Dr. Xianqin Yang

Fang, Y., Stanford, K., Yang, X. (2022). Lactic Acid Resistance and Population Structure of Escherichia coli from Meat Processing Environment. Microbiology Spectrum, [online] 10(5), e0135222. http://dx.doi.org/10.1128/spectrum.01352-22

Hui Wang, Nuria Prieto, Óscar López Campos, Brady Chabot, Xianqin Yang. 2022.The bacterial inactivation effect of amperage-based electrical stimulation in beef carcasses. Canadian Meat Council conference. June 13-15, 2022. Ottawa, Ontario, Canada

Zhang, P., Yang, X. (2022). Genetic Characteristics of the Transmissible Locus of Stress Tolerance (tLST) and tLST Harboring Escherichia coli as Revealed by Large-Scale Genomic Analysis. Applied and Environmental Microbiology, [online] 88(7), http://dx.doi.org/10.1128/aem.02185-21

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Zhang, P., Essendoubi, S., Keenliside, J., Reuter, T., Stanford, K., King, R., Lu, P., Yang, X. (2021). Genomic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 from cattle and pork-production related environments. npj Science of Food, [online] 5(1), http://dx.doi.org/10.1038/s41538-021-00097-0

Chez Escherichia coli, le locus de résistance à la chaleur (LRC) peut conférer différents degrés de résistance à la chaleur. Cette étude a porté sur les relations phylogénétiques ainsi que les caractéristiques génomiques et phénotypiques de bactéries E. coli avec ou sans LRC isolées de viande de bœuf par étalement direct sur gélose ou par culture dans un bouillon d’enrichissement à 42 °C. Les isolats d’E. coli LRC positifs (n = 24) ont été soumis à un séquençage du génome entier par lectures courtes et longues. Les isolats LRC négatifs (n = 18) provenant de sources équivalentes aux isolats LRC positifs ont été soumis à un séquençage par lectures courtes. Le temps de réduction décimale à 60 °C [D(60 °C)] a été évalué pour tous les isolats, ainsi que leur sensibilité aux désinfectants E-SAN et Perox-E. La croissance à 42 °C de certains isolats a aussi été évaluée. Les isolats LRC positifs et négatifs étaient bien séparés sur l’arbre génomique central, avec 22 des 24 isolats positifs regroupés en trois clades. Malgré des valeurs D(60 °C) différentes, les isolats des clades 1 et 2 étaient des isolats clonaux, comme l’a montré le sous-typage (typage par séquence multilocus [MLST]), MLST du génome de base et sérotypage). Les isolats de chaque clade étaient du même sérotype. Les isolats LRC négatifs étaient génétiquement diversifiés. Chez les isolats LRC positifs, la taille médiane du génome était de 0,3 Mbp plus grande (P < 0,001) (5,0 vs 4,7 Mbp), et on a constaté chez ces isolats une surreprésentation des gènes liés au maintien des plasmides, à la réponse au stress et aux prophages cryptiques, de même qu’une sous-représentation des gènes intervenant dans l’attachement épithélial et la virulence. Tous les isolats LRC positifs hébergeaient une copie chromosomique du LRC, et tous les isolats du clade 2 avaient une copie partielle supplémentaire du LRC sur des plasmides conjugatifs. À 42 °C, les taux de croissance étaient de 0,71 ± 0,02 et 0,65 ± 0,02 log(DO) h(-1) pour les isolats LRC positifs et négatifs, respectivement. Aucune différence significative dans la sensibilité aux désinfectants n’a été observée entre les isolats LRC positifs et négatifs.
IMPORTANCE. Les bactéries résistantes constituent un grave problème de salubrité alimentaire et de santé publique. La résistance à la chaleur conférée par le LRC varie largement entre les différentes souches d’E. coli. Les résultats de cette étude montrent que le bagage génomique et la composition du LRC, en plus de sa présence, jouent un rôle important dans le degré de résistance à la chaleur chez E. coli, et que les souches avec un certain bagage génétique sont plus susceptibles d’acquérir et de maintenir le LRC. Il faut également faire preuve de prudence lors de la récupération d’E. coli à des températures élevées, car la présence du LRC peut conférer des avantages de croissance à certaines souches. Il est intéressant de noter que les souches qui possèdent le LRC semblent avoir évolué davantage que les souches sans LRC chez l’hôte animal primaire pour s’adapter à leur habitat secondaire, comme en témoigne le nombre réduit de gènes impliqués dans la virulence et la fixation épithéliale. Les relations phylogénétiques entre les isolats semblent indiquer de plusieurs mécanismes d’acquisition du LRC par E. coli, probablement avant que la bactérie ne soit déposée sur la viande.

Yang, X., Wang, H., Hrycauk, S., Klassen, M.D. (2021). Effects of Peroxyacetic Acid Spray and Storage Temperature on the Microbiota and Sensory Properties of Vacuum-Packed Subprimal Cuts of Meat, 87(11), 1-16. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.03143-20

Zhang, P., Essendoubi, S., Keenliside, J., Reuter, T., Stanford, K., King, R., Lu, P., Yang, X. (2021). Genome sequences of 104 Escherichia coli O157:H7 isolates from pigs, cattle, and pork production environments in Alberta, Canada. Microbiology Resource Announcements, [online] 10(4), http://dx.doi.org/10.1128/MRA.01320-20

Essendoubi, S., Yang, X., King, R., Keenliside, J., Bahamon, J., Diegel, J., Lu, P., Cassis, R., Gensler, G., Stashko, N., Rolheiser, D. 83(11), 1909-1917. http://dx.doi.org/10.4315/JFP-20-146