D. Wade Abbott, Ph. D.

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Chercheur scientifique

Votre rôle

Glycomique agricole

Génomique fonctionnelle de l’utilisation des glucides

Microbiomes intestinaux

Enzymes glucidiques

Recherche et / ou projets en cours

  1. Chercheur principal. Abbott DW, Zandberg WF, Inglis GD, TA, T, Thomas, D., Ortega Polo, R. Titre : Muco-Screen: A platform technology to evaluate commercial and agriproduct based inhibitors for mitigation of necrotic enteritis in broiler chickens (Muco-Screen : Plateforme technologique pour évaluer les inhibiteurs commerciaux et ceux à base de produits agricoles dans l’atténuation de l’entérite nécrotique chez les poulets de chair). Agriculture et foresterie 325 000 $, avril 2020 – mars 2023.

  2. Co-demandeur. Beauchemin, K, McAllister, TW, Abbott, DW, Gruninger, R. Seaweeds and seaweed-ingredients to reduce enteric methane emissions from pasture-based sheep, cattle, and dairy cows (SeaSolutions) (Algues marines et ingrédients à base d’algues marines pour réduire les émissions entériques de méthane chez les bovins, les ovins et les vaches laitières en pâturage [SeaSolutions]). Services votes : 500 000 $, avril 2019 – mars 2022.

  3. Co-demandeur. Inglis, GD, Abbott, DW, Carrillo, C, Hodges, L, Richman, M. Rationale-based mitigation of relevant Campylobacter jejuni strains within the broiler production continuum (Atténuation rationnelle des souches de Campylobacter jejuni pertinentes dans le continuum de la production de poulets de chair). CA2 Grappe de la volaille 559 000 $, avril 2018 – mars 2023.

  4. Co-chercheur principal. Zandberg, WF, Abbott, DW, Inglis, GD, Boraston, AB, Smith, SP, Capicciotti, C. Mitigation of Necrotic Enteritis by improving the Integrity of intestinal mucin through small molecules and stress management (Atténuation de l’entérite nécrotique par l’amélioration de l’intégrité de la mucine intestinale grâce aux petites molécules et à la gestion du stress). GlycoNet 370 000 $, avril 2020 – mars 2022.

  5. Co-demandeur. Brumer H, Inglis, GD (Co-PI), Abbott, DW, Sheedy, C, Boras, V. Sly, L. Titre : Development of next-generation glyco-caged drugs to treat enteric inflammatory diseases in humans and livestock (Mise au point d’une nouvelle génération de médicaments entourés d’une structure de protection glucidique pour le traitement de maladies inflammatoires chez l’humain et le bétail). GlycoNet 400 000 $, avril 2020 –mars 2022.

  6. Chercheur principal. Abbott DW, Beauchemin, K, McAllister, TA, T, Thomas, D., Ortega Polo, R. Titre : Structural and functional characterization of bovine rumen microbiomes adapted to the consumption of seaweed in natural and farm-intensive systems (Caractérisation structurale et fonctionnelle des microbiomes du rumen des bovins adaptés à la consommation d'algues dans les systèmes naturels et les systèmes d'élevage intensif). Services votés – AAC 360 000 $, avril 2019 – mars 2022.

  7. Chercheur principal. Abbott DW, Alexander, T, Thomas, D. Titre : Evidence-based prebiotic-probiotic solutions for improving gut health and feed efficiency in cattle (Solutions prébiotiques et probiotiques démontrées pour améliorer la santé intestinale et l’efficacité alimentaire du bétail). Conseil de recherche sur le bœuf et le bétail. Conseil de recherche sur les bovins de boucherie 576 000 $, avril 2018 – mars 2023.

  8. Chercheur principal. Abbott DW, Inglis GD, Slominski B. Titre : Discovery pipeline for rapid development of tailored fibrolytic enzymes that improve the digestibility of canola meal for monogastric livestock (Pipeline de découverte pour la mise au point rapide d’enzymes fibrolytiques adaptées qui améliorent la digestibilité du tourteau de canola chez le bétail monogastrique). Agriculture Funding Consortium. 234 600 $ avril 2018 – mars 2020.

  9. Co- chercheur principal. McAllister, TA (PI), Abbott, DW (Co-PI), Yang WZ. Titre : Development of novel feed enzymatic products to enhance ruminal digestion of low quality forage fiber (Mise au point de nouveaux produits enzymatiques pour les aliments du bétail destinés à améliorer la digestion ruminale des fibres fourragères de faible qualité). Ministère de l’Agriculture et des Forêts de l’Alberta. 315 000 $, avril 2018 – mars 2020.

