Analyse génomique et mise au point d’une technique PCR multiplex en temps réel avec sonde TaqMan pour la détection et la caractérisation du Clavibacter michiganensis, sous-espèce nebraskensis.
Citation
Tambong, J. T., R. Xu, F. Daayf, S. Brière, G. J. Bilodeau, R. Tropiano, A. Hartke, L.M. Reid, M. Cott, T. Cote et I. Agarkova 2016. Genome analysis and development of a multiplex TaqMan real-time PCR for specific identification and detection of Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis. Phytopathology 106:1473-1485. DOI: 10.1094/PHYTO-05-16-0188-R
Résumé en langage clair
La réapparition de la brûlure et flétrissure bactériennes de Goss dans le maïs aux États-Unis et au Canada a amené les chercheurs à pousser l’investigation pour mieux comprendre l’organisation génomique du pathogène. La maladie est causée par des bactéries Gram positives et des pertes de rendement de jusqu’à 50 % ont été signalées. Dans cette étude, les chercheurs ont soumis à une analyse génomique les nouvelles souches isolées en 2014 en les comparant à la souche isolée il y a plus de 40 ans. Les résultats indiquent que les premières sont différentes de la seconde. Avec l’information génomique, les chercheurs ont mis au point un outil de détection pour pouvoir caractériser en toute rapidité et sûreté ces bactéries sur les tissus infectés des feuilles de maïs. Cet outil pourrait combler l’absence actuelle d’une technique diagnostique fiable pour de telles bactéries.
Résumé
La réapparition de la brûlure et flétrissure bactériennes de Goss dans le maïs aux États-Unis et au Canada a amené les chercheurs à pousser l’investigation pour mieux comprendre l’organisation génomique du pathogène. Dans cette étude, ils ont mis en séquençage génomique la souche DOAB 395 du Clavibacter michiganensis, sous-espèce nebraskensis, et soumis à une analyse génomique et protéomique les souches de ce pathogène isolé en 2014 (DOAB 397 et DOAB 395) en les comparant à la souche type NCPPB 2581 (isolée il y a plus de 40 ans). Les protéomes de ces souches présentaient un taux d’homologie de 99,2 %, mais le taux était respectivement de 92,1 % et 91,8 % avec la souche NCPPB 2581. La majorité (99,9 %) des séquences protéiques avaient un taux d’homologie de 99,6 à 100 % entre la DOAB 395 et la DOAB 397 et seules quatre séquences protéiques (0,1 %) se caractérisaient par un taux de similitude de <70 %. En revanche, 3,0 % des séquences protéiques de la DOAB 395 ou 397 étaient en faible rapport homologique (<70 %) avec la souche type NCPPB 2581.