Bahram Samanfar

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Chercheur Ccientifique

Dr. Bahram Samanfar (Ph.D.) est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.

Recherche et / ou projets en cours

Le soja est l’une des plantes cultivées les plus importantes dans le monde, entre autres sur le plan économique. Cette plante est une source d’huile et de protéines végétales pour les humains et les animaux. La culture du soja est en hausse au Canada depuis 2000. Fait intéressant à noter, sa production dans l’ouest du Canada a récemment gagné du terrain. Le Canada dispose de toutes les ressources nécessaires pour étendre la culture du soja, notamment vers le nord et vers l’ouest. Pour y parvenir, certaines difficultés doivent être surmontées, notamment en ce qui concerne le temps de floraison et de maturation, la teneur en protéines, les organismes nuisibles et les maladies. Dans mon laboratoire, nous essayons de résoudre ces difficultés grâce à la génomique, à la génomique fonctionnelle et à la bioinformatique.

Dr. Bahram Samanfar (Ph. D.) est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.

Énoncés de recherches/projets

  • Identification et caractérisation de nouveaux gènes de soja intervenant dans :
    • la période de floraison et de maturation;
    • la synthèse des protéines des graines;
    • les voies de synthèse importantes sur le plan économique.
  • Mise au point de marqueurs propres à des allèles (sélection assistée par marqueurs chez le soja).
  • Analyse des interactions hôte-pathogène chez le soja (nématode à kyste du soja).
  • Identification et caractérisation de nouveaux gènes intervenant dans l’établissement des attributs santé liés à la consommation de soja (santé humaine et allergies).
  • Génomique et génomique fonctionnelle (biologie systémique) du soja, de la levure et d’E. coli.
  • Bioinformatique et biologie computationnelle (génomique fonctionnelle du soja).

Activités professionnelles / intérêts

Génomique, protéomique et transcriptomique du soja, biologie cellulaire et moléculaire, biotechnologie, génétique et génomique végétales, marqueurs ADN, mise au point de marqueurs propres à des allèles, biologie systémique, sélection moléculaire, interactions hôte-pathogène, bioinformatique, biologie computationnelle, analyses QTL et GWAS, période de floraison et de maturation (génétique de la sensibilité à la photopériode) chez le soja, protéines des graines de soja, génomique fonctionnelle des attributs santé du soja, allergies, voie de synthèse des protéines des graines de soja, microbiologie, voie de synthèse (traduction) des protéines chez la levure et E. coli, interactions protéines-protéines (IPP) et interactions génétiques (IG).

Prix et études

Ph.D. (Université Carleton, Canada)

M.Sc. (Université Paul-Sabatier, France)

M.Sc. (Université de Téhéran, Iran)

B.Sc. (Université de Téhéran, Iran)

