Dr. Geneviève Labbé
Développement et mise en œuvre d'outils et de pipelines bioinformatiques pour l'analyse in silico des données de séquençage complet du génome dans le groupe de recherche sur la génomique des pathogènes dirigé par le Dr John H.E. Nash dans la division des maladies entériques au Laboratoire national de microbiologie.
Recherche et / ou projets en cours
Mise au point d'outils novateurs de génomique et de bioinformatique pour les tests de laboratoire spécialisés et les services de référence qui contribueront à des interventions de santé publique plus efficaces. Travaillant actuellement sur deux projets de recherche financés par l'initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG): «Sous-typage par polymorphismes de nucléotide unique de Salmonella Enteritidis et Salmonella Heidelberg», et «Bactériologie entérique: combler l’écart épidémiologique pour les sérotypes prioritaires de Salmonella par caractérisation génomique et développement de nomenclatures».
Énoncés de recherches/projets
- Mise au point d'outils de bioinformatique pour aider la surveillance à long terme des agents pathogènes d'origine alimentaire
- Développement de l'outil biohansel pour le sous-typage rapide des pathogènes hautement clonaux à l'aide de polymorphismes canoniques à nucléotide unique. L'outil biohansel comprend des schémas de sous-typage pour Salmonella sous-espèce enterica sérovar Heidelberg et Enteritidis utilisant des séquences de 33 nucléotides incluants des polymorphismes canoniques à nucléotide unique. https://github.com/phac-nml/biohansel
Prix et études
Doctorat en Philosophie, Chimie, University of Waterloo, Waterloo, ON. 2009
Dynamics and Inhibition of Class II Fructose 1,6-bisphosphate Aldolase
Superviseur: Dr. J. Guy Guillemette
Maîtrise en sciences, Biochimie, Université Laval, Québec, QC. 2000
Spécificité d’une hydrolase impliquée dans la dégradation des biphényles polychlorés
Superviseur: Dr. Lindsay D. Eltis
Principales publications
1. Usongo V., Berry C., Yousfi K., Doualla-Bell F., Labbé G., Johnson R., Fournier E., Nadon C., Goodridge L., Bekal S. (2018) Impact of the choice of reference genome on the ability of the core genome SNV methodology to distinguish strains of Salmonella enterica serovar Heidelberg. PLoS One. 2018 Feb 5;13(2):e0192233.
2. Labbé G., Ziebell K., Bekal S., Macdonald K.A., Parmley E.J., Agunos A., Desruisseau A., Daignault D., Slavic D., Hoang L., Ramsay D., Pollari F., Robertson J., Nash J.H., Johnson R.P. (2016) Complete Genome Sequences of 17 Canadian Isolates of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Heidelberg from Human, Animal, and Food Sources. Genome Announcements 4(5):e00990-16.
3. Labbé G., Edirmanasinghe R., Ziebell K., Nash J.H.E., Bekal S., Parmley E.J., Mulvey M.R., Johnson R.P. (2016) Complete genome and plasmid sequences of three Canadian isolates of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg from human and food sources. Genome Announcements 4(1):e01526-15.
4. Rehman M.A., Labbé G., Ziebell K., Johnson R.P., Nash J.H.E. (2015) Complete Genome and Plasmid Sequences of three Canadian Strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis belonging to Phage Types 8, 13 and 13a. Genome Announcements (5):e01017-15.
ORCID