Dr. Wayne Xu

Responsable de l’étude de biologie – Bio-informatique

1. Diriger une équipe de bio-informatique pour soutenir la recherche en bio-informatique
2. Recherche en génomique et en bio-informatique pour l’étude du génome et du transcriptome, de la protéomique et de l’épigénétique, des variations génomiques, de la régulation des gènes et des associations de caractères.

Recherche et / ou projets en cours

  • Génomique ciblée et utile pour l’orge et l’avoine (TUGOAT) : Étude financée (2019-2024) par le projet J-002373 d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) en partenariat avec Génome Québec et le National Barley Cluster dirigé par le Conseil de l’orge du Canada dans le cadre du Partenariat canadien pour l’agriculture (PCA).
  • La rotation des cultures influe sur les sols suppresseurs de maladies: financé (2021-2023) par le programme Ag Action Manitoba - Recherche et innovation.

Énoncés de recherches/projets

  • Assemblage du génome : Utilisation de lectures d’extrémités appariées d’Illumina, de banques de longues séquences d’extrémités appariées, de séquences PacBio, de banques de lecture associées générées par la technologie 10X Chromium et du séquençage Hi-C pour assembler les pseudo-molécules du génome aux chromosomes.
  • Études de différenciation du transcriptome : Utilisation des séquences d’ARN pour les analyses de différenciation du transcriptome
  • Études des variations génomiques : Utilisation du séquençage du génome entier (SGE), du génotypage par séquençage (GBS) et du séquençage complet de l’exome (WEC) pour analyser les SNP/INDEL.
  • Étude d’association pangénomique (GWAS) : Mise au point de modèles d’apprentissage d’IA pour les GWAS du blé et de l’orge afin d’aider à la sélection et à l’édition génomiques.
  • Microbiome : Utilisation du séquençage du génome entier ou du séquençage 16S pour étudier le microbiote et le microbiome.
  • Analyse fonctionnelle des gènes et annotation : Utilisation de bases de données et d’outils informatiques pour l’annotation des gènes, des protéines et du génome.

Activités professionnelles / intérêts

  • Bio-informatique
  • Revue de la littérature scientifique
  • Examen des subventions
  • Enseignement

Prix et études

  • doctorat Microbiologie et immunologie, Université agricole de Nanjing et Institut de biochimie de Shanghai, CAS.
  • BSc. Informatique, Université du Manitoba

 

 

Principales publications

1) Xu W*, Tucker JR, Bekele W, You FM, Fu YB, Khanal R, Yao Z, Singh J, Boyle B, Beattie AD, Belzile F Mascher M, Tinker NA*, Badea A*. Genome assembly of the Canadian two-row malting barley cultivar AAC Synergy. 2020; G3: Genes, Genomes, Genetics.  doi.org/10.1093/g3journal/jkab031

2) Yao Z, You FM, N'Diaye A, Knox RE, McCartney C, Hiebert CW, Pozniak C, Xu W*.Evaluation of variant calling tools for large plant genome re-sequencing. BMC Bioinformatics. 2020 Aug 17;21(1):360. 

3) Borrego-Benjumea A, Carter A, Tucker JR, Yao Z, Xu W, Badea A. Genome-Wide Analysis of Gene Expression Provides New Insights into Waterlogging Responses in Barley (Hordeum vulgare L.). Plants (Basel). 2020 Feb 13;9(2):240. 

4) Beacon TH, Xu W, Davie JR. Genomic landscape of transcriptionally active histone arginine methylation marks, H3R2me2s and H4R3me2a, relative to nucleosome depleted regions. Gene. 2020 Jun 5;742:144593.

5) Ren Y, Su H, She Y, Dai C, Xie D, Narrandes S, Huang S, Chen C, Xu W*. Whole genome sequencing revealed microbiome in lung adenocarcinomas presented as ground-glass nodules. Transl Lung Cancer Res 2019;8(3):235-246. doi: 10.21037/tlcr.2019.06.11

6) Jahan S, Beacon TH, Xu W, Davie JR. Atypical chromatin structure of immune-related genes expressed in chicken erythrocytes. Biochem Cell Biol. 2019 Jul 5. doi: 10.1139/bcb-2019-0107. 