Principales publications

Journals

  • 2020
  • Dick K, Samanfar B, Barnes B,  Cober E, Mimee B, Tan LT, Molnar SJ, Biggar K, Golshani A, Dehne F, and Green JR: PIPE4: Ultra-Fast PPI Predictor for Comprehensive Inter- and Cross-Species Interactomes. Scientific Report, 2020,10(1):1390.
  • 2019
  • Samanfar B, Cober E, Charette M, Tan LH, Bekele WA, Morrison M, Kilian A, Belzile F, and Molnar SJ: Genetic Analysis of High Protein Content in ‘AC Proteus’ Related Soybean Populations Using SSR, SNP, DArT and DArTseq Markers, Scientific Report, 2019, 9(1):19657.
  • Burnside D, Schoenrock A, Moteshareie H, Hooshyar M, Basra P, Hajikarimloo M, Dick K, Barnes B, Kazmirchuk T, Jessulat M,  Pitre S, Samanfar B, Babu M, Green JR, Wong A, Dehne F, Biggar KK, and  Golshani A: In silco engineering of synthetic proteins from random amino acid sequences. iscience (Cell press), 2019, 11:375-387.
  • 2018
  • Galvan I, Ghiyasvand M, Massatsky A, Babu M, Samanfar B, Omidi K, Moon T, Smith M, and Golshani A: Zinc oxide and silver nanoparticles toxicity in the baker's yeast, Saccharomyces cerevisiae. PLOS ONE, 2018, 13(3):e0193111.
  • Omidi K, Jessulat M, Hooshyar M, Burnside DJ, Schoenrock A, Kazmirchuk T, Hajikarimlou M, Daniel M, Moteshareie H, Bhojoo U, Sanders M, Ramotar D, Dehne F, Samanfar B, Babu M, and Golshani A: Uncharacterized ORF HUR1 influences the efficiency of non-homologous end-joining repair in Saccharomyces cerevisiae. Gene, 2018, 639:128-136.
  • Moteshareie H, Hajikarimlou m, Indrayanti AM, Burnside D, Dias AP, Lettl C, Ahmed D, Omidi K, Kazmirchuk T, Puchacz N, Zare N, Takallou S, Naing T, Hernández RB, Willmore WG, Babu M, McKay B, Samanfar B, Holcik M, Golshani A: Heavy metal sensitivities of gene deletion strains for ITT1 and RPS1A connect their activities to the expression of URE2, a key gene involved in metal detoxification in yeast. PLOS ONE, 2018, 13(9): e0198704.
  • 2017
  • Samanfar B, Molnar SJ, Charette M, Schoenrock A, Belzile F, Dehne F, Golshani A, and Cober ER: Mapping and identification of a candidate gene for a novel maturity locus, E10, in soybean. Theoretical and Applied Genomics (TAG), 2017, 130(2):377-390.
  • Samanfar B, Shostak K, Moteshareie H, Hajikarimlou M, Shaikho S,  Omid K, Hooshyar M, Burnside D, Galván Márquez I, Kazmirchuk T,  Naing T, Ludovico P, York-Lyon A, Szereszewski K, Leung C, Yixin Jin J, Megarbane R, Smith ML, Babu M, Holcik M, and Golshani, A: The sensitivity of the yeast, Saccharomyces cerevisiae, to acetic acid is influenced by DOM34 and RPL36A. PeerJ, 2017, 5:e4037.
  • Kazmirchuk T,  Dick K, Burnside D, Barnes B, Moteshareie H, Hajikarimlou M, Hooshyar M,  Omidi K, Ahmed D,  Low A,  Lettl C,  Schoenrock A, Pitre S, Babu M, Cassol E, Samanfar B, Wong  A, Dehne F, Green J, and  Golshani A: Designing Anti-Zika Virus Peptides Derived from Predicted Human-Zika Virus Protein-Protein Interactions. Computational biology and Chemistry, 2017, 71: 180-187.
  • 2016
  • Gagarinova A, Stewart G, Samanfar B, Phanse S, White CA, Aoki H, Deineko V, Beloglazova N, Yakunin AF, Golshani A, Brown EC, Babu M, Emili A: Systematic genetic screens reveal the dynamic global functional organization of the bacterial translation machinery. Cell Reports, 2016, 17(3):904-916.
  • Shaikho S, Dobson CC, Naing T, Samanfar B, Moteshareie H, Golshani A, and Holcik M: Elevated levels of ribosomal proteins L36 and L36A control expression of HSP90 in rhabdomyosarcoma. Translation, 2016, 4(2):e1244395.
  • 2015
