Émilie Tremblay, PhD

Image Émilie D. Tremblay
Chercheuse

Stagiaire post-doctorale

Recherche et / ou projets en cours

Émilie travaille présentement à développer des outils relevant de la biologie moléculaire afin de détecter des Tilletia spp, des champignons responsables de la carie du blé et d'autres graminées. Elle complète actuellement son stage post-doctoral avec Dr Sarah Hambleton à Agriculture et Agro-Alimentaire Canada, à Ottawa.

Activités professionnelles / intérêts

  • Bio-informatique
  • Métagénomique
  • Biologie moléculaire
  • Séquençage
  • Échantillons environnementaux
  • Travail d'équipe
  • Collaborations
  • Espèces exotiques envahissantes
  • Bio-surveillance
  • Surveillance
  • Échantillonnage d'air, de soil et d'insectes

Prix et études

Université Laval

  • Doctorat en Microbiologie (Janvier, 2015 -  Février 2019)
  • Maîtrise en microbiologie (Septembre 2013 - Décembre 2014)
  • Baccalauréat en microbiologie (Août 2010 - Avril 2013)

Principales publications

PUBLICATIONS

  1. Tremblay, É. D., M.‐O. Duceppe, G. B. Thurston, M.‐C. Gagnon, M.‐J. Côté, et G. J. Bilodeau. 2019. High‐resolution biomonitoring of plant pathogens and plant species using metabarcoding of pollen pellet contents collected from a honey bee hive. Environmental DNA 1 (2):155-175.
     
  2. Tremblay, É. D. 2019. Nouvelle méthode de dépistage de phytopathogènes fongiques et de plantes au potentiel envahissant par métabarcodage. Thèse de doctorat, Université Laval, Québec, Qc, Canada.
     
  3. Tremblay, E. D., T. Kimoto, J. A. Bérubé, et G. J. Bilodeau. 2019. High-Throughput sequencing to investigate phytopathogenic fungal propagules caught in baited insect traps. Journal of Fungi 5 (1 (15)).
     
  4. Tremblay, É. D., M.-O. Duceppe, J. A. Bérubé, T. Kimoto, et G. J. Bilodeau. 2018. Screening for exotic forest pathogens to increase survey capacity using metagenomics. Phytopathology 108 (12):1509-1521.
     
  5. Bengtsson-Palme, J., R. T. Richardson, M. Meola, C. Wurzbacher, É. D. Tremblay, K. Thorell, K. Kanger, K. M. Eriksson, G. J. Bilodeau, R. M. Johnson, M. Hartmann, et R. Henrik Nilsson. 2018. Metaxa2 Database Builder: Enabling taxonomic identification from metagenomic or metabarcoding data using any genetic marker. Bioinformatics 34 (23):4027–4033.
     
  6. Bérubé, J. A., P. N. Gagné, J. P. Ponchart, É. D Tremblay, et G. J. Bilodeau. 2018. Detection of Diplodia corticola spores in Ontario and Québec based on HighThroughput Sequencing (HTS) methods. Canadian Journal of Plant Pathology 40 (3).
     
  7. Roe, A. D., A. S. Torson, G. J. Bilodeau, P. Bilodeau, G. S. Blackburn, M. Cui, M. Cusson, D. Doucet, V. C. Griess, V. Lafond, G. Paradis, I. Porth, J. Prunier, V. Srivastava, E. D. Tremblay, A. Uzunovic, D. Yemshanov, et R. C. Hamelin. 2018. Biosurveillance of forest insects: part I—integration and application of genomic tools to the surveillance of non-native forest insects. Journal of Pest Science 92 (1):51-70.
     
  8. Bilodeau, P., A. D. Roe, G. J. Bilodeau, G. S. Blackburn, M. Cui, M. Cusson, D. Doucet, V. C. Griess, V. M. A. Lafond, C. Nilausen, G. Paradis, I.  Porth, J.  Prunier, V. Srivastava, D. Stewart, A. S.  Torson, É. D.  Tremblay, A. Uzunovic, D.  Yemshanov, et R. C.  Hamelin. 2018. Biosurveillance of forest insects: part II—adoption of genomic tools by end user communities and barriers to integration. Journal of Pest Science 92 (1):71-82.
     

PRÉSENTATIONS, AFFICHES ET RÉSUMÉS

  1. Tremblay, É. D., D. Shearlaw, H. D. T. Nguyen, et S. Hambleton. 2019. Laboratory testing of qPCR assays designed in silico reveal promising results to rapidly identify phytopathogenic Tilletia species. Dans Plant Canada 2019 meeting. 7-10 juillet 2019, Guelph, Ontario, Canada. (Affiche).
     
  2. Tremblay, É. D., M.-O. Duceppe, G. B. Thurston, M.‐C. Gagnon, M.‐J. Côté, et G. J. Bilodeau. 2018. Biomonitoring of phytopathogens and invasive plants through honeybees pollen pellets. Dans Canadian Phytopathological Society Eastern Ontario Regional annual meeting. 30 Novembre 2018, Ottawa, ON, Canada. (Présentation orale).
     
  3. Tremblay, É. D. , J. A. Bérubé, T. Kimoto, C. Lemieux, Bernier L., et G. J. Bilodeau. 2018. Development of a Next-Generation Sequencing screening method for exotic forest pathogens from fungal spores in air and occurring on insect vectors. Dans International Congress of Plant Pathology. 29 juillet - 3 août 2018, Boston, MA, USA. (Présentation orale).
     