Énoncés de recherches/projets

Glycomique agricole

Génomique fonctionnelle de l’utilisation des glucides

Microbiomes intestinaux

Enzymes glucidiques

Prix et études

Doctorat en biochimie, Université de Victoria (2005). Sa thèse de doctorat (Université de Victoria) lui a permis de recevoir la médaille d’or du gouverneur général (2006) et lui a valu une mise en candidature pour la médaille d’argent du CRSNG (2006).

Baccalauréat ès sciences (mention d’excellence), biologie (majeure), géographie (spécialisation), Université Trinity Western (2000).

Principales publications

  1. Brown, K., Abbott, D.W., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2018). Removal of the cecum affects intestinal fermentation, enteric bacterial community structure, and acute colitis in mice, 9(3), 218-235. http://dx.doi.org/10.1080/19490976.2017.1408763

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  2. Luis, A.S., Briggs, J., Zhang, X., Farnell, B., Ndeh, D., Labourel, A., Baslé, A., Cartmell, A., Terrapon, N., Stott, K., Lowe, E.C., McLean, R., Shearer, K., Schückel, J., Venditto, I., Ralet, M.C., Henrissat, B., Martens, E.C., Mosimann, S.C., Abbott, D.W., Gilbert, H.J. (2018). Dietary pectic glycans are degraded by coordinated enzyme pathways in human colonic Bacteroides, 3(2), 210-219. http://dx.doi.org/10.1038/s41564-017-0079-1

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  3. Grondin, J.M., Tamura, K., Déjean, G., Abbott, D.W., Brumer, H. (2017). Polysaccharide utilization loci: Fueling microbial communities, 199(15), http://dx.doi.org/10.1128/JB.00860-16

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  4. Jiminez, J.A., Uwiera, T.C., Wade Abbott, D., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2017). Butyrate supplementation at high concentrations alters enteric bacterial communities and reduces intestinal inflammation in mice infected with Citrobacter rodentium, 2(4), http://dx.doi.org/10.1128/mSphere.00243-17

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  5. Buchanan, C.J., Webb, A.L., Mutschall, S.K., Kruczkiewicz, P., Barker, D.O.R., Hetman, B.M., Gannon, V.P.J., Abbott, D.W., Thomas, J.E., Inglis, G.D., Taboada, E.N. (2017). A genome-wide association study to identify diagnostic markers for human pathogenic campylobacter jejuni strains, 8(JUN), http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2017.01224

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  6. Ndeh, D., Rogowski, A., Cartmell, A., Luis, A.S., Baslé, A., Gray, J., Venditto, I., Briggs, J., Zhang, X., Labourel, A., Terrapon, N., Buffetto, F., Nepogodiev, S., Xiao, Y., Field, R.A., Zhu, Y., O'Neill, M.A., Urbanowicz, B.R., York, W.S., Davies, G.J., Abbott, D.W., Ralet, M.-C., Martens, E.C., Henrissat, B., Gilbert, H.J. (2017). Complex pectin metabolism by gut bacteria reveals novel catalytic functions, 544(7648), 65-70. http://dx.doi.org/10.1038/nature21725

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  7. Jiminez, J.A., Uwiera, T.C., Abbott, D.W., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2016). Impacts of resistant starch and wheat bran consumption on enteric inflammation in relation to colonic bacterial community structures and short-chain fatty acid concentrations in mice, 8(1), http://dx.doi.org/10.1186/s13099-016-0149-6

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  8. Hobbs, J.K., Lee, S.M., Robb, M., Hof, F., Barr, C., Abe, K.T., Hehemann, J.-H., McLean, R., Abbott, D.W., et Boraston, A.B. (2016). « KdgF, the missing link in the microbial metabolism of uronate sugars from pectin and alginate. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA (PNAS), 113(22), p. 6188-6193. doi : 10.1073/pnas.1524214113

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  9. McLean, R., Hobbs, J.K., Suits, M.D., Tuomivaara, S.T., Jones, D.R., Boraston, A.B., et Abbott, D.W. (2015). « Functional analyses of resurrected and contemporary enzymes illuminate an evolutionary path for the emergence of exolysis in polysaccharide lyase family. », Journal of Biological Chemistry, 290(35), p. 21231-21243. doi : 10.1074/jbc.M115.664847

