptococcus spp. Appl. Environ. Microbiol. 78: 1909-1916.
  26. Edge, T.A.,El-Shaarawi, A., Gannon, V., Jokinen, C., Kent, R., Khan, I.U.H., Koning, W., Lapen, D., Miller, J., Neumann, N., Phillips, R., Robertson, W., Schreier, H., Scott, A., Shtepani, I., Topp, E., Wilkes, G., van Bochove, E. 2012. Investigation of an Escherichia coli environmental benchmark for waterborne pathogens in agricultural watersheds in Canada. J. Environ. Qual. 41: 21-30.
  27. Selvaraju, S.B., Khan, I.U.H., Yadav, J.S. 2011. Susceptibility of Mycobacterium immunogenum and Pseudomonas fluorescens to formaldehyde and non-formaldehyde biocides in semi-synthetic metalworking fluids. Int. J. Mol. Sci. 12: 725-741.
  28. Khan, I.U.H., Gannon, V., Loughborough, A., Jokinen, C., Kent, R., Koning, W., Lapen, D.R., Medeiros, D., Miller, J., Neumann, N., Phillips, R., Schreier, H., Topp, E., van Bochove E.,  Edge, T.A. 2009. A methods comparison for the isolation and detection of thermophilic campylobacters in Agricultural watersheds. J. Microbiol. Methods. 79: 307-313.
  29. Khan, I.U.H., A. Loughborough, and T.A. Edge. 2009. DNA-based real-time detection and quantification of aeromonads in fresh water beaches at Lake Ontario. J. Water & Health. 7: 312-323.
  30. Stephanie, I., T.A. Edge, C. Valeo, I.U.H. Khan, V. Gannon, R. Kent, W. Koning, D.R. Lapen, D. Medeiros, J. Miller, R. Phillips, E. Topp, E. Van Bochove, N. Ruecker, Neumann, N.F. 2009. Source water protection: How well do traditional water quality indicators correlate with pathogen occurrence?American Water Works Association WQTC Conference Proceedings. 3710-3720.
  31. Selvaraju, S.B., I.U.H. Khan, and J.S. Yadav. 2008. Specific detection and quantification of culturable and non-culturable mycobacteria in metalworking fluids by fluorescence-based methods. Lett. Appl. Microbiol. 47: 451-456.
  32. Selvaraju, S.B., I.U.H. Khan, and J.S. Yadav. 2008. Differential biocide susceptibility of the multiple genotypes of Mycobacterium immunogenum. J. Indust. Microbiol. Biotechnol. 35: 197-203.
  33. Khan, I.U.H., and T.A. Edge. 2007. Development of a novel triplex PCR assay for the detection and differentiation of thermophilic species of Campylobacter using 16S-23S rDNA internal transcribed spacer (ITS) region. J. Appl. Microbiol. 103: 2561-2569.
  34. Khan, I.U.H., V. Gannon, R. Kent, W. Koning, D. R. Lapen, J. Miller, N. Neumann, R. Pillips, W. Robertson, E. Topp, E. van Bochove, and T.A. Edge. 2007. Development of a rapid quantitative PCR assay for direct detection and quantification of culturable and non-culturable Escherichia coli from agriculture watersheds. J. Microbiol. Methods. 69: 480-488.

