Dr. Peipei Zhang

Zhang, P., Ruan, E., Holman, D.B., Yang, X. (2022). Effects of a Carnobacterium maltaromaticum strain at natural contamination levels on the microbiota of vacuum-packaged beef steaks during chilled storage. Food Science and Technology - LWT, [online] 168 http://dx.doi.org/10.1016/j.lwt.2022.113944

Fang, Y., Visvalingam, J., Zhang, P., Yang, X. (2022). Biofilm formation by Non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli in monocultures and co-cultures with meat processing surface bacteria. Food Microbiology, [online] 102 http://dx.doi.org/10.1016/j.fm.2021.103902

Chez Escherichia coli, le locus de résistance à la chaleur (LRC) peut conférer différents degrés de résistance à la chaleur. Cette étude a porté sur les relations phylogénétiques ainsi que les caractéristiques génomiques et phénotypiques de bactéries E. coli avec ou sans LRC isolées de viande de bœuf par étalement direct sur gélose ou par culture dans un bouillon d’enrichissement à 42 °C. Les isolats d’E. coli LRC positifs (n = 24) ont été soumis à un séquençage du génome entier par lectures courtes et longues. Les isolats LRC négatifs (n = 18) provenant de sources équivalentes aux isolats LRC positifs ont été soumis à un séquençage par lectures courtes. Le temps de réduction décimale à 60 °C [D(60 °C)] a été évalué pour tous les isolats, ainsi que leur sensibilité aux désinfectants E-SAN et Perox-E. La croissance à 42 °C de certains isolats a aussi été évaluée. Les isolats LRC positifs et négatifs étaient bien séparés sur l’arbre génomique central, avec 22 des 24 isolats positifs regroupés en trois clades. Malgré des valeurs D(60 °C) différentes, les isolats des clades 1 et 2 étaient des isolats clonaux, comme l’a montré le sous-typage (typage par séquence multilocus [MLST]), MLST du génome de base et sérotypage). Les isolats de chaque clade étaient du même sérotype. Les isolats LRC négatifs étaient génétiquement diversifiés. Chez les isolats LRC positifs, la taille médiane du génome était de 0,3 Mbp plus grande (P < 0,001) (5,0 vs 4,7 Mbp), et on a constaté chez ces isolats une surreprésentation des gènes liés au maintien des plasmides, à la réponse au stress et aux prophages cryptiques, de même qu’une sous-représentation des gènes intervenant dans l’attachement épithélial et la virulence. Tous les isolats LRC positifs hébergeaient une copie chromosomique du LRC, et tous les isolats du clade 2 avaient une copie partielle supplémentaire du LRC sur des plasmides conjugatifs. À 42 °C, les taux de croissance étaient de 0,71 ± 0,02 et 0,65 ± 0,02 log(DO) h(-1) pour les isolats LRC positifs et négatifs, respectivement. Aucune différence significative dans la sensibilité aux désinfectants n’a été observée entre les isolats LRC positifs et négatifs.
IMPORTANCE. Les bactéries résistantes constituent un grave problème de salubrité alimentaire et de santé publique. La résistance à la chaleur conférée par le LRC varie largement entre les différentes souches d’E. coli. Les résultats de cette étude montrent que le bagage génomique et la composition du LRC, en plus de sa présence, jouent un rôle important dans le degré de résistance à la chaleur chez E. coli, et que les souches avec un certain bagage génétique sont plus susceptibles d’acquérir et de maintenir le LRC. Il faut également faire preuve de prudence lors de la récupération d’E. coli à des températures élevées, car la présence du LRC peut conférer des avantages de croissance à certaines souches. Il est intéressant de noter que les souches qui possèdent le LRC semblent avoir évolué davantage que les souches sans LRC chez l’hôte animal primaire pour s’adapter à leur habitat secondaire, comme en témoigne le nombre réduit de gènes impliqués dans la virulence et la fixation épithéliale. Les relations phylogénétiques entre les isolats semblent indiquer de plusieurs mécanismes d’acquisition du LRC par E. coli, probablement avant que la bactérie ne soit déposée sur la viande.

Zhang, P., Britton, A.P., Visser, K.A., Welke, C.A., Wassink, H., Prins, E., Yang, X., Martin-Visscher, L.A. (2021). Genome Sequences of Bacteriophages cd2, cd3, and cd4, which Specifically Target Carnobacterium divergens. Microbiology Resource Announcements, [online] 10(34), http://dx.doi.org/10.1128/MRA.00636-21

Peipei Zhang, Saida Essendoubi, Julia Keenliside, Tim Reuter, Kim Stanford, Robin King, Patricia Lu and Xianqin Yang. 2021. Phylogenetic and genomic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 from pigs, cattle and pig production-related environments in Alberta, Canada. Banff Pork Seminar, Banff, AB, Canada, January 05-07, 2021.

Visvalingam, J., P. Zhang, T. C. Ells, and X. Yang. 2018. Dynamics of Biofilm Formation by Salmonella Typhimurium and Beef Processing Plant Bacteria in Mono- and Dual-Species Cultures. Microbial Ecology. https://doi.org/10.1007/s00248-018-1304-z

Youssef, M.K, Tran, F., Zhang P., Gill, C.O. and Yang, X. 2017. Storage-life and microflora of vacuum-packaged pork loin cuts in relation to beef from the same abattoir. International Association for Food Protection annual meeting (IAFP 2017), Tampa Bay, Florida, USA, July 9-12, 2017