Bahram Samanfar, Ph. D.

Image Bahram Samanfar
Chercheur scientifique

Dr Bahram Samanfar est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.

Agriculture et Agroalimentaire Canada
960, avenue Carling, Ottawa, Ontario

Recherche et / ou projets en cours

Le soja est l’une des plantes cultivées les plus importantes dans le monde, entre autres sur le plan économique. Cette plante est une source d’huile et de protéines végétales pour les humains et les animaux. La culture du soja est en hausse au Canada depuis 2000. Fait intéressant à noter, sa production dans l’ouest du Canada a récemment gagné du terrain. Le Canada dispose de toutes les ressources nécessaires pour étendre la culture du soja, notamment vers le nord et vers l’ouest. Pour y parvenir, certaines difficultés doivent être surmontées, notamment en ce qui concerne le temps de floraison et de maturation, la teneur en protéines, les organismes nuisibles et les maladies. Dans mon laboratoire, nous essayons de résoudre ces difficultés grâce à la génomique, à la génomique fonctionnelle et à la bioinformatique.

Dr. Bahram Samanfar (Ph. D.) est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.

Énoncés de recherches/projets

  • Identification et caractérisation de nouveaux gènes de soja intervenant dans :
    • la période de floraison et de maturation;
    • la synthèse des protéines des graines;
    • les voies de synthèse importantes sur le plan économique.
  • Mise au point de marqueurs propres à des allèles (sélection assistée par marqueurs chez le soja).
  • Analyse des interactions hôte-pathogène chez le soja (nématode à kyste du soja).
  • Identification et caractérisation de nouveaux gènes intervenant dans l’établissement des attributs santé liés à la consommation de soja (santé humaine et allergies).
  • Génomique et génomique fonctionnelle (biologie systémique) du soja, de la levure et d’E. coli.
  • Bioinformatique et biologie computationnelle (génomique fonctionnelle du soja).

Activités professionnelles / intérêts

Génomique, protéomique et transcriptomique du soja, biologie cellulaire et moléculaire, biotechnologie, génétique et génomique végétales, marqueurs ADN, mise au point de marqueurs propres à des allèles, biologie systémique, sélection moléculaire, interactions hôte-pathogène, bioinformatique, biologie computationnelle, analyses QTL et GWAS, période de floraison et de maturation (génétique de la sensibilité à la photopériode) chez le soja, protéines des graines de soja, génomique fonctionnelle des attributs santé du soja, allergies, voie de synthèse des protéines des graines de soja, microbiologie, voie de synthèse (traduction) des protéines chez la levure et E. coli, interactions protéines-protéines (IPP) et interactions génétiques (IG).

Prix et études

Ph.D. (Université Carleton, Canada)

M.Sc. (Université Paul-Sabatier, France)

M.Sc. (Université de Téhéran, Iran)

B.Sc. (Université de Téhéran, Iran)

Liens additionnels

https://bahramsamanfar.wixsite.com/samanfarlab

https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=HfYsijsAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate

Principales publications

  1. Nour Nissan, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Soybean cyst nematode (SCN): Overcoming the tiny beast below the surface. Canadian Society of Plant Biology (CSPB) virtual conference, 2020, Canada [oral].

    2020 - Consulter les détails de la publication

  2. Samanfar, B., Cober, E.R., Charette, M., Tan, L.H., Bekele, W.A., Morrison, M.J., Kilian, A., Belzile, F., Molnar, S.J. (2019). Genetic Analysis of High Protein Content in ‘AC Proteus’ Related Soybean Populations Using SSR, SNP, DArT and DArTseq Markers. Scientific Reports, [online] 9(1), http://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-55862-9

    2019 - Consulter les détails de la publication

  3. Bahram Samanfar, Elroy Cober, Stephen Molnar, Brad Barnes, James Green, Frank Dehne, Ashkan Golshani: (Soybean-Human PIPE): A Computational Approach in Soybean-Human Functional Genomics. Plant Biology, 2018, Montreal, Canada.

    2019 - Consulter les détails de la publication

  4. Bahram Samanfar, Kevin Dick, Brad Barnes, Elroy Cober, Stephen Molnar, Frank Dehne, Ashkan Golshani, James Green: PIPE4: Ultra-Fast PPI prediction for comprehensive Inter- and Cross- species interactomes. Plant and Animal Genome (PAG) 2019, San Diego, USA.

    2019 - Consulter les détails de la publication

  5. Bahram Samanfar, Elroy Cober, Stephen Molnar, Brad Barnes, James Green, Frank Dehne, Ashkan Golshani: (Soybean-SCN PIPE): A Cross Computational Approach in Soybean Functional Genomics. Soy2018, 2018, Athens, USA.

    2018 - Consulter les détails de la publication

  6. Bahram Samanfar, Elroy Cober, Stephen Molnar, Brad Barnes, James Green, Frank Dehne, Ashkan Golshani: Soybean-Human PIPE: A Computational Approach in Soybean-Human Functional Genomics. Plant Biology, 2018, Montreal, Canada.

    2018 - Consulter les détails de la publication

  7. Galván Márquez I, Ghiyasvand M, Massarsky A, Babu M, Samanfar B, Omidi K, Moon
    TW, Smith ML, Golshani A. Zinc oxide and silver nanoparticles toxicity in the
    baker's yeast, Saccharomyces cerevisiae. PLoS One. 2018 Mar 19;13(3):e0193111.

    2018 - Consulter les détails de la publication

  8. Bahram Samanfar, Elroy Cober, Stephen Molnar, Brad Barnes, James Green, Frank Dehne, Ashkan Golshani: (Soybean-PIPE): A Computational Approach in Soybean Functional Genomics. Plant and Animal Genome (PAG) 2018, San Diego, USA.