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  10. Abbott, D.W., Martens, E.C., Gilbert, H.J., Cuskin, F., et Lowe, E.C. (2015). « Coevolution of yeast mannan digestion: Convergence of the civilized human diet, distal gut microbiome, and host immunity. », Gut Microbes, 6(5), p. 334-339. doi : 10.1080/19490976.2015.1091913

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  11. Abbott, D.W., Farnell, B.J., et Yamashita, J.W. (2014). « Pectins: structure, function, and the human distal gut microbiota. », - Pectin: Chemical Properties, Uses and Health Benefits, Nova Publishers.

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  12. Thomas, D.K., Lone, A.G., Selinger, L.B., Taboada, E.N., Uwiera, R.R.E., Abbott, D.W., et Inglis, G.D. (2014). « Comparative Variation within the Genome of Campylobacter jejuni NCTC 11168 in Human and Murine Hosts. », PLoS ONE, 9(2:e88229). doi : 10.1371/journal.pone.0088229

    2014 - Consulter les détails de la publication

  13. Abbott, D.W. et Lammerts van Bueren, A. (2014). « Using structure to inform carbohydrate binding module function. », Current Opinion in Structural Biology, 28, p. 32-40. doi : 10.1016/j.sbi.2014.07.004

    2014 - Consulter les détails de la publication

  14. Abbott, D.W., Thomas, D.K., Pluvinage, B., et Boraston, A.B. (2013). « An ancestral member of the polysaccharide Lyase Family 2 displays endolytic activity and magnesium dependence. », Applied Biochemistry and Biotechnology, 171(7), p. 1911-1923. doi : 10.1007/s12010-013-0483-9

    2013 - Consulter les détails de la publication

  15. Pluvinage, B., Chitayat, S., Ficko-Blean, E., Abbott, D.W., Kunjachen, J.M., Grondin, J., Spencer, H.L., Smith, S.P., et Boraston, A.B. (2013). « Conformational Analysis of StrH, the Surface-Attached exo-β-D-N-Acetylglucosaminidase from Streptococcus pneumoniae. », Journal of Molecular Biology, 425(2), p. 334-349. doi : 10.1016/j.jmb.2012.11.005

    2013 - Consulter les détails de la publication

  16. Abbott, D.W. et Boraston, A.B. (2012). « Quantitative approaches to the analysis of carbohydrate-binding module function in “Cellulases (Glycoside Hydrolases). », dans Gilbert, H.J. (dir.) - Methods in Enzymology, Elsevier, p. 211-231.

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  17. Boraston, A.B. et Abbott, D.W. (2012). « Structure of a pectin methylesterase from Yersinia enterocolitica. », Acta Crystallographica Section F, 68(2), p. 129-133. doi : 10.1107/S1744309111055400

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  18. Martens, E.C., Lowe, E.C., Chiang, H., Pudlo, N.P., Wu, M., McNulty, N.P., Abbott, D.W., Henrissat, B., Gilbert, H.J., Bolam, D.N., et Gordon, J.I. (2011). « Recognition and degradation of plant cell wall polysaccharides by two human gut symbionts. », PLoS Biology, 9(12, Article No. e1001221). doi : 10.1371/journal.pbio.1001221

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  19. Pluvinage, B., Lowe, E.C., Higgins, M.A., Abbott, D.W., Robb, C., Dalia, A.B., Deng, L., Weiser, J.N., Parsons, T.B., Fairbanks, A.J., Vocadlo, D.J., Boraston, A.B. (2011). « Inhibition of the pneumococcal virulence factor StrH and molecular insights into N-glycan recognition and hydrolysis. », Structure, 19(11), p. 1603-1614. doi : 10.1016/j.str.2011.08.011

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  20. Abbott, D.W. et Boraston, A.B. (2011). « Structural analysis of a putative family 32 carbohydrate-binding module from the Streptococcus pneumoniae enzyme, EndoD. », Acta Crystallographica Section F, 67(4), p. 429-433. doi : 10.1107/S1744309111001874

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Installation de recherche

5403 1st Avenue South
Lethbridge, AB T1J 4B1
Canada

Affiliations

Université de Lethbridge, départements de sciences biologiques, de chimie et de biochimie

Canadian Glycomics Network (chercheur)

Alberta Glycomics Centre (chercheur associé)

Language

Anglais