Arun Kommadath, Ph. D.

Chef d’études en biologie - bio-informatique

Fournir un soutien technique et une formation aux chercheurs travaillant dans le domaine de la bio-informatique/biologie computationnelle, des conseils sur les composantes bio-informatiques des propositions/projets de recherche, effectuer des analyses et des interprétations en génomique/bio-informatique et travailler à la réalisation des mandats du Réseau de soutien à la recherche en bio-informatique d'AAC (RSRB).

Recherche et / ou projets en cours

Fournis assistance et conseils sur les composantes bio-informatiques des projets ci-dessous pendant les phases de conception expérimentale et de développement de propositions. Également impliqué dans la réalisation d'analyses bio-informatiques, l'interprétation des résultats et l'aide à la publication de certains projets.

Projets actuellement approuvés (nom du PI / Titre abrégé / Année)    

  • Robert J Gruninger / Multi-omics of liver abscess formation / 2021-2025
  • Changxi Li / Beef genetic management reduces GHG / 2021-2024
  • Robert J Gruninger / Feed Efficiancy Variability in Cattle / 2021-2025
  • Changxi Li / Beef herd genetic management platform / 2021-2024
  • Manuel Juarez / Enhancing beef carcass efficiency / 2021-2023
  • Oscar Lopez Campos / Beef TQMS / 2019-2022
  • Hushton Block / Supplementation for net zero carbon beef / 2019-2022
  • Devin Holman / Sow milk and the piglet gut microbiome / 2019-2022
  • Carolyn Fitzsimmons / Nutritional Epigenetic Effects in Cattle / 2019-2022
  • Changxi Li / Functional genomic prediction platform / 2019-2022
  • John Laurie / RNAi for management of prairie wireworms / 2021-2024

Décision en attente (nom du PI / Titre abrégé / Année)    

  • Keshav Singh / Phenocart Data Mgmt. & Pipeline Devt. / 2022-2024
  • Changxi Li / Deep learning genomic prediction / 2021-2024

Activités professionnelles / intérêts

  • Analyse de données, RNAseq, génomique, métagénomique
  • Langages de programmation : R, Python, Perl, bash
  • Calcul haute performance
  • Gestion et analyse des mégadonnées

Prix et études

  • PhD (Genomics and bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
  • MSc (Bioinformatics), Wageningen University, The Netherlands
  • MSc (Animal Genetics and Breeding), National Dairy Research Institute, India
  • BVSc (Veterinary science and animal husbandry), Kerala Agricultural University, India

Principales publications

  1. Chen, Y.Y., Kommadath, A., Vahmani, P., Visvalingam, J., Dugan, M.E.R., Yang, X. (2021). Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Exposed to Beef Fat Reveals Antimicrobial and Pathogenicity Attenuation Mechanisms. Applied and Environmental Microbiology, [online] 87(9), 1-18. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.03027-20

    2021 - View publication details