    2018 - Consulter les détails de la publication

  9. Omidi, K., Jessulat, M., Hooshyar, M., Burnside, D., Schoenrock, A., Kazmirchuk, T., Hajikarimlou, M., Daniel, M., Moteshareie, H., Bhojoo, U., Sanders, M., Ramotar, D., Dehne, F., Samanfar, B., Babu, M., Golshani, A. (2018). Uncharacterized ORF HUR1 influences the efficiency of non-homologous end-joining repair in Saccharomyces cerevisiae. Gene, [online] 639 128-136. http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2017.10.003

    2018 - Consulter les détails de la publication

  10. azmirchuk T, Dick K, Burnside DJ, Barnes B, Moteshareie H, Hajikarimlou M,
    Omidi K, Ahmed D, Low A, Lettl C, Hooshyar M, Schoenrock A, Pitre S, Babu M,
    Cassol E, Samanfar B, Wong A, Dehne F, Green JR, Golshani A. Designing anti-Zika
    virus peptides derived from predicted human-Zika virus protein-protein
    interactions. Comput Biol Chem. 2017 Dec;71:180-187. doi:
    10.1016/j.compbiolchem.2017.10.011.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  11. Houman Moteshareie, Bahram Samanfar, Ashkan Golshani: Exploration of the novel genes that affect IRES-mediated translation of URE2, a key gene involved in metal detoxification. Canadian Society for Molecular Biosciences (CSMB) 2017, Ottawa, Canada.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  12. Maryam Hajikarimlou, Bahram Samanfar, Ashkan Golshani: Investigating novel genes with helicase activity involved in translation initiation. Canadian Society for Molecular Biosciences (CSMB) 2017, Ottawa, Canada.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  13. Samanfar, B., Molnar, S.J., Charette, M., Schoenrock, A., Dehne, F., Golshani, A., Belzile, F., Cober, E.R. (2017). Mapping and identification of a potential candidate gene for a novel maturity locus, E10, in soybean. Theoretical and Applied Genetics (TAG), [online] 130(2), 377-390. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-016-2819-7

    2017 - Consulter les détails de la publication

  14. Samanfar B: Identification of Novel Maturity locus “E10” in Soybeans, Ontario Soybean and Canola Committee, London, ON, Canada, 19th Jan-2017.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  15. Samanfar B, Shostak K, Moteshareie H, Hajikarimlou M, Shaikho S, Omidi K,
    Hooshyar M, Burnside D, Márquez IG, Kazmirchuk T, Naing T, Ludovico P, York-Lyon
    A, Szereszewski K, Leung C, Jin JY, Megarbane R, Smith ML, Babu M, Holcik M,
    Golshani A. The sensitivity of the yeast, Saccharomyces cerevisiae, to acetic
    acid is influenced by DOM34 and RPL36A. PeerJ. 2017 Nov 14;5:e4037.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  16. Gagarinova, A., Stewart, G., Samanfar, B., Phanse, S., White, C.A., Aoki, H., Deineko, V., Beloglazova, N., Yakunin, A.F., Golshani, A., Brown, E.D., Babu, M., Emili, A. (2016). Systematic Genetic Screens Reveal the Dynamic Global Functional Organization of the Bacterial Translation Machinery. cell reports, [online] 17(3), 904-916. http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2016.09.040

    2016 - Consulter les détails de la publication

  17. Shaikho S, Dobson CC, Naing T, Samanfar B, Moteshareie H, Hajikarimloo M,
    Golshani A, Holcik M. Elevated levels of ribosomal proteins eL36 and eL42 control
    expression of Hsp90 in rhabdomyosarcoma. Translation (Austin). 2016 Oct
    4;4(2):e1244395. doi: 10.1080/21690731.2016.1244395. PubMed PMID: 28090422.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  18. Samanfar B, Cober E, Charette M, Schoenrock A, Dehne F, Golshani A, Molnar S: A functional genomics approach (PIPE, Protein-protein Interaction Prediction Engine) to identify new early maturity alleles in soybean for Western Canada. Botany 2016, Savannah, USA

    2016 - Consulter les détails de la publication

  19. Samanfar B, Schoenrock A, Dehne F, Golshani A, Cober E, Charette M, Molnar S: PIPE (Protein-protein Interaction Prediction Engine): A computational approach for comprehensive soybean functional genomics. Great Lakes Bioinformatics and the Canadian Computational Biology Conference (GLBIO/CCBC) 2016 (GLBIO/CCBC 2016 Toronto 2016/05/16 - 2016/05/19), Toronto, Canada.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  20. Burnside D, Moteshareie M, Galvan-Marquez I, Hooshyar M, Samanfar B, Shostak K, Omidi K, Peery H, Smith ML, and Golshani A: Use of chemical genomics to investigate the mechanism of action for inhibitory bioactive natural compounds. In G. Brahmachari (Ed.), Bioactive Natural Compounds: Biology and Chemistry. Wiley-VCH publication, 2015, 544 pages. ISBN: 978-3-527-33794-1.

    2015 - Consulter les détails de la publication

Contact

Installation de recherche

Centre de recherche et de développement d'Ottawa
960, avenue Carling
Ottawa, ON K1A 0C6
Canada

Expertise

Agriculture›Génomique›Soya
Agriculture›Génétique moléculaire›Soya
Agriculture›Génétique moléculaire›Stress abiotiques chez les plantes cultivées
Agriculture›Génétique›Soya
Agriculture›Microbiologie›Moléculaire
Plantes›Technologies à base de cellules végétales
Technologie de l'information›Mégadonnées›Génomique

Affiliations

- Professeur de recherche auxiliaire, Département de biologie, Université Carleton.

Language

Anglais

Other languages

French (Intermediate); Persian (Native); Azerbaijani (Native); Turkish (Fluent)