Arun Kommadath, Ph. D.
Fournir un soutien technique et une formation aux chercheurs travaillant dans le domaine de la bio-informatique/biologie computationnelle, des conseils sur les composantes bio-informatiques des propositions/projets de recherche, effectuer des analyses et des interprétations en génomique/bio-informatique et travailler à la réalisation des mandats du Réseau de soutien à la recherche en bio-informatique d'AAC (RSRB).
Recherche et / ou projets en cours
Fournis assistance et conseils sur les composantes bio-informatiques des projets ci-dessous pendant les phases de conception expérimentale et de développement de propositions. Également impliqué dans la réalisation d'analyses bio-informatiques, l'interprétation des résultats et l'aide à la publication de certains projets.
Projets actuellement approuvés (nom du PI / Titre abrégé / Année)
- Robert J Gruninger / Multi-omics of liver abscess formation / 2021-2025
- Changxi Li / Beef genetic management reduces GHG / 2021-2024
- Robert J Gruninger / Feed Efficiancy Variability in Cattle / 2021-2025
- Changxi Li / Beef herd genetic management platform / 2021-2024
- Manuel Juarez / Enhancing beef carcass efficiency / 2021-2023
- Oscar Lopez Campos / Beef TQMS / 2019-2022
- Hushton Block / Supplementation for net zero carbon beef / 2019-2022
- Devin Holman / Sow milk and the piglet gut microbiome / 2019-2022
- Carolyn Fitzsimmons / Nutritional Epigenetic Effects in Cattle / 2019-2022
- Changxi Li / Functional genomic prediction platform / 2019-2022
- John Laurie / RNAi for management of prairie wireworms / 2021-2024
Décision en attente (nom du PI / Titre abrégé / Année)
- Keshav Singh / Phenocart Data Mgmt. & Pipeline Devt. / 2022-2024
- Changxi Li / Deep learning genomic prediction / 2021-2024
Activités professionnelles / intérêts
- Analyse de données, RNAseq, génomique, métagénomique
- Langages de programmation : R, Python, Perl, bash
- Calcul haute performance
- Gestion et analyse des mégadonnées
Prix et études
- PhD (Genomics and bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
- MSc (Bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
- MSc (Animal Genetics and Breeding), National Dairy Research Institute, India
- BVSc (Veterinary science and animal husbandry), Kerala Agricultural University, India
Liens additionnels
Principales publications
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Chen, Y.Y., Kommadath, A., Vahmani, P., Visvalingam, J., Dugan, M.E.R., Yang, X. (2021). Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Exposed to Beef Fat Reveals Antimicrobial and Pathogenicity Attenuation Mechanisms. Applied and Environmental Microbiology, [online] 87(9), 1-18. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.03027-20
2021 - View publication details
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