  4. Tremblay, É. D., M.-O. Duceppe, J. A. Bérubé, T. Kimoto, C. Lemieux, et G. J. Bilodeau. 2017. Development of a NGS-based detection method to identify exotic forest pathogens from fungal spores suspended in air and occurring on insect vectors. Dans 1–3 novembre 2017, The 77th Annual Meeting of the Northeastern Division of American Phytopathology Society. Quebec, Qc, Canada. (Présentation orale).
     

  5. Tremblay, É. D., G. J. Bilodeau, et J. A. Bérubé. 2016a. Evaluation of next-generation sequencing for detection of potential threats or emerging forest pest, entry point from spore and insect traps. Dans Ontario Canadian Phytopathological Society meeting. 18 novembre 2016, Ottawa, ON, Canada: CPS. (Affiche).
     

  6. Tremblay, É. D., J. A. Bérubé, et G. J. Bilodeau. Identification of foreign forest fungi phytopathogens’ pathway to Canada: from field sampling to NGS. Dans Plant Research Seminar series, The plant research and Strategies unit-CFIA. 23 sept. 2016b, Ottawa, ON, Canada. (Présentation orale et en web-diffusion).
     

  7. Tremblay, É. D., G. J. Bilodeau, et J. A. Bérubé. 2016c. Evaluation of next-generation sequencing for detection of potential threats or emerging forest pest, entry point from spore and insect traps. Dans CFIA's Science Café. 7 juin 2016, Ottawa, ON, Canada. (Affiche).
     

  8. Côté, M.‐J., A. Colville, S. Jones, É. D. Tremblay, M.‐C. Gagnon, et M.-O. Duceppe. 2019. Identification of plant species in mixed seed samples using High-Throughput Sequencing (HTS) and DNA barcodes. Dans 8th International Barcode of Life Conference 2019. 17-20 juin 2019, Trondheim, Norvège. (Affiche).
     

  9. Côté, M.‐J., S. Jones, A. Colville, N. Wurm, É. D. Tremblay, et M.-O. Duceppe. 2019. Detection and identification of invasive plants and weed seeds in seed lots using Nest-Generation Sequencing (NGS) technology. Dans 32nd International Seed Testing Association Congress. 26 juin - 3 juillet 2019, Hyderbarad, Inde. (Affiche).

     

  10. Bérubé, J.A., Potvin A., D. Stewart, P. N. Gagné, Ponchart J. P., Phelan J., A. Varga, D. James, É. D. Tremblay, M.-O. Duceppe, T. Kimoto, et G. J. Bilodeau. 2018. Species, distribution and spore density of Heterobasidion in Canada. Dans 61st annual Forest Pest Management Forum. 4-6 décembre 2018, Ottawa, Ontario, Canada. (Résumé).

     

  11. Bérubé, J. A., Potvin A., D. Stewart, P. N. Gagné, J. P. Ponchart, Phelan J., A. Varga, D. James, É. D. Tremblay, M.-O. Duceppe, T. Kimoto, et G. J. Bilodeau. 2018. Species, distribution and spore density of Heterobasidion in Canada. Dans LIFE+ ELMIAS Ash and Elm, and IUFRO WP 7.02.01 Root and Stem Rots Conference (LIFE-IUFRO), édité par R. Vasaitis. 26 août - 1er septembre 2018, Uppsala et Visby, Suède: Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala. (Résumé).

     

  12. Bilodeau, G. J., É. D. Tremblay, et J. A. Bérubé. 2016. Next generation sequencing evaluation for detection of potential threats or emerging forest pest, entry point from spore and insect traps. Dans American Phytopathology Annual Meeting. 30 juillet - 3 août 2016, Tampa, FL, USA: Phytopathology. (Résumé).

     

  13. Côté, M.‐J., S. Jones, É. D. Tremblay, A. Colville, M.-O. Duceppe, G. J. Bilodeau, et Cheryl Dollard. 2017. Detection and identification of invasive plants and weed seeds in seed lots using Next-Generation Sequencing (NGS) technology. Dans International Seed Testing Association Annual Meeting. 19-22 juin 2017, Denver, CO, USA. (Résumé),

     

  14. Bilodeau, G. J., É. D. Tremblay, et J. A. Bérubé. 2017. Next-generation sequencing (NGS) using Ion Torrent technology for biosurveillance from spore and insect traps. Dans Annual Meeting, The Canadian Phytopathological Society, 2016/Réunion annuelle, la société canadienne de phytopathologie. 12-15 juin 2016, Moncton, NB, Canada: Canadian Journal of Plant Pathology. (Résumé).

     

  15. Bilodeau, G. J., É. D. Tremblay, et J. A. Bérubé. 2015b. Next generation sequencing evaluation for detection of potential threats or emerging forest pest and potential entry point. Dans Forest Pest Management Forum 2015. 3 décembre 2015, Ottawa, ON, Canada. (Résumé).

     

  16. Bilodeau, G. J., É. D. Tremblay, et J. A. Bérubé. 2015a. Next-generation sequencing, proof of concept for the detection of fungal spores of exotic pests in nearby point of entries into Canada. Dans National Science Day on Biovigilance and Precision agriculture. 9 juillet 2015, Saint-Jean-sur-Richelieu, Qc, Canada: The Horticulture R&D Centre, Agriculture and Agri-Food Canada. (Résumé).