Dr Franck Stefani

Image Franck Stefani
Chercheur scientifique
  • Conservateur de la Collection Canadienne des Champignons Mycorhiziens à Arbuscules (CCCMA)
  • Microbiome des sols et écologie numérique
  • Taxonomie, systématique et génétique des champignons mycorhiziens à arbuscules
  • Cultures in vivo et in vitro des champignons mycorhiziens à arbuscules

Recherche et / ou projets en cours

Les travaux de recherche menés au sein du laboratoire des symbioses mycorhiziennes visent à améliorer les connaissances sur les microbiomes du sol en général et sur la diversité des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) en particulier, et à comprendre comment maximiser leurs bénéfices envers les plantes et la fertilité des sols. Afin d'atteindre ces objectifs de recherche, les activités de recherche sont réalisées par les techniciennes d'AAC Dre Lobna Abdellatif et Claudia Banchini, ainsi que le candiat au doctorat Simon Thériault (co-supervision prof. M. Hijri - Université de Montréal). L'équipe s'occupe également de la Collection Canadienne des champignons mycorhiziens arbusculaires (CCCMA). À long terme, ces travaux de recherche visent à soutenir la transition vers une agriculture durable.

Anciens membres du labo: 

Chercheur postdoctoral: Dr Vasilis Kokkoris 2018-2020 (co-supervision Dr J. Dettman et prof. N. Corradi - UOttawa)

Étudiant à la maitrise: 

  • Dane Goh 2018-2021 (co-supervision prof. A MacLean - UOttawa)
  • Louis Paré 2019-2022 (co-supervision prof. L. Bernier  - ULaval)

Étudiant au doctorat

  • Jean-Marc Kyalamakasa Kaumbu (co-supervision prof. Damase P. Khasa - ULaval)

Énoncés de recherches/projets

  • Stefani F /   Gouvernement du Canada , financement ministériel / Observatoire canadien de la biodiversité des sols / $ 450K / 2022-2025.
  • Hambleton S /  Gouvernement du Canada , financement ministériel Base-A / Fungal and Bacterial Biosystematics - bridging taxonomy and “omics” technology in agricultural research and regulation/ $ 3,000K / 2019-2025. Stefani: participant, responsable de l'objectif "Taxonomie, systématique moléculaire et métagénomique des champignons mycorhiziens à arbuscules".
  • Lybaert A / Gouvernement du Canada , financement ministériel Base-A / Gestion et développement des collections biologiques d'AAC / $ 3,000K / 2019-2025. Stefani: participant, conservateur de la collection canadienne des champignons mycorhiziens à arbuscules (CCCMA).

Publications

  1. Stefani F, Beguin J, Paré D, Morency M-J, Martineau C, Fortin JA, Thiffault N, Séguin A. 2023. Does wood mulch trigger microbially mediated positive plant-soil feedback in degraded boreal forest sites? A post hoc study. Front Plant Sci 14, 1122445. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.937912

  2. Paré L, Banchini C, Hamel C, Bernier L, Stefani F. 2022. A simple and low-cost technique to initiate single-spore cultures of arbuscular mycorrhizal fungi using a superabsorbent polymer. Symbiosis 88:61–73. https://doi.org/10.1007/s13199-022-00878-5

  3. Goh D, Martin JGA, Banchini C, MacLean AM, Stefani F. 2022. RocTest: A standardized method to assess the performance of root organ cultures in the propagation of arbuscular mycorrhizal fungi. Front Microbiol 13, 937912. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.937912

  4. Serghi EU, Kokkoris V, Cornell C, Dettman J, Stefani F, Corradi N. 2021. Homo- and Dikaryons of the Arbuscular Mycorrhizal Fungus Rhizophagus irregularis Differ in Life History Strategy. Front Plant Sci 12, 715377. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.715377

  5. Cornell C, Kokkoris V, Turcu B, Dettman J, Stefani F, Corradi N. (2021). The arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis harmonizes nuclear dynamics in the presence of distinct abiotic factors. Fungal Genetics Biology 158, 103639. https://doi.org/10.1016/j.fgb.2021.103639

