Arun Kommadath, Ph. D.

Chef d’études en biologie - bio-informatique

Fournir un soutien technique et une formation aux chercheurs travaillant dans le domaine de la bio-informatique/biologie computationnelle, des conseils sur les composantes bio-informatiques des propositions/projets de recherche, effectuer des analyses et des interprétations en génomique/bio-informatique et travailler à la réalisation des mandats du Réseau de soutien à la recherche en bio-informatique d'AAC (RSRB).

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Lacombe, Alberta

Recherche et / ou projets en cours

Fournis assistance et conseils sur les composantes bio-informatiques des projets ci-dessous pendant les phases de conception expérimentale et de développement de propositions. Également impliqué dans la réalisation d'analyses bio-informatiques, l'interprétation des résultats et l'aide à la publication de certains projets.

Projets actuellement approuvés (nom du PI / Titre abrégé / Année)

Robert J Gruninger / Multi-omics of liver abscess formation / 2021-2025
Changxi Li / Beef genetic management reduces GHG / 2021-2024
Robert J Gruninger / Feed Efficiancy Variability in Cattle / 2021-2025
Changxi Li / Beef herd genetic management platform / 2021-2024
Manuel Juarez / Enhancing beef carcass efficiency / 2021-2023
Oscar Lopez Campos / Beef TQMS / 2019-2022
Hushton Block / Supplementation for net zero carbon beef / 2019-2022
Devin Holman / Sow milk and the piglet gut microbiome / 2019-2022
Carolyn Fitzsimmons / Nutritional Epigenetic Effects in Cattle / 2019-2022
Changxi Li / Functional genomic prediction platform / 2019-2022
John Laurie / RNAi for management of prairie wireworms / 2021-2024

Décision en attente (nom du PI / Titre abrégé / Année)

Keshav Singh / Phenocart Data Mgmt. & Pipeline Devt. / 2022-2024
Changxi Li / Deep learning genomic prediction / 2021-2024

Activités professionnelles / intérêts

Analyse de données, RNAseq, génomique, métagénomique
Langages de programmation : R, Python, Perl, bash
Calcul haute performance
Gestion et analyse des mégadonnées

Prix et études

PhD (Genomics and bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
MSc (Bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
MSc (Animal Genetics and Breeding), National Dairy Research Institute, India
BVSc (Veterinary science and animal husbandry), Kerala Agricultural University, India

Liens additionnels

ORCID

Principales publications

Holman, D.B., Kommadath, A., Tingley, J.P., Abbott, D.W. (2022). Novel Insights into the Pig Gut Microbiome Using Metagenome-Assembled Genomes. Microbiology Spectrum, [online] 10(4), http://dx.doi.org/10.1128/spectrum.02380-22
2022 - Consulter les détails de la publication
Chen, Y.Y., Kommadath, A., Vahmani, P., Visvalingam, J., Dugan, M.E.R., Yang, X. (2021). Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Exposed to Beef Fat Reveals Antimicrobial and Pathogenicity Attenuation Mechanisms. Applied and Environmental Microbiology, [online] 87(9), 1-18. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.03027-20
2021 - Consulter les détails de la publication