De fraîche date : Le stockage d’échantillons de sol avec des blocs réfrigérants durant un mois et l’expédition d’ADN dans ce délai n’ont pas d’incidence sur les résultats du métacodage à barres
Citation
Delavaux, C.S., Bever, J.D., Karppinen, E.M., Bainard, L.D. (2020). Keeping it cool: Soil sample cold pack storage and DNA shipment up to 1 month does not impact metabarcoding results. Ecology and Evolution, [online] 10(11), 4652-4664. http://dx.doi.org/10.1002/ece3.6219
Résumé en langage clair
Avec les progrès des méthodes de biologie moléculaire comme le séquençage de l’ADN, il est maintenant possible d’identifier la majorité des microorganismes. Bien que ces outils nous confèrent un pouvoir énorme et ouvrent de nombreuses portes permettant de répondre à d’importantes questions, nous devons comprendre la façon dont le traitement des échantillons peut influer sur les résultats et les interprétations. Dans l’étude dont rend compte le présent article, nous voulions déterminer la façon dont quatre méthodes de conservation du sol (température ambiante, glacière avec blocs réfrigérants, congélation éclair à l’azote liquide et conservation dans une solution) et le temps de décongélation des échantillons influaient sur le séquençage de l’ADN et l’abondance de champignons et de bactéries dans les échantillons. Dans l’ensemble, nous avons constaté que les résultats de l’entreposage avec des blocs réfrigérants standard suivi d’un entreposage à -20 °C se distinguaient peu de ceux de l’entreposage immédiat dans l’azote liquide, ce qui laisse supposer que la méthode antérieure et la méthode actuelle sont adéquates. Nous avons également constaté que le stockage à température ambiante ou dans une solution chimique peut entraîner des changements dans l’abondance microbienne et la composition des communautés microbiennes, et nous déconseillons ces méthodes de stockage pour les analyses fondées sur l’ADN. Enfin, d’après notre étude, les chercheurs qui travaillent à l’étranger ou dans des régions isolées peuvent compter sur le fait qu’une décongélation de l’ADN extrait d’un mois n’aura pas d’incidence sur leurs résultats. Nous espérons que ces travaux aideront les chercheurs qui travaillent sur les bactéries et les champignons du sol à prendre des décisions éclairées sur l’entreposage et le transport des échantillons de sol de façon à assurer la répétabilité et l’exactitude des résultats et des interprétations.
Résumé
© 2020, les auteurs. Revue Ecology and Evolution, publiée par John Wiley & Sons Ltd. Avec les progrès des outils de séquençage, les domaines de la microbiologie environnementale et de l’écologie des sols ont été transformés. Aujourd’hui, la majorité des microbes non cultivables du sol peuvent être séquencés. Bien que ces outils nous confèrent un pouvoir énorme et permettent de répondre à de nombreuses questions importantes, nous devons comprendre la façon dont le traitement des échantillons peut influer sur les résultats et les interprétations. Nous avons vérifié l’incidence de quatre méthodes de stockage des échantillons de sol sur le métacodage à barres des amplicons et les analyses de qPCR de champignons et de bactéries après le stockage, ce dont le présent article rend compte. Nous avons étudié plus en détail l’incidence du temps de décongélation sur l’ADN extrait afin de déterminer la durée de décongélation qui est sûre et n’a qu’une incidence minime sur les résultats d’étude. Dans l’ensemble, nous avons constaté que l’entreposage standard avec des blocs réfrigérants suivi d’un entreposage à -20 °C donne des résultats qui se distinguent peu de ceux de l’entreposage immédiat dans l’azote liquide, ce qui laisse supposer que la méthode antérieure et la méthode actuelle sont adéquates. Nous avons également constaté que le stockage à température ambiante ou dans la solution RNAlater peut entraîner des changements dans la composition de la communauté et, dans le cas de la solution RNAlater, réduire le nombre de copies des gènes. Nous déconseillons donc ces méthodes de stockage pour les analyses de métacodages à barres. Enfin, nous montrons qu’un mois de décongélation des extraits d’ADN n’a pas d’effet sur la diversité ni sur la qPCR. Nous espérons que ces travaux aideront les chercheurs qui travaillent sur les bactéries et les champignons du sol à prendre des décisions éclairées quant à l’entreposage et au transport des échantillons de sol afin d’assurer la répétabilité et l’exactitude des résultats et des interprétations.