  6. Serghi EU, Kokkoris V, Cornell C, Dettman J, Stefani F, Corradi N. (2021). Homo- and dikaryons of the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis differ in life history strategy. Frontiers in Plant Science 12, 715377. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.715377

  7. Savard M, Martineau C, Laganière J, Bégin C, Marion J, Smirnoff A, Stefani F, Bergeron J, Rheault K, Paré D, Séguin A. (2021). Nitrogen isotopes in the soil-to-tree continuum – Tree-rings express the soil biogeochemistry of boreal forests exposed to moderate airborne emissions. Science of the Total Environment 146581. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146581

  8. Kokkoris V, Chagnon P-L,Yildirir G, Clarke K, Goh D, MacLean A M, Dettman J, Stefani F, Corradi N. (2021). Host identity influences nuclear dynamics in arbuscular mycorrhizal fungi. Current Biology 31: 1-8. https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.01.035

  9. Stefani F, Dupont S, Laterrière M, Knox R, Ruan Y, Hamel C, Hijri M. (2020). Similar arbuscular mycorrhizal fungal communities in 31 durum wheat cultivars (Triticum turgidum L. var. durum) under field conditions in eastern Canada. Frontiers in Plant Science 11: 1206. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.01206

  10. Kokkoris V, Stefani F, Dalpé Y, Dettman J, Corradi N. (2020). Nuclear dynamics in the arbuscular mycorrhizal fungi. Trends in Plant Science  25(8): 765-778. https://doi.org/10.1016/j.tplants.2020.05.002

  11. Stefani F, Bencherif K, Sabourin S, Hadj-Sahraoui A, Banchini C, Séguin S, Dalpé Y. (2020). Taxonomic assignment of arbuscular mycorrhizal fungi in an 18S metagenomic dataset: a case study with saltcedar (Tamarix aphylla). Mycorrhiza 30: 243–255. https://doi.org/10.1007/s00572-020-00946-y

  12. Pacé M, Fenton NJ, Paré D, Stefani F, Massicotte HB, Tackaberry LE, Bergeron Y. (2018). Lichens contribute to open woodland stability in the boreal forest through detrimental effects on pine growth and root ectomycorrhizal development. Ecosystems 22(1): 189-201. https://doi.org/10.1007/s10021-018-0262-0

  13. Stefani F, Isabel N, Morency M-J, Lamothe M, Nadeau S, Lachance D, Li EHY, Greer C, Yergeau E, Pinno BD, Séguin A. (2018). The impact of reconstructed soils following oil sands exploitation on aspen and its associated belowground microbiome. Scientific Reports 8: 2761. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20783-6

  14. Yu J, Baninasab B, Xu S, Tabori M, Zhang Y, Wang X, DeSchiffart I, Dalpé Y, Stefani F, Séguin S, Ma B, Xu C and Khanizadeh S. (2017). Effect of arbuscular mycorrhizal fungi on tolerance and growth of selected spring wheat (Triticum aestivum L.) lines under salinity stress. Journal of Food, Agriculture & Environment 15: 40–47. https://doi.org/10.1234/4.2017.5459

  15. Klopfenstein NB et al. (2017). Insights into the phylogeny of Northern Hemisphere Armillaria: Neighbor-net and Bayesian analyses of translation elongation factor 1-α gene sequences. Mycologia 109 (1): 75-91. http://doi.org/10.1080/00275514.2017.1286572

  16. Badri A, Stefani F, Lachance G, Roy-Arcand L, Beaudet D, Vialle A, Hijri M. (2016). Molecular diagnostic toolkit for Rhizophagus irregularis isolate DAOM- 197198 using quantitative PCR assay targeting the mitochondrial genome. Mycorrhiza 26 (7): 721-733. http://doi.org/10.1007/s00572-016-0708-1

