Dr Wayne Xu

Responsable de l’étude de biologie – Bio-informatique

1. Diriger une équipe de bio-informatique pour soutenir la recherche en bio-informatique
2. Recherche en génomique et en bio-informatique pour l’étude du génome et du transcriptome, de la protéomique et de l’épigénétique, des variations génomiques, de la régulation des gènes et des associations de caractères.

Recherche et / ou projets en cours

  • Génomique ciblée et utile pour l’orge et l’avoine (TUGOAT) : Étude financée (2019-2024) par le projet J-002373 d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) en partenariat avec Génome Québec et le National Barley Cluster dirigé par le Conseil de l’orge du Canada dans le cadre du Partenariat canadien pour l’agriculture (PCA).
  • La rotation des cultures influe sur les sols suppresseurs de maladies: financé (2021-2023) par le programme Ag Action Manitoba - Recherche et innovation.

Énoncés de recherches/projets

  • Assemblage du génome : Utilisation de lectures d’extrémités appariées d’Illumina, de banques de longues séquences d’extrémités appariées, de séquences PacBio, de banques de lecture associées générées par la technologie 10X Chromium et du séquençage Hi-C pour assembler les pseudo-molécules du génome aux chromosomes.
  • Études de différenciation du transcriptome : Utilisation des séquences d’ARN pour les analyses de différenciation du transcriptome
  • Études des variations génomiques : Utilisation du séquençage du génome entier (SGE), du génotypage par séquençage (GBS) et du séquençage complet de l’exome (WEC) pour analyser les SNP/INDEL.
  • Étude d’association pangénomique (GWAS) : Mise au point de modèles d’apprentissage d’IA pour les GWAS du blé et de l’orge afin d’aider à la sélection et à l’édition génomiques.
  • Microbiome : Utilisation du séquençage du génome entier ou du séquençage 16S pour étudier le microbiote et le microbiome.
  • Analyse fonctionnelle des gènes et annotation : Utilisation de bases de données et d’outils informatiques pour l’annotation des gènes, des protéines et du génome.

Activités professionnelles / intérêts

  • Bio-informatique
  • Revue de la littérature scientifique
  • Examen des subventions
  • Enseignement

Principales publications

  1. Islam, M. N., Mourita, T., Oghenekaro, A.O., Kutcher, H. R., Harris, L.J., Overy, D. P., Turkington, T. K., Xu, W., and Wang, X. (2021) Genotyping by sequencing analysis of Fusarium poae field populations affecting small grain cereals in Canada, Tri-Society Virtual Conference, July 5-9 (oral).

    2021 - View publication details

  2. Wayne Xu, James R Tucker, Wubishet A Bekele, Frank M You, Yong-Bi Fu, Raja Khanal, Zhen Yao, Jaswinder Singh, Brian Boyle, Aaron D Beattie, François Belzile, Martin Mascher, Nicholas A Tinker, Ana Badea, Genome Assembly of the Canadian Two-row Malting Barley Cultivar AAC Synergy, G3 Genes|Genomes|Genetics, 2021;, jkab031, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab031

    2021 - View publication details

  3. J. R. Tucker, A. Badea, W. G. Legge, S. Maiti, Z. Yao, W. Xu, and W.G. D. Fernando. 2020. Transcriptomic analysis of a low-DON, in vitro selected, two-row malting barley variety in response to infection by multiple chemotypes of Fusarium graminearum. 2020 National Fusarium Head Blight Forum, December 2020, virtual. Poster#36.

    2020 - View publication details

  4. Yao, Z., You, F.M., N'Diaye, A., Knox, R.E., McCartney, C., Hiebert, C.W., Pozniak, C., Xu, W. (2020). Evaluation of variant calling tools for large plant genome re-sequencing. BMC Bioinformatics, [online] 21(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12859-020-03704-1

    2020 - View publication details

  5. Borrego-Benjumea, A., Carter, A., Tucker, J.R., Yao, Z., Xu, W., Badea, A. (2020). Genome-wide analysis of gene expression provides new insights into waterlogging responses in Barley (Hordeum vulgare L.). Plants, [online] 9(2), http://dx.doi.org/10.3390/plants9020240

    2020 - View publication details

  6. Rampitsch M, Huang M, Zhen Y, Radovanovic N, Xu W, Rampitsch C, Bykova NV (2019). Profiling of histone acetylation and methylation marks associated with embryo and aleurone tissue-specific epigenetic regulation of seed dormancy in wheat. ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics. Atlanta, Georgia, June 2 - 6, 2019. Poster presentation, Abstract ID number: 299846.

    2019 - View publication details

Installation de recherche

101, Route 100, Unité 100
Morden, MB R6M 1Y5
Canada

Language

Anglais