7) Ren Y, Huang S, Dai C, Xie D, Zheng L, Xie H, Zheng H, She Y, Zhou F, Wang Y, Li P, Fei K, Jiang G, Zhang Y, Su B, Sweet-Cordero EA, Tran NL, Yang Y, Patel JN, Rolfo C, Rocco G, Cardona AF, Tuzi A, Suter MB, Yang P, Xu W*, Chen C*. Germline Predisposition and Copy Number Alteration in Pre-stage Lung Adenocarcinomas Presenting as Ground-Glass Nodules. Front Oncol. 2019 Apr 18;9:288. doi: 10.3389/fonc.2019.00288. eCollection 2019.

8) Huang S, Xu W, Hu P, Lakowski TM. Integrative Analysis Reveals Subtype-Specific Regulatory Determinants in Triple Negative Breast Cancer. Cancers (Basel). 2019 Apr 10;11(4). pii: E507. doi: 10.3390/cancers11040507.

9) Jahan S, Beacon TH, He S, Gonzalez C, Xu W, Delcuve GP, Jia S, Hu P, Davie JR. Chromatin organization of transcribed genes in chicken polychromatic erythrocytes. Gene. 2019 May 30;699:80-87. doi: 10.1016/j.gene.2019.03.001. Epub 2019 Mar 8.

10) Xu W, Liyanage VRB, MacAulay A, Levy RD, Curtis K, Olson CO, Zachariah RM, Amiri S, Buist M, Hicks GG, Davie JR, Rastegar M. Genome-Wide Transcriptome Landscape of Embryonic Brain-Derived Neural Stem Cells Exposed to Alcohol with Strain-Specific Cross-Examination in BL6 and CD1 Mice. Sci Rep. 2019 Jan 18;9(1):206. doi: 10.1038/s41598-018-36059-y.

33) Okagaki RJ, Cho S, Kruger WM, Xu W, Heinen S, Muehlbauer GJ. The barley UNICULM2 gene resides in a centromeric region and may be associated with signaling and stress responses. Funct Integr Genomics. 2013 13(1):33-41.

35) Li L, Petsch K, Shimizu R, Liu S, Xu W, Ying K, Yu J, Scanlon M, Schnable P, Timmermans M, Springer N, Muehlbauer G. Mendelian and non-Mendelian regulation of gene expression in the maize shoot apex. PLoS Genetics, 2012 9(1):e1003202.

 

42) Waters AJ, Makarevitch I, Eichten SR, Swanson-Wagner RA, Yeh CT, Xu W, Schnable PS, Vaughn MW, Gehring M, Springer NM. Parent-of-origin effects on gene expression and DNA methylation in the maize endosperm. Plant Cell, 2011, 23(12):4221-33.

47) Xu W*, Carter CJ. Parallel multiplicity and error discovery rate (EDR) in microarray experiments. BMC Bioinformatics. 2010, 11(1):465, p1-12. 

48) Jia H, Millett BP, Cho S, Bilgic H, Xu W, Smith KP, Muehlbauer GJ. Quantitative trait loci conferring resistance to Fusarium head blight in barley respond differentially to Fusarium graminearum infection. Funct Integr Genomics 2010, 11(1):95-102.

51) Severin AJ, Peiffer GA, Xu W, Hyten DL, Bucciarelli B, O'Rourke JA, Bolon YT, Grant D, Farmer AD, May GD, Vance CP, Shoemaker RC, Stupar RM. An integrative approach to genomic introgression mapping. Plant Physiol. 2010, 154(1):3-12.

55) Xu W*, Cho S, Yang SS, Bolon YT, Bilgic H, Jia H, Xiong Y, Muehlbauer G. Single-feature polymorphism discovery by computing probe affinity shape powers, BMC Genetics 2009, 10:48, p1-14.

58) Bolton MD, Kolmer JA, Xu W, Garvin DF. Lr34-mediated leaf rust resistance in wheat: transcript profiling reveals a high energetic demand supported by transient recruitment of multiple metabolic pathways. Mol Plant Microbe Interact, 2008, 21(12):1515-27. 

 

Installation de recherche

101, Route 100, Unité 100
Morden, MB R6M 1Y5
Canada

Language

Anglais