Présentations orales / Affiches  

  1. Mahmud, M., Cloutier, M., Wilkes, G., Lapen, D.R., Topp, E., Kumar, A., Khan, I.U.H. 2018. Pathogenicity assessment of Arcobacter butzleri isolated from surface water of a Canadian agricultural watershed. Société canadienne des microbiologistes (SCM), 68e Conférence annuelle, Winnipeg (Manitoba), Canada, 18-21 juin 2018.
  2. Miltenburg, M.G., Cloutier, M., Islam, O., Lapen, D.R., Wilkes, G., Talbot, G., Topp, E., Khan, I.U.H. 2018. Spatio-temporal prevalence of Arcobacter faecis and A. lanthieri in agricultural water sources.​ Société canadienne des microbiologistes (SCM), 68e Conférence annuelle, Winnipeg (Manitoba), Canada, 18-21 juin 2018.
  3. Khan, I.U.H., Miltenburg, M.G., Cloutier, M., Islam, O., Lapen, D.R., Wilkes, G., Talbot, G., Topp, E. 2018. Quantitative Assessment of Agricultural Water Quality, Human and Animal Feces for Prevalence of Arcobacter faecis and A. lanthieri. ASM (American Society for Microbiology) Microbe 2018. 7-11 juin 2018, Atlanta, Géorgie. 
  4. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Lapen, D.R., Chen, W., Belov, A., Talbot, G., Wilkes, G., Topp, E. 2017. Assessment of pathogenicity of Arcobacter faecis and Arcobacter lanthieri strains using novel virulence, antibiotic resistance and toxin gene-based PCR assays. XV Congrès de l’Union internationale des sociétés de microbiologie (UISM), Singapour. 17-21 juillet 2017.
  5. Liu, P., Chen, W., Cloutier, M., Topp, E., Phillips, L., Drury, C., Lapen, D., Wilkes, G., Chapados. J., Khan, I.U.H. Enhanced recovery of microbiome diversity using droplet digital PCR for sequencing library preparation of metabarcoding. Société canadienne des microbiologistes (SCM) 67e Conférence annuelle, Waterloo (Ontario) Canada, 20-23 juin 2017.
  6. Quinn, J., Cloutier, M., Lapen, D.R., Wilkes, G., Khan, I.U.H. 2017. Quantitative assessment of agricultural water for the prevalence of human and animal viral pathogens. La Cité Collégiale, Ottawa (Ontario) Canada, 27 avril 2017. 
  7. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Lapen, D.R., Chen, W., Talbot, G., Wilkes, G., Topp, E., Edge, T., 2017. Applied genomics for food and water safety and agriculture Canada perspective. Institute of Food Quality and Food Safety, University of Hannover, Allemagne. 23 août 2017.
  8. Chen W, Dumonceaux T, Hamel M-A, Hambleton S, Khan I.U.H, Levesque CA. 2017. Genomics R&D Initiative - EcoBiomics. EU Workshop on Plants Microbiome Research and Innovation, Bruxelles. 22 février (sous presse)
  9. Fernando, E., Khan, I.U.H., Loewen, P., Lapen, D.R., Talbot, G., Topp, E., and Kumar, A. (2015). Expressions and characterization of Acinetobacter spp. from Canadian agricultural niches. 65e Conférence annuelle de la Société canadienne des microbiologistes, University of Regina, Regina (Saskatchewan) Canada, 15-18 juin 2015, AE46PC. (Affiche)
  10. Zambri, M., Cloutier, M., Zaky, A., Lapen, D.R., Topp, E., Talbot, G., Lévesque, C.A., Khan I.U.H. 2016. Investigation and evaluation of virulence, antibiotic resistance and toxin genes in A. faecis and A. lanthieri isolated from agricultural niches. Affiche présentée dans le cadre des exigences pour l’obtention du B. Sc. en biologie. Université d’Ottawa (Ontario) Canada. 28 avril 2016.
  11. Poulin-Laprade, D., Auffret, M.D., Gagnon, N., Barret, M., Jones, T.H., Topp, E., Brassard, J., Khan, I.U.H., Talbot, G. 2016. Microbial composition and greenhouse gas production of swine manure subjected to various physico-chemical treatments. 16e Int. Symp. Microb. Ecol., Montréal (Québec) Canada. 21-26 août 2016.
  12. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Talbot, G., Topp, E., Miltenburg, M.G., Libby, M., 2016. Effect of temperature and organic acids on the viability of Campylobacter spp. in dairy cattle manure. ASM (American Society for Microbiology) Microbe 2016. 16-20 juin 2016, Boston, Floride. 
  13. Kaneza, C.A., Khan, I.U.H., Chénier, M., 2016. Quantitative assessment of integrons concentration in antibiotic-free swine rearing. Société canadienne des microbiologistes (SCM) 66e Conférence annuelle, Toronto (Ontario) Canada, 12-15 juin 2016.
  14. Kaneza, C.A., Khan, I.U.H., Driscoll, B.T., Cloutier, M., Chénier, M., 2016. Decrease in the concentration of integrons in antibiotic-free swine rearing. 9e Symposium annuel du CRIPA, Montréal (Québec) Canada, 25-26 mai 2016.
  15. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Lapen, D.R., Topp, E., Wilkes, G., Jones, T., Brassard, J., Edge, T.A., Talbot, G. 2015. Quantitative detection and assessment of occurrence of human and animal viruses in agricultural aquatic environment. Société canadienne des microbiologistes (SCM) 65e Conférence annuelle, Regina (Saskatchewan) Canada, 15-18 juin 2015.
  16. Fernando, D.M., Khan, I.U.H., Patidar, R., Loewen, P., Lapen, D.R., Talbot, G., Topp, E., Kumar, A. 2015. Expression and characterization of Acinetobacter spp. from Canadian agricultural niches. Société canadienne des microbiologistes (SCM) 65e Conférence annuelle, Regina (Saskatchewan) Canada, 15-18 juin 2015.
  17. Nonfodji, K., Cloutier, M., Miltenburg, M.G., Libby, M., Talbot, G., Topp, E., Khan. I.U.H. 2015. Detection and DNA-based quantitative analysis of Arcobacter and Campylobacter species in cattle and pig manure. La Cité Collégiale, Ottawa (Ontario) Canada, 28 avril 2015. 
  18. Khan, I.U.H. 2015. Microbiology and Environment. Invited lecture at the undergraduate seminar series. 23 février 2015. Université Carleton.
  19. Khan, I.U.H., Cloutier, M., Topp, E., Lapen, D.R., Lévesque, C.A., Edge, T.A., Tambong, J.T., Talbot, G., Wilkes, G. 2014. Quantitative detection and identification of Arcobacter, Campylobacter and Helicobacter species in a Canadian agricultural watershed. XIV Congrès de l’Union internationale des sociétés de microbiologie (UISM), Montréal, Canada. 27 juillet–1er août 2014.
  20. Edge, T., Hill, S., Khan, I.U.H., Gannon, V.P., Crane, C., Collins H., Johnson, R., Topp, E., Roberts, C. 2014.  Microbial source tracking of pathogen and fecal pollution in shellfish harvesting areas in Atlantic Canada. XIV Congrès de l’Union internationale des sociétés de microbiologie (UISM), Montréal, Canada. 27 juillet–1er août 2014.

Affiliations

  • Membre, American Society for Microbiology
  • Membre, la Société canadienne des microbiologistes
  • Membre, du Collège canadien des microbiologistes
  • Membre, Association canadienne sur la qualité de l’eau

Langue

Anglais

Autres langues

Ourdou, pendjabi, allemand