Amplification of the Phytophthora infestans RG57 loci Facilitates in planta T-RFLP Identification of Late Blight Genotypes

Citation

Wijekoon, C.P., Pageni, B.B., Kalischuk, M.L., Lupwayi, N.Z., Kawchuk, L.M. (2017). Amplification of the Phytophthora infestans RG57 loci Facilitates in planta T-RFLP Identification of Late Blight Genotypes, 94(3), 251-257. http://dx.doi.org/10.1007/s12230-016-9560-2

Plain language summary

Late blight, caused by a plant pathogen, is a devastating disease in potato and tomato and causes yield and quality losses worldwide. Due to significant economic and environmental impacts, there has been an increasing interest in the rapid molecular analysis and strain identification of late blight samples. In addition to providing details regarding the various phenotypic characteristics such as fungicide resistance, host preference, and pathogenicity associated with various strains, information related to pathogen movement and potential recombination may also be determined from the genetic analyses. In this study, we describe a procedure to identify late blight disease pathogen strains without the need for propagation and isolation. This procedure also allows the user to differentiate between the pathogen genotypes, directly from diseased tissues, to facilitate the timely implementation of best management practices.

Abstract

© 2017, The Potato Association of America. El tizón tardío, causado por el oomiceto Phytophthora infestans (Mont.) de Bary, es una enfermedad devastadora en papa y tomate, y causa pérdidas en rendimiento y calidad en todo el mundo. La enfermedad surgió primero en América Central y desde entonces se ha dispersado en Norteamérica, incluyendo los Estados Unidos y Canadá. Recientemente han emergido varios nuevos genotipos de P. infestans, incluyendo el US-22, US-23 y el US-24. Debido al impacto económico y ambiental significativos, ha habido un interés en aumento en la identificación rápida de los genotipos de P. infestans. Además de proporcionar detalles en relación a varias características fenotípicas, como la resistencia a fungicidas, preferencia de hospedante, y patogenicidad asociada a varios genotipos de P. infestans, la información relacionada al movimiento del patógeno y la recombinación potencial también pudiera determinarse de los análisis genéticos. El análisis del polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) con el loci RG57 es uno de los procedimientos más confiables usados para el genotipo de P. infestans. No obstante, el procedimiento de RFLP requiere propagación y aislamiento del patógeno y relativamente grandes cantidades de ADN. El aislamiento del patógeno del tizón tardío algunas veces es imposible debido a la pobre condición de los tejidos infectados, o por la presencia de residuos de fungicidas. En este estudio, describimos un procedimiento para identificar P. infestans a nivel molecular in planta, usando polimorfismo terminal de longitud de fragmentos de restricción (T-RFLP) del loci RG57. Este ensayo de T-RFLP es lo suficientemente sensible para detectar y diferenciar genotipos de P. infestans directamente in planta sin la propagación y aislamiento del patógeno, para facilitar la implementación oportuna de las mejores prácticas de manejo.