  • Jessulat M, Malty RH, Nguyen-Tran DH, Deineko V, Aoki H, Vlasblom J, Omidi K, Jin K, Minic Z, Hooshyar M, Burnside D, Samanfar B, Phanse S, Freywald T, Prasad B, Zhang Z, Vizeacoumar F, Krogan NJ, Freywald A,  GolshaniA ,and Babu M: Spindle checkpoint factors Bub1 and Bub2 promote DNA double strand break repair by Non-Homologous End Joining. MCB, Molecular and Cell Biology, 2015, 35 (14): 2448-2463.
  • 2014
  • Schoenrock A, Samanfar B, Pitre S, Hooshyar M, Jin K,  Philips C, Wang H, Phanse S, Omidi K, Gui Y, Alamgir Md, Wong A, Barrenas F, Babu M, Benson M, Langston M, Green JR, Dehne F, and  Golshani A: Efficient prediction of human protein-protein interactions at a global scale. BMC Bioinformatics, 2014, 15(1): 383-404.
  • Samanfar B, Tan LH, Shostak K, Chalabian F, Wu z, Alamgir MD, Sunba N, Burnside D, Omidi K, Hooshyar M, Galván Márquez I, Jessulat M, Smith M, Babu M, Azizi A, and Golshani A: A global investigation of gene deletion strains that affect premature stop codon bypass in yeast, Saccharomyces cerevisiae. Mol Biosyst., 2014, 10 (4): 916-924.
  • Vlasblom J, Zuberi K, Rodriguez H, Arnold R, Gagarinova A, Deineko V, Leung E, Samanfar B, Chang L, Phanse S, Golshani A, Greenblatt J, Houry W,  Emili A, Morris Q, Bader G, and Babu M: Novel function discovery with GeneMANIA: a new integrated resource for gene function prediction in Escherichia coli. Bioinformatics, 2014, pii:btu671
  • Babu M, Arnold R, Bundalovic-Torma C, Gagarinova A, Wong KS, Phanse S, Kumar A, Wagih O, Lad K, Samanfar B, Stewart G, Graham C, Aoki H, Brown E, Golshani A, Kim P, Moreno-Hagelsieb G, Greenblatt J, Houry WA, Parkinson J, and Emili A: Quantitative genome-wide genetic interaction screens reveal global epistatic relationships of protein complexes in Escherichia coli. PLOS Genetics, 2014, 10(2):e1004120.
  • Omidi K, Hooshyar M, Jessulat M, Samanfar B, Sanders M, Burnside D, Pitre S, Schoenrock A, Xu J, Babu M, and Golshani A: Phosphatase complex Pph3/Psy2 is involved in regulation of efficient Non-Homologous End-Joining pathway in the Yeast, Saccharomyces cerevisiae. PLoS ONE, 2014, 9(1): e87248.
  • 2013
  • 2012
  • Pitre S, Hooshyar M, Schoenrock A, Samanfar B, Jessulat M, Green JR, Dehne F, and Golshani A: Short co-occurring polypeptide regions can predict global protein interaction maps. Nature Scientific Reports, 2012, 2:239.
  • 2011
  • Jessulat M,  Pitre S, Gui Y, Hooshyar M, Omidi K, Samanfar B, Tan LH, Alamgir MD, Green J, Dehne F, and Golshani A: Recent advances in protein-protein interaction prediction: experimental and computational methods. Expert Opin. Drug Discov., 2011, 6(9): 921-935.
  • 2008
  • Omidi M, Asadi S, Samanfar B, and Nosraty SZ:  The effect of thermal treatment and meristem size factor on virus free potato plantlet production. Iranian Journal of Agriculture, 2008, 39-1.
  • Non peer reviewed
  • 2019
  • Le Hoa Tan, Bahram Samanfar, Elroy Cober: Consolidation, GMO and food security: what’s the connection? Germination, 2019, March edition.
  • Books and Chapters
  • Burnside D, Moteshareie M, Galvan-Marquez I, Hooshyar M, Samanfar B, Shostak K, Omidi K, Peery H, Smith ML, and Golshani A:  Use of chemical genomics to investigate the mechanism of action for inhibitory bioactive natural compounds. In G. Brahmachari (Ed.), Bioactive Natural Compounds: Biology and Chemistry. Wiley-VCH publication, 2015, 544 pages. ISBN: 978-3-527-33794-1.
  • Omidi M, Alishah O, and Samanfar B:  Plant cytogenetics. Tehran University Publication, 2009, 565 pages.  ISBN: 978-964-03-5905-1.

Affiliations

- Professeur de recherche auxiliaire, Département de biologie, Université Carleton.

Langue

Anglais

Autres langues

French (Intermediate); Persian (Native); Azerbaijani (Native); Turkish (Fluent)