Igor Lalin

Image Igor Lalin
Analyste de données

Analyse bioinformatique de l’ARN, de l’ADN et des protéines de végétaux, d’insectes et de microorganismes.

Énoncés de recherches/projets

–Importation d’un large éventail de données et de fichiers bioinformatiques (Illumina, PacBio, Fasta, Fastq, SAM/BAM, métadonnées, fichiers d’annotation, etc.)

–Séquençage d’ARN avec résultats de l’expression différentielle

–Séquences annotées avec BLAST2GO

–Analyse de petits ARN pour l’assemblage de novo d’un petit génome viral avec annotation post-assemblage 

–Importation de lectures longues PacBio et de lectures courtes Illumina pour l’assemblage de novo d’un génome végétal

–Cartographie de contigs de plantes par assemblage de novo par rapport au génome végétal de référence pour mettre à jour l’assemblage et réduire le nombre d’erreurs d’assemblage potentielles

–Visualisation de fichiers BAM

–Importation de données de biopuces pour comparer les traitements et les temps de traitement, afin d’avoir une vue d’ensemble des différences de génotype dans des conditions distinctes

–Visualisation des différences clés entre les phénotypes exprimés sous forme de cartes thermiques ou de grappes hiérarchiques

–Comparaison d’une bactérie inconnue à des espèces connues à l’aide d’outils d’alignement et de visualisation spécialisés, dont Artemis et Mauve, afin d’identifier l’organisme

–Importation de données de séquençage ChIP-seq d’ADN pour analyser les interactions entre l’ADN et des protéines, modifiées par des facteurs externes dans le cadre de l’enjeu majeur du changement climatique

–Comparaison de transcriptomes de plantes pour identifier de nouveaux miARN qui pourraient être impliqués dans la voie de contrôle de l’expression de l’ADN

–Assemblage de novo de génome fongique et affinement post-assemblage

–Formation permettant l’utilisation de Samtools, Bedtools, VCF, Bowtie, BWA, Tophat, Cufflinks, Cuffdiff, CLC Genomics Workbench 11.0

Activités professionnelles / intérêts

Travail auprès d’étudiants

Spécialiste de l’utilisation de logiciel en bioinformatique – Qiagen Genomics Workbench

Outils de ligne de commande (génomique) – Linux

Prix et études

B.Sc. spécialisé en biochimie, Université de Western, 2000

Outils de ligne de commande pour la science des données génomiques – Université John Hopkins, 2018