  17. Bell TH, Stefani F, Abram K, Champagne J, Yergeau E, Hijri M, St-Arnaud M. (2016). A Diverse soil microbiome degrades more crude oil than specialized bacterial assemblages obtained in culture. Applied and Environmental Microbiology 82: 5530– 5541. http://doi.org/10.1128/AEM.01327-16

  18. Nadimi M, Stefani F, Hijri M. (2016). The large (134.9 kb) mitochondrial genome of the glomeromycete Funneliformis mosseae. Mycorrhiza 26 (7): 747-755. http://doi.org/10.1007/s00572-016-0710-7

  19. Stefani F, Klimaszewski J, Morency M-J, Blais M, Labrie P, Séguin S, Venier L. (2016). Diversity of fungal gut associates of rove beetles (Coleoptera: Staphylinidae) in boreal forest. Fungal Ecology 23: 164-171. https://doi.org/10.1016/j.funeco.2016.05.001

  20. Stefani F, Bell TH, Marchand C, de la Providencia IE, El Yassimi A, St- Arnaud M, Hijri M. (2015). Culture-dependent and independent methods capture different microbial community fractions in hydrocarbon-contaminated soils. PLoSONE, 10: e0128272, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0128272

  21. de la Providencia IE, Stefani F, Labridy M, St-Arnaud M, Hijri M. (2015). Arbuscular mycorrhizal fungal diversity in an extreme petroleum hydrocarbon- polluted sedimentation basin. FEMS Microbiology Letters, 362 (12): fnv081. https://doi.org/10.1093/femsle/fnv081

  22. Chapman TF, May TW, Stefani F, Bougher NL, Robinson RM. (2015). Fungal hyphae of Coprinopsis found in a bilby (Macrotis lagotis) burrow spoil- mound. Australasian Mycologist 32: 6-9.

  23. Nadimi M, Stefani F, Hijri M. (2014). The mitochondrial genome of the glomeromycete Rhizophagus sp. DAOM 213198 reveals an unusual organization consisting of two circular chromosomes. Genome Biology and Evolution 7(1): 96–105. https://doi.org/10.1093/gbe/evu268

  24. Hassan SE, Bell TH, Stefani F, Denis D, Hijri M, St-Arnaud M. (2014). Contrasting the community structure of arbuscular mycorrhizal fungi from hydrocarbon- contaminated and uncontaminated soils following willow (Salix spp. L.) planting. PLoSONE 9: e102838. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0102838

  25. Stefani F, RH Jones, TW May. (2013). Concordance of seven gene genealogies compared to phenotypic data reveals multiple cryptic species in Australian dermocyboid Cortinarius (Agaricales). Molecular Phylogenetics and Evolution 71: 249-260. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2013.10.019

  26. Lamarche J, Stefani F, Séguin A, Hamelin RC. (2011). Impact of endochitinase transformed white spruce on soil fungal communities. FEMS Microbiology Ecology 76: 199-208. https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2011.01041.x

  27. Stefani F and Hamelin RC. (2010). The current state of genetically modified plant on target and non-target fungi. Environmental Reviews 18: 441-475. https://doi.org/10.1139/A10-022

  28. Stefani F, Sokolski S, Wurtz TL, Piché Y, Hamelin RC, Fortin JA, Bérubé JA. (2010). Morchella tomentosa: a unique belowground structure and a new clade of morels. Mycologia 102(5): 1082-1088. https://doi.org/10.3852/09-294

  29. Stefani F, Tanguay P, Piché Y and Hamelin RC. (2010). Impact of endochitinase transformed white spruce on soil fungal biomass and ectendomycorrhizal symbiosis. Applied and Environmental Microbiology 76(8): 2607-2614. https://doi.org/10.1128/AEM.02807-09

  30. Stefani F, Moncalvo J-M, Séguin A, Bérubé JA, Hamelin RC. (2009). Impact study of an 8-year-old transgenic poplar plantation on the ectomycorrhizal fungal community. Applied and Environmental Microbiology 75(23): 7527-7536. https://doi.org/10.1128/AEM.01120-09

  31. Stefani F and Bérubé JA. (2006). Evaluation of foliar fungal endophyte incidence in field-grown transgenic Bt white spruce trees. Canadian Journal of Botany 84: 1573-1580. https://doi.org/10.1139/b06-110

  32. Stefani F and Bérubé JA. (2006). Biodiversity of foliar fungal endophytes in white spruce (Picea glauca) from southern Québec. Canadian Journal of Botany 84: 777-790. https://doi.org/10.1139/b06-022

Activités professionnelles / intérêts

  • Impact des pratiques agricoles sur le microbiome des sols et les communautés de CMA 
  • Nouvelles espèces de CMA
  • Transition des pratiques agricoles conventionnelles vers des pratiques agricoles durables
  • Restauration de la fertilité des sols et séquestration du carbone dans le sol

Prix et études

  • PhD en Sciences forestières, Université Laval, 2010
  • DEA (Diplôme d'études approfondies), specialité Sciences Environnementales, Université de Corse, 2004
  • IUP (Institut Universitaire Professionnel), specialité Génie de l'Environnement, Université de Corse, 2002
  • BTSA (Brevet de Technicien Supérieur Agricole), specialité Foresterie, Lycée agricole de Poisy-Annecy, 2000

Expérience et / ou de travail international

  • 2016 - Présent, Chercheur scientifique (Mycologie), Laboratoire des symbioses mycorhiziennes, Centre de recherche et développement d'Ottawa, Agriculture et Agroalimentaire Canada. Conservateur de la Collection canadienne de champignons mycorhiziens arbusculaires. Professeur associé à l'Université Laval, département des sciences du bois et de la forêt. Professeur associé à l'Université d'Ottawa, département de biologie.
  • 2015-2016, stagiaire postdoctoral (bourse de recherche du CRSNG dans les laboratoires du gouvernement canadien), RNCan SCF LFC, Québec QC. Superviseur: Dr A. Séguin. Projet de recherche: Approches innovantes de remise en état des terres à la suite de l'exploitation des sables bitumineux: une approche de phytoremédiation basée sur les interactions arbre-sol microbiome.
  • 2012-2014, stagiaire postdoctoral (CRSNG CRÉER), Université de Montréal Institut de Recherche en Biologie Végétale, Montréal QC. Superviseur: Prof. M. Hijri. Projets de recherche: i) Identification moléculaire et quantification des champignons mycorhiziens arbusculaires dans les sols agricoles et les bioproduits, Métagénomique des communautés microbiennes présentes dans les sols pollués aux hydrocarbures. ii) Bioremédiation et phytoremédiation des sols pollués par les HAP et les métaux lourds (Projet GenoRem - Génome Canada). Identification moléculaire des collections de Boletales du Cercle des Mycologues de Montréal.
  • 2010 - 2012, stagiaire postdoctoral, Royal Botanic Gardens Melbourne VIC. Superviseur: Dr T. May. Projet de recherche: Taxonomie moléculaire et phylogénie des collections de Dermocybe (genre Cortinarius) du sud de l'Australie

Principales publications

  1. Masse, J., Caron, M., Chagnon, P.-L., Thivierge, M.-N. Bélec C. et Stefani, F. 2023. Optimisation des cultures intercalaires pour la préservation des communautés de champignons mycorhiziens arbusculaires dans les champs de Brassicacées. 37ème Congrès annuel de l'Association québécoise des spécialistes en sciences du sol (AQSSS), Québec, Canada, 23–25 mai 2023. Présentation orale

    2024 - Consulter les détails de la publication

  2. Masse, J., Caron, M., Chagnon, P.-L., Thivierge, M.-N. Bélec C. et Stefani, F. 2023. Optimisation des cultures intercalaires pour la préservation des communautés de champignons mycorhiziens arbusculaires dans les champs de Brassicacées. 37ème Congrès annuel de l'Association québécoise des spécialistes en sciences du sol (AQSSS), Québec, Canada, 23–25 mai 2023. Présentation orale.

    2023 - Consulter les détails de la publication

  3. Stefani, F., Dupont, S., Laterrière, M., Knox, R., Ruan, Y., Hamel, C., Hijri, M. (2020). Similar Arbuscular Mycorrhizal Fungal Communities in 31 Durum Wheat Cultivars (Triticum turgidum L. var. durum) Under Field Conditions in Eastern Canada. Frontiers in Plant Science, [online] 11 http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2020.01206

    2020 - Consulter les détails de la publication

  4. Stefani, F., Isabel, N., Morency, M.J., Lamothe, M., Nadeau, S., Lachance, D., Li, E.H.Y., Greer, C., Yergeau, É., Pinno, B.D., Séguin, A. (2018). The impact of reconstructed soils following oil sands exploitation on aspen and its associated belowground microbiome. Scientific Reports, [online] 8(1), http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-20783-6

    2018 - Consulter les détails de la publication

  5. F. Stefani (2018) Identification des champignons mycorhiziens à arbuscules : passé, présent, futur. 5eJFM, Dunkerque, France

    2018 - Consulter les détails de la publication

  6. Stefani, F. 2018. Soil and plant microbiome in the context of the Biodiversity and Bioresources Science Strategy. 3rd ed. AgriScience Day.

    2018 - Consulter les détails de la publication

  7. Junjie Yu, Bahram Baninasab, Shuhui Xu, Mirko Tabori, Yuxue Zhang, Xuelian Wang, Ian DeSchiffart, Yolande Dalpé, Franck Stefani , Sylvie Séguin, Baoluo Ma, Chenwu Xu, & Shahrokh Khanizadeh, 2017. Effect of arbuscular mycorrhizal fungi on tolerance and growth of selected spring wheat (Triticum aestivum L.) lines under salinity stress. Journal of Food, Agriculture & Environment (JFAE) Vol.15 (3&4):40- 47

    2017 - Consulter les détails de la publication

  8. Stefani, F. 2017. The twisted world of arbuscular mycorrhizal fungi. 2017 Annual Meeting of the Canadian Botanical Association. Waterloo University.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  9. Klopfenstein, N.B., Stewart, J.E., Ota, Y., Hanna, J.W., Richardson, B.A., Ross-Davis, A.L., Elías-Román, R.D., Korhonen, K., Keča, N., Iturritxa, E., Alvarado-Rosales, D., Solheim, H., Brazee, N.J., Łakomy, P., Cleary, M.R., Hasegawa, E., Kikuchi, T., Garza-Ocañas, F., Tsopelas, P., Rigling, D., Prospero, S., Tsykun, T., Bérubé, J.A., Stefani, F.O.P., Jafarpour, S., Antonín, V., Tomšovský, M., McDonald, G.I., Woodward, S., Kim, M.S. (2017). Insights into the phylogeny of northern hemisphere Armillaria: Neighbor-net and bayesian analyses of translation elongation factor 1-α gene sequences. Mycologia, [online] 109(1), 75-91. http://dx.doi.org/10.1080/00275514.2017.1286572

    2017 - Consulter les détails de la publication

  10. Stefani, F., Banchini, C., Dalpé, Y., Cayouette, J., Redhead, S. A. 2017. Exploration of the fungal diversity at ᑕᒥᐅᔭᖅ (Umiujaq, Quebec) through DNA barcoding. Poster and abstract. Canada's Arctic Biodiversity: The Next 150 Years, Museum of Nature Ottawa 2017/01/26 - 2017/01/27.

    2017 - Consulter les détails de la publication

Installation de recherche

960, avenue Carling
Ottawa, ON K1A 0C6
Canada

Affiliations

  • Trésorier de la société internationale des mycorhizes (IMS)
  • Professeur associé, département de biologie, université d'Ottawa / 2018 - Présent
  • Professeur associé, département des sciences du bois et de la forêt, université Laval / 2017 - Présent

Langue

Anglais
Français