Dr. Michael Rott

L'objectif principal de la recherche ces dernières années a été l'identification et la caractérisation des virus infectant les plantes hôtes ligneuses, en mettant l'accent sur ​​les virus nouvellement détectés, les virus potentiellement envahissants et les virus de quarantaine connus. En tirant parti des progrès récents dans les techniques de séquençage parallèle massif, il est maintenant possible de caractériser complètement le nombre et les espèces de virus infectant les plantes. Cela inclut les virus jamais identifiés, ainsi que de nouvelles variantes de virus les plus connus. La richesse des informations générées par ces études sont utilisées pour améliorer les méthodes de détection actuelles basées sur la PCR pour les tests post-quarantaine et les enquêtes nationales. Nous travaillons également à l'élaboration du flux de travail et protocoles pour le séquençage de nouvelle génération en tant que tests directs pour virus sur des plantes en post-quarantaine et des essais par sondage ad hoc d’échantillons afin de rationaliser et d'améliorer les tests dans leur ensemble.

Le deuxième domaine de recherche a porté sur la caractérisation moléculaire du nématode Globodera rostochiensis de la pomme de terre des dans le but d'identifier les facteurs génétiques associés à la pathogénicité et liée aux pathotypes uniques de ce nématode. L'approche a consisté à utiliser le séquençage de nouvelle génération pour l'ensemble du génome, ainsi que, des comparaisons du transcriptome de plusieurs pathotypes de G. rostochiensis. A partir de ces données, de nouveaux tests moléculaires doivent être développées pour identifier G. rostochiensis directement à partir d'échantillons